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            1. Evaluation of Six Methods for Estimating Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates

            【中文期刊】 《基因组、蛋白质组与生物信息学报(英文版)》 2006年4卷3期 173-181页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

            【摘要】 Methods for estimating synonymous and nonsynonymous substitution rates among protein-coding sequences adopt different mu...

            【关键词】 synonymous substitution； nonsynonymous substitution； Ka/Ks ratio；

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            2. Is the synonymous substitution rate in mammals gene-specific?

            【外文期刊】 Williams EJB ; Hurst LD ; 《Molecular biology and evolution》 2002年19卷8期 1395-1398页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Nucleotide substitution; Nonsynonymous substitution; Molecular;

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            3. Natural selection during functional divergence to LMP7 and proteasome subunit X (PSMB5) following gene duplication

            【外文期刊】 Bos DH ; 《Journal of Molecular Evolution》 2005年60卷2期 221-228页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 subfunctionalization; MHC; nonsynonymous substitutions;

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            4. Accuracy and power of the likelihood ratio test for comparing evolutionary rates among genes

            【外文期刊】 Aagaard JE ; Phillips P ; 《Journal of Molecular Evolution》 2005年60卷4期 426-433页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 likelihood ratio test; nonsynonymous/synonymous rate ratio; CODON-SUBSTITUTION MODELS;

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            5. Recent relaxation of purifying selection on the tandem-repetitive early-stage histoneH3 gene in brooding sea stars

            【外文期刊】 David W. Foltz ; Christopher L. Mah ; 《Marine genomics》 2009年2卷2期 113-118页

            【关键词】 Nonsynonymous substitutions; Larval habitat; Multigene family;

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            6. Genome sequencing data analysis for rare disease gene discovery

            【外文期刊】 Umlai, Umm-Kulthum Ismail ; Bangarusamy, Dhinoth Kumar ; 等 2022年23卷1期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 rare diseases; whole genome sequencing; variant interpretation;

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            7. The evolutionary landscape of the Mycobacterium tuberculosis genome

            【外文期刊】 Wang,T.-C. ; Chen,F.-C. ; 《Gene: An International Journal Focusing on Gene Cloning and Gene Structure and Function》 2013年518卷1期 187-193页

            【关键词】 Mycobacterium tuberculosis; Neutral substitution rate; Nonsynonymous substitution;

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            8. Distinctive pattern of sequence polymorphism in the NS3 protein of hepatitis C virus type 1b reflects conflicting evolutionary pressures

            【外文期刊】 Irausquin SJ ; Hughes AL ; 《The Journal of General Virology: A Federation of European Miorobiological Societies Journal》 2008年89卷8期 1921-1929页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 PURIFYING SELECTION; NONSYNONYMOUS SUBSTITUTION; POSITIVE SELECTION;

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            9. Fixation of Deleterious Mutations at Critical Positions in Human Proteins

            【外文期刊】 Subramanian, Sankar . ; 《Molecular biology and evolution》 2011年28卷9期 2687-2693页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 amino acids; proteins: mutation; genes: expression;

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            10. Evaluation of Six Methods for Estimating Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates

            【外文期刊】 Zhang Zhang ; Jun Yu ; 《Genomics, proteomics & bioinformatics》 2006年4卷3期 173-181页 MEDLINE

            【关键词】 synonymous substitution; nonsynonymous substitution; Ka/Ks ratio;

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            11. Patterns of Divergence among Conifer ESTs and Polymorphism in Pinus sylvestris Identify Putative Selective Sweeps

            【外文期刊】 Palme Anna E. ; Wright Mark ; 等 《Molecular biology and evolution》 2008年25卷12期 2567-2577页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 gene evolution; GenBank sequence data; genetic divergence;

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            12. Changes in the recombinational environment affect divergence in the yellowgene of drosophila

            【外文期刊】 Munte A ; Aguade M ; 等 《Molecular biology and evolution》 2001年18卷6期 1045-1056页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Yellow gene; Melanogaster group of drosophila; Recombination rate;

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            13. Evolution of bindin in the pantropical sea urchin Tripneustes: Comparisons to bindin of other genera

