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【中文期刊】 Xue Sun Wei Zhang 等 《遗传学报》 2025年52卷1期 93-104页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Recent advances in spatially resolved transcriptomics(SRT)have provided new opportunities for charac-terizing spatial st...
【关键词】 Spatial domain identification；Spatially resolved transcriptomics；Multi-head graph attention networks；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Mengnan Cheng Yujia Jiang 等 《遗传学报》 2023年50卷9期 625-640页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 The ability to explore life kingdoms is largely driven by innovations and breakthroughs in technology,from the invention...
【关键词】 Spatially resolved transcriptomics；Bioinformatic tools；Spatial single-cell；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Yijia Fangma Mengting Liu 等 《药物分析学报（英文版）》 2023年13卷7期 694-710页SCIMEDLINEISTICCSCDCA
【摘要】 Recent studies have highlighted spatially resolved multi-omics technologies,including spatial genomics,transcriptomics,p...
【关键词】 Central nervous system disorders；Multi-omics；Spatial transcriptomics；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 冯爱静 王文淼 等 《生物医学工程研究》 2024年43卷6期 468-474页ISTIC
【摘要】 为缓解空间转录组学数据因高离散性、稀疏性和分辨率受限导致空间域识别精度低的问题,基于多尺度邻域特征融合策略,本研究提出了一种空间域识别方法stMSAA.本研究在人类背外侧前额叶皮层数据集和人类乳腺癌数据集上进行实验,调整兰德系数、归一化互信...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Guang-Hui Tan Shi-Jie Liu 等 《动物学研究》 2024年45卷3期 586-600页SCIMEDLINEISTICCSCDBP
【摘要】 The placenta plays a crucial role in successful mammalian reproduction.Ruminant animals possess a semi-invasive placenta...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Lidong Guo Yao Li 等 《遗传学报》 2023年50卷9期 713-719页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Data visualization empowers researchers to communicate their results that support scientific reasoning in an intuitive w...
【关键词】 Spatially resolved transcriptomics；Stereo-seq；Spatial transcriptomics；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Strell, Carina ; Hilscher, Markus M. ; 等 《The FEBS journal》 2019年286卷8期 1468-1481页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 cell profiling;gene expression maps;in situ sequencing;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Asp, Michaela ; Bergenstrahle, Joseph ; 等 《BioEssays :》 2020年42卷10期 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 gene expression;RNA;RNA-sequencing;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Shi Xuejing ; Zhu Juntong ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2023年24卷5期 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 spatially resolved transcriptomics;spatial domain identification;different similarity measures;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Zhang Chuanchao ; Li Xinxing ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2023年24卷4期 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 spatially resolved transcriptomics;spatial domain identification;spatial information;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Longyi,Li ; Liyan,Dong ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2025年26卷4期 SCIMEDLINECABP
【关键词】 graph neural network;large language model;spatial domain;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Lequn,Wang ; Yaofeng,Hu ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年25卷4期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 spatial distribution alignment;spatial domain identification;spatially resolved transcriptomics;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Lidong,Guo ; Yao,Li ; 等 《Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao》 2023年50卷9期 713-719页
【关键词】 3D visualization;Data sharing;MERFISH;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Daoliang,Zhang ; Na,Yu ; 等 《BMC genomics》 2024年25卷1期 1160页SCIMEDLINEBP
【关键词】 Cross-entropy loss;Graph attention network;Spatial domains;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Jie,Liao ; Xiaoyan,Lu ; 等 《Trends in biotechnology》 2021年39卷1期 43-58页SCIMEDLINECABP
【关键词】 fluorescence in situ hybridization;in situ sequencing;single-cell RNA-seq;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Xiaosheng,Bai ; Xinyu,Bao ; 等 《Small methods》 2025年9卷7期 e2402111页
【关键词】 dynamic graph convolution;graph convolutional network;spatial domain identification;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Lixin,Lei ; Kaitai,Han ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年25卷3期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 attention-guided;graph deep learning;spatial clustering;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Eliah G,Overbey ; Saswati,Das ; 等 《Cell reports methods》 2022年2卷11期 100325页
【关键词】 RNA-sequencing;single-cell;spaceflight;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Oscar,Ospina ; Alex,Soupir ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2023年2629卷 115-140页
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Boyi,Guo ; Wodan,Ling ; 等 《ArXiv》
【关键词】 Spatially-resolved transcriptomics;integrative analysis;multi-sample;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Helena L,Crowell ; Yixing,Dong ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 Bioconductor;R;computational biology;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Carina,Strell ; Markus M,Hilscher ; 等 《The FEBS journal》 2019年286卷8期 1468-1481页SCIMEDLINECABP
【关键词】 cell profiling;gene expression maps;in?situ sequencing;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Yaofeng,Hu ; Kai,Xiao ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年25卷2期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 graph embedding variational autoencoder;spatial domain identification;spatially contrastive learning;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Michaela,Asp ; Stefania,Giacomello ; 等 《Cell》 2019年179卷7期 1647-1660.e19页SCIMEDLINECABP
