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【中文期刊】 Zhi Huang Zhi Han  等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2021年19卷6期 1023-1031页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Gene co-expression network (GCN) mining identifies gene modules with highly correlated expression profiles across sample...

【关键词】 Network mining； Gene co-expression network； Transcriptomic data analysis；

【外文期刊】 S R,Oshternian ; S,Loipfinger ; 等 《BMC bioinformatics》 2024年25卷1期 167页 SCIMEDLINEBP

【关键词】 Autoencoder; Dimensionality reduction; Independent component analysis;

【外文期刊】 Liyang,Liu ; Haining,Cui ; 等 《Frontiers in genetics》 2020年11卷 494页

【关键词】 TCGA data analysis; cancer; computational prediction;

【外文期刊】 Sang Mi,Lee ; GaRyoung,Lee ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2022年20卷 3041-3052页 SCIMEDLINE

【关键词】 1D CNN, one-dimensional convolutional neural network; Cancer patient-specific metabolic model; E-Flux2, E-Flux method combined with minimization of L2norm;

【外文期刊】 Corinne,Rancurel ; Trang,van Tran ; 等 《Molecular and cellular probes》 2019年46卷 101418页 SCIMEDLINECABP

【关键词】 Data analysis; MIQE; Real-time quantitative PCR;

【外文期刊】 Danilo,Tomasoni ; Rosario,Lombardo ; 等 《Frontiers in genetics》 2024年15卷 1270387页

【关键词】 computational biology; federated databases; non-disclosive data analysis;

【外文期刊】 Luigi,Chiricosta ; Simone,D'Angiolini ; 等 《International journal of molecular sciences》 2022年23卷9期 SCIMEDLINE

【关键词】 Alzheimer’s disease; blood; data mining;

【外文期刊】 Aishwarya,Gondane ; Harri M,Itkonen ; 《Current issues in molecular biology》 2023年45卷3期 1860-1874页 SCIMEDLINEBP

【关键词】 RNA-seq; alternative splicing; bioinformatics;

【外文期刊】 George,Minadakis ; Kleitos,Sokratous ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2020年18卷 1695-1703页 SCIMEDLINE

【关键词】 Differential gene expression analysis; Differential protein expression analysis; Gene co-expression networks;

【外文期刊】 Jianhua,Xue ; Hui,Zhao ; 等 《Oncology letters》 2023年25卷5期 185页 SCIMEDLINE

【关键词】 HBV-associated liver cancer; bioinformatics analysis; ceRNA;

【外文期刊】 Yang,Guo ; Richard,Townsend ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2017年1627卷 511-525页

【关键词】 Data analysis; GEO; Microarray;

【外文期刊】 Simone,D'Angiolini ; Maria,Lui ; 等 《International journal of molecular sciences》 2024年25卷2期 SCIMEDLINE

【关键词】 Parkinson’s disease; network analysis; peripheral blood;

【外文期刊】 Feng,Zhang ; Chen,Yang ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2022年23卷5期 SCIMEDLINEBP

【关键词】 breast cancer; deconvolution analysis; developmental potential;

【外文期刊】 Thummarat,Paklao ; Apichat,Suratanee ; 等 《BMC bioinformatics》 2023年24卷1期 492页 SCIMEDLINEBP

【关键词】 Constraint-based approach; Escherichia coli; Flux balance analysis (FBA);

【外文期刊】 Miguel C,Teixeira ; Pedro T,Monteiro ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2016年1361卷 391-404页

【关键词】 Saccharomyces cerevisiae; Transcription regulatory networks; Transcriptional regulation prediction;

【外文期刊】 Alex,Hirtz ; Nolwenn,Lebourdais ; 等 《Cancers》 2022年14卷17期 SCIMEDLINEBP

【关键词】 data mining; functional enrichment; gender-specific analysis;

【外文期刊】 José P,Faria ; James J,Davis ; 等 《Frontiers in microbiology》 2016年7卷 1819页

【关键词】 CLR; Escherichia coli; atomic regulon;

【外文期刊】 Nabeel,Shaheen ; Uzair Muhammad,Khan ; 等 《BMC plant biology》 2023年23卷1期 250页 SCIMEDLINEBP