            【外文期刊】 Zigler KS ; Lessios HA ; 《Molecular biology and evolution》 2003年20卷2期 220-231页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Sea urchins; Bindin; Speciation;

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            14. Positive and Negative Selection on Noncoding DNA Close to Protein-Coding Genes in Wild House Mice

            【外文期刊】 Kousathanas, Athanasios ; Oliver, Fiona ; 等 《Molecular biology and evolution》 2011年28卷3期 1183-1191页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 DNA; proteins; gene: polymorphism;

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            15. Rate of molecular evolution of the seminal protein gene SEMG2 correlates with levels of female promiscuity

            【外文期刊】 Dorus S ; Evans PD ; 等 《Nature Genetics》 2004年36卷12期 1326-1329页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 SPERM COMPETITION; NONSYNONYMOUS SUBSTITUTION; COPULATORY PLUGS;

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            16. Variation in the pattern of synonymous and nonsynonymous difference between two fungal genomes

            【外文期刊】 Hughes AL ; Friedman R ; 《Molecular biology and evolution》 2005年22卷5期 1320-1324页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 genome evolution; nonsynonymous substitution; positive selection;

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            17. Evolution of the MHC-DQB exon 2 in marine and terrestrial mammals

            【外文期刊】 Villanueva-Noriega,M.J. ; Baker,C.S. ; 等 《Immunogenetics》 2013年65卷1期 47-61页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Cytochrome b; DQB; Major histocompatibility complex;

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            18. Positive selection in the leucine-rich repeat domain of Gro1 genes in Solanum species

            【外文期刊】 Ruggieri, Valentino ; Nunziata, Angelina ; 等 《Journal of genetics》 2014年93卷3期 755-765页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 plant resistance genes; SNP; nonsynonymous substitution;

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            19. Ratios of radical to conservative amino acid replacement are affected by mutational and compositional factors and may not be indicative of positive Darwinian selection

            【外文期刊】 Dagan T ; Talmor Y ; 等 《Molecular biology and evolution》 2002年19卷7期 1022-1025页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Positive darwinian selection; Conservative replacement; Radical;

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            20. Between-host evolution of cytotoxic T-lymphocyte epitopes in human immunodeficiency virus type 1: an approach based on phylogenetically independent comparisons

            【外文期刊】 Piontkivska H ; Hughes AL ; 《Journal of Virology》 2004年78卷21期 11758-11765页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 NONSYNONYMOUS SUBSTITUTION; CLASS-I; ESCAPE;

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            21. Machine learning methods for prediction of cancer driver genes: a survey paper

            【外文期刊】 Andrades, Renan ; Recamonde-Mendoza, Mariana ; 2022年23卷3期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cancer driver genes; driver mutations; machine learning;

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            22. Variation in synonymous codon use and DNA polymorphism within the Drosophila genome

            【外文期刊】 Bierne N ; Eyre-Walker A ; 《Journal of evolutionary biology》 2006年19卷1期 1-11页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 codon usage; diversity; Drosophila;

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            23. First evidence of changes in enzyme kinetics and stability of glucokinase affected by somatic cancer-associated variations

            【外文期刊】 Tesinsky, Miroslav ; Simcikova, Daniela ; 等 《Biochimica et biophysica acta: BBA: International journal of biochemistry, biophysics and molecular biololgy. Proteins and Proteomics》 2019年1867卷3期 213-218页 SCISCIE

            【关键词】 Connecting region I; Hexokinase D; Lung cancer;

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            24. Multiple Factors Confounding Phylogenetic Detection of Selection on Codon Usage

            【外文期刊】 《Molecular biology and evolution》 2018年35卷6期 1463-1472页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 synonymous substitution; nonsynonymous substitution; CpG hypermutability;

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            25. The Comparative Method Rules! Codon Volatility Cannot Detect Positive Darwinian Selection Using a Single Genome Sequence

            【外文期刊】 Tal Dagan ; Dan Graur ; 《Molecular biology and evolution》 2005年22卷3期 496-500页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Codon volatility; comparative method; positive selection;