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Dongting,Chen ; Yahui,Gao ; 等 《Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)》 2026年13卷17期 e16965页
【关键词】 adamantinomatous craniopharyngioma;glycerophospholipid metabolism;multiomics;
- 概要：
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【外文期刊】 Sebastian,Tiesmeyer ; Shashwat,Sahay ; 等 《Frontiers in genetics》 2022年13卷 785877页
- 概要：
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【外文期刊】 Senlin,Lin ; Yan,Cui ; 等 《Cell genomics》 2024年4卷6期 100565页
【关键词】 binary spatially resolved gene expression;bioinformatics;computational biology;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Jian,Hu ; Amelia,Schroeder ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2021年19卷 3829-3841页SCIMEDLINE
【关键词】 Cell-cell communications;Celltype deconvolution;Spatial clustering;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Lin,Du ; Jingmin,Kang ; 等 《Cell systems》 2024年15卷10期 969-981.e6页
【关键词】 10x Visium;Stereo-seq;cell clustering;
- 概要：
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【外文期刊】 Yaxiong,Ma ; Yu,Wang ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2026年27卷1期 SCIMEDLINECABP
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Xue,Sun ; Wei,Zhang ; 等 《Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao》 2025年52卷1期 93-104页
【关键词】 Geometric contrastive learning;Graph augmentation;Multi-head graph attention networks;
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Denis,Bienroth ; Hieu T,Nim ; 等 《Visual computing for industry, biomedicine, and art》 2022年5卷1期 2页
【关键词】 Fish tank virtual reality;Head-mounted display;Immersive analytics;
- 概要：
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【外文期刊】 Chuanchao,Zhang ; Xinxing,Li ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2023年24卷4期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 self-representation learning;spatial domain identification;spatial information;
- 概要：
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【外文期刊】 Madhavi,Tippani ; Heena R,Divecha ; 等 《Biological imaging》 2023年3卷 e23页
- 概要：
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【外文期刊】 Mengnan,Cheng ; Yujia,Jiang ; 等 《Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao》 2023年50卷9期 625-640页
【关键词】 Bioinformatic tools;Cell communications;Spatial single-cell;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Guangzhe,Zheng ; Shaobo,Chen ; 等 《Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)》 2025年12卷2期 e2404491页
【关键词】 intratumor spatial heterogeneity;papillary thyroid cancer;spatial evolution;
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 David B,Morse ; Aleksandra M,Michalowski ; 等 《Cell systems》 2023年14卷6期 464-481.e7页
【关键词】 RNA sequencing;genomics;oncology;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Yao,Li ; Xiaobin,Liu ; 等 《Cell systems》 2025年16卷4期 101243页
【关键词】 3D regulatory atlas;cellular interaction mapping;gene regulatory network;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Cong,Ma ; Uthsav,Chitra ; 等 《Cell systems》 2022年13卷10期 786-797.e13页
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Xi,Jiang ; Yanghong,Guo ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2026年27卷2期 SCIMEDLINECABP
【关键词】 domain-representative gene (DRG);functional principal component analysis (fPCA);spatial expression pattern;
- 概要：
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【外文期刊】 Xi,Jiang ; Yanghong,Guo ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 domain-representative gene (DRG);functional principal component analysis (fPCA);spatial expression pattern;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Xin,Chen ; Chaowen,Li ; 等 《Small methods》 2026年10卷4期 e01812页
【关键词】 denoising;graph convolutional networks;multimodal integration;
- 概要：
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【外文期刊】 Sikta,Das Adhikari ; Jiaxin,Yang ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2024年23卷 883-891页SCIMEDLINE
【关键词】 Single cell RNA sequencing;Spatial transcriptomics;Spatially resolved transcriptomics;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Jianing,Yao ; Jinglun,Yu ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 Spatially-resolved transcriptomics;contrastive learning;graph-based autoencoder;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Sheng,Yang ; Xiang,Zhou ; 《Genome medicine》 2024年16卷1期 18页SCIMEDLINEBP
【关键词】 Analysis flow chart;Data analysis;Spatial resolved transcriptomics (SRT);
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【外文期刊】 Anastasia,Magoulopoulou ; Sergio Marco,Salas ; 等 《Annual review of genomics and human genetics》 2023年24卷 133-150页SCIMEDLINECA
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Yong,Bai ; Xiangyu,Guo ; 等 《Genome biology》 2025年26卷1期 230页SCIMEDLINE
【关键词】 Cell–cell interaction;Deep learning;Multi-section integration;
- 概要：
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- 结论：
【外文期刊】 Lei,Zhang ; Shu,Liang ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年25卷4期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 graph augmentation;graph convolutional network;multi-view graph contrastive learning;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Michaela,Asp ; Joseph,Bergenstråhle ; 等 《BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology》 2020年42卷10期 e1900221页SCIMEDLINEBP
【关键词】 RNA;RNA-sequencing;gene expression;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Wei,Liu ; Xiao,Zhang ; 等 《Genomics, proteomics & bioinformatics》
【关键词】 Generalized factor analysis;Integration;Multi-section analysis;
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