【关键词】 B. carinata; Fatty acid desaturase; Genome wide identification;

【外文期刊】 George,Notas ; Vassiliki,Pelekanou ; 等 《Molecular oncology》 2015年9卷9期 1744-59页 SCIMEDLINEBP

【关键词】 Breast cancer; Cell lines; Endocrine resistance;

【外文期刊】 Valentino,Palombo ; Marco,Milanesi ; 等 《BMC bioinformatics》 2020年21卷1期 46页 SCIMEDLINEBP

【关键词】 Data mining; Genomic and transcriptomic analysis; KEGG;

【外文期刊】 Amadeo,Muñoz García ; Lars M,Eijssen ; 等 《The Journal of steroid biochemistry and molecular biology》 2019年189卷 28-35页 SCIMEDLINECABP

【关键词】 Bioinformatics; Biological pathways; Network analysis;

【外文期刊】 Indhupriya,Subramanian ; Vivek K,Singh ; 等 《BMC dermatology》 2018年18卷1期 3页 MEDLINE

【关键词】 Atopic dermatitis; Computational approach; Transcriptomic data analysis;

【外文期刊】 Iivari,Kleino ; Paulina,Frolovaitė ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2022年20卷 4870-4884页 SCIMEDLINE

【关键词】 AOI, area of illumination; BICCN, Brain Initiative Cell Census Network; BOLORAMIS, barcoded oligonucleotides ligated on RNA amplified for multiplexed and parallel in situ analyses;

【外文期刊】 Jeanne,Bazile ; Florence,Jaffrezic ; 等 《Physiological genomics》 2020年52卷8期 322-332页 SCIMEDLINEBP

【关键词】 bovine; meta-analysis; muscle;

【外文期刊】 Aleksandr V,Bobrovskikh ; Ulyana S,Zubairova ; 等 《International journal of molecular sciences》 2022年23卷8期 SCIMEDLINE

【关键词】 Arabidopsis thaliana L.; gene network; high light stress;

【外文期刊】 Shutao,Chen ; Lin,Zhang ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2024年2822卷 293-309页

【关键词】 Biclustering method; Co-functional analysis; Epi-transcriptomic data;

【外文期刊】 Zhi,Huang ; Zhi,Han ; 等 《Genomics, proteomics & bioinformatics》 2021年19卷6期 1023-1031页

【关键词】 Gene co-expression network; LmQCM; Network mining;

【外文期刊】 Mohamed,Helmy ; Kumar,Selvarajoo ; 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2023年2553卷 221-263页

【关键词】 Bioinformatics; Biostatistics; RNA-Seq;

【外文期刊】 Notas, George ; Pelekanou, Vassiliki ; 等 《Molecular oncology》 2015年9卷9期 1744-1759页

【关键词】 Breast cancer; Tamoxifen; Pluripotency;

【外文期刊】 Feng, Y. ; Hurst, J. ; 等 《Chemistry & biodiversity》 2012年9卷5期 868-887页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Gene-disease relationships; Megascale network-based analysis; Systems biology;

【外文期刊】 Xue, Jianhua ; Zhao, Hui ; 等 2023年25卷5期 Article. 185-Article. 185页

【关键词】 HBV-associated liver cancer; transcriptomic data; bioinformatics analysis;

【外文期刊】 Garcia, Amadeo Munoz ; Eijssen, Lars M. ; 等 《The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology》 2019年189卷 28-35页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Transcriptomic data; Vitamin D; Bioinfonnatics;

【外文期刊】 Caffrey SM ; Park HS ; 等 《Applied and Environmental Microbiology》 2008年74卷8期 2404-2413页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 CYCLIC DI-GMP; TRANSCRIPTOMIC ANALYSIS; BIOFILM FORMATION;

【外文期刊】 Panja, Sukanya ; Rahem, Sarra ; 等 2021年22卷4期 244-266页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Therapeutic response; therapeutic resistance; machine learning;

【外文期刊】 Rancurel, Corinne ; Trang Van Tran ; 等 《Molecular and Cellular Probes: The Location, Diagnosis and Monitoring of Disease by Specific Molecules and Cell Lines》 2019年46卷 101418-101418页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Real-time quantitative PCR; Statistics; Web-application;