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            26. Statistical tests of selective neutrality in the age of genomics [Review]

            【外文期刊】 Nielsen R ; 《Heredity: An International Journal of Genetics》 2001年86卷6期 641-647页

            【关键词】 Darwinian selection; Neutral evolution; Nonsynonymous mutations;

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            27. Fast evolution of interleukin-2 in mammals and positive selection in ruminants

            【外文期刊】 Zelus D. ; Delacre M. ; 等 《Journal of Molecular Evolution》 2000年51卷3期 234-244页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Adaptation; Amino acid properties; Interleukin-2;

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            28. THE CURRENT SIGNIFICANCE AND STANDING OF NEUTRAL AND NEARLY NEUTRAL THEORIES

            【外文期刊】 Ohta T. ; 《BioEssays: news and reviews in molecular, cellular and developmental biology》 1996年18卷8期 673-677页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Dna-sequence variation; Drosophila-melanogaster; Nonsynonymous substitutions;

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            29. Evolution of the ABPA Subunit of Androgen-Binding Protein Expressed in the Submaxillary Glands in New and Old World Rodent Taxa

            【外文期刊】 Vandewege, Michael W. ; Phillips, Carleton J. ; 等 《Journal of Molecular Evolution》 2013年76卷5期 324-331页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Synonymous substitution; Nonsynonymous substitutions; Rodentia;

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            30. The Fitness Effects of Synonymous Mutations in DNA and RNA Viruses

            【外文期刊】 Cuevas, Jose M. ; Domingo-Calap, Pilar ; 等 《Molecular biology and evolution》 2012年29卷1期 17-20页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 synonymous substitutions; nonsynonymous substitutions; silent substitutions;

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            31. Intragenic variation of synonymous substitution rates is caused by nonrandom mutations at methylated CpG

            【外文期刊】 Tsunoyama K ; Bellgard MI ; 等 《Journal of Molecular Evolution》 2001年53卷4/5期 456-464页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Intragenic variation; Synonymous substitution rates; Methylation;

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            32. Influence of CD4(+) T cell counts on viral evolution in HIV-infected individuals undergoing suppressive HAART

            【外文期刊】 Lorenzo E ; Colon MC ; 等 《Virology》 2004年330卷1期 116-126页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 HIV; envelope; HAART;

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            33. The complete chloroplast genome sequence of Aster spathuhfolius (Asteraceae); genomic features and relationship with Asteraceae

            【外文期刊】 Choi, Kyoung Su ; Park, SeonJoo ; 《Gene: An International Journal Focusing on Gene Cloning and Gene Structure and Function》 2015年572卷2期 214-221页

            【关键词】 Aster spathulifolius; Chloroplast genome; Synonymous substitution;

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            34. The "Inverse relationship between evolutionary rate and age of mammalian genes" is an artifact of increased genetic distance with rate of evolution and time of divergence

            【外文期刊】 Elhaik E ; Sabath N ; 等 《Molecular biology and evolution》 2006年23卷1期 1-3页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 nonsynonymous substitutions; novel genes; divergence times;

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            35. Phylogenetic relationships and the evolution of regulatory gene sequences in the parrotfishes

            【外文期刊】 Smith LL ; Fessler JL ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2008年49卷1期 136-152页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Phylogenetics; Coral reef fishes; Parrotfishes;

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            36. Combining models of protein translation and population genetics to predict protein production rates from codon usage patterns

            【外文期刊】 Gilchrist MA ; 《Molecular biology and evolution》 2007年24卷11期 2362-2372页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 codon bias; nonsense errors; fitness landscape;

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            37. A sliding window-based method to detect selective constraints in protein-coding genes and its application to RNA viruses

            【外文期刊】 Fares MA ; Elena SF ; 等 《Journal of Molecular Evolution》 2002年55卷5期 509-521页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Fmdv; Hiv-1; Positive selection;

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            38. APOBEC3G genotypes and proviral DNA hypermutations on HIV/AIDS disease progression in Thai and Cambodian children

            【外文期刊】 《Future Virology》 2015年10卷12期 1267-1274页

            【关键词】 APOBEC3G and proviral DNA hypermutation; HIV-infected children; nonprogressor;

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            39. Domain-specific positive selection contributes to the evolution of Arabidopsis Leucine-rich repeat receptor-like kinase (LRR RLK) genes

            【外文期刊】 Zhang XRS ; Choi JH ; 等 《Journal of Molecular Evolution》 2006年63卷5期 612-621页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Arabidopsis; Leucine-rich repeat (LRR) receptor-like kinase; LRR domain;

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            40. On the varied pattern of evolution of 2 fungal genomes: A critique of Hughes and Friedman

            【外文期刊】 Yang ZH ; 《Molecular biology and evolution》 2006年23卷12期 2279-2282页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 genome evolution; likelihood ratio test; nonsynonymous substitution;

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            41. The evolutionary ecology of the major histocompatibility complex

            【外文期刊】 Piertney SB ; Oliver MK ; 《Heredity: An International Journal of Genetics》 2006年96卷1期 7-21页

            【关键词】 balancing selection; mate choice; MHC;

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            42. The Effect of Positive Selection on a Sexual Reproduction Gene in Thalassiosira weissflogii (Bacillariophyta): Results Obtained from Maximum-Likelihood and Parsimony-Based Method

            【外文期刊】 Ulf Sorhannus ; 《Molecular biology and evolution》 2003年20卷8期 1326-1328页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 sexual reproduction gene; likelihood; parsimony;

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            43. Evaluation of methods for determination of a reconstructed history of genesequence evolution

            【外文期刊】 Liberles DA ; 《Molecular biology and evolution》 2001年18卷11期 2040-2047页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Nonsynonymous nucleotide substitution; Synonymous nucleotide; Nonsynonymous nucleotide substitutions;

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            44. Deep Profiling Identifies Selection of Nonsynonymous Amino Acid Substitutions in HIV-1 Envelope During Early Infection

            【外文期刊】 Ashokkumar, Manickam ; Pattabiraman, Sathyamurthi ; 等 2020年36卷12期 1024-1032页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 human immunodeficiency virus type 1; high-throughput sequencing; adaptive mutations;

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            45. Statistical Properties of the Branch-Site Test of Positive Selection

            【外文期刊】 Yang, Ziheng ; dos Reis, Mario . ; 《Molecular biology and evolution》 2011年28卷3期 1217-1228页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 codon; protein-coding gene: mutation; nonsynonymous substitution;

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            46. Evolutionary Dynamics of Oncogenes and Tumor Suppressor Genes: Higher Intensities of Purifying Selection than Other Genes

            【外文期刊】 Michael A. Thomas ; Benjamin Weston ; 等 《Molecular biology and evolution》 2003年20卷6期 964-968页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Darwinian selection; purifying selection; disease gene;

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            47. Excess of amino acid substitutions relative to polymorphism between X-linked duplications in Drosophila melanogaster

            【外文期刊】 Thornton K ; Long M ; 《Molecular biology and evolution》 2005年22卷2期 273-284页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Drosophila; gene duplicates; positive selection;

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            48. Molecular evolution of plant haemoglobin: two haemoglobin genes in nymphaeaceae Euryale ferox

            【外文期刊】 E. Guldner ; E. Desmarais ; 等 《Journal of evolutionary biology》 2004年17卷1期 48-54页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 duplication; nonsynonymous substitution rate; Nymphaeaceae;

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            49. Lowly Expressed Genes in Arabidopsis thaliana Bear the Signature of Possible Pseudogenization by Promoter Degradation

            【外文期刊】 Yang, Liang ; Takuno, Shohei ; 等 《Molecular biology and evolution》 2011年28卷3期 1193-1203页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 DNA; open reading frame: expression; gene: expression;

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            50. The fate of retrotransposed processed genes in Arabidopsis thaliana

            【外文期刊】 Abdelkarim, Basma T. M. ; Maranda, Vincent ; 等 《Gene: An International Journal Focusing on Gene Cloning and Gene Structure and Function》 2017年609卷 1-8页

            【关键词】 Processed genes; Plants; Retrotranscription;

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