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【中文期刊】 马秋双 杨茗涵 等 《中华肺部疾病杂志（电子版）》 2025年18卷2期 261-265页ISTIC
【摘要】 目的分析人源微小RNA-195-5p（human microRNA-195-5p，hsa-miR-195-5p）在非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer，NSCLC）患者血清外泌体中的表达及临床意义。方法选择20...
【关键词】 非小细胞肺癌；人源微小RNA-195-5p；生物信息学；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李嘉怡 武楠 《中华口腔医学研究杂志（电子版）》 2025年19卷3期 170-180页ISTICCA
【摘要】 目的采用生物信息学方法筛选牙周炎（PD）和非酒精性脂肪性肝炎（NASH）的共同关键基因，探索两种疾病潜在的共同致病机制。方法从基因表达数据库（GEO）中获取2008—2016年相关疾病数据集，选择GSE16134和GSE89632分别作为P...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李乐桐 林加曼 等 《中华危重症医学杂志（电子版）》 2025年18卷2期 105-114页ISTICCA
【摘要】 目的探讨1-磷酸鞘氨醇受体1（S1PR1）表达水平对乳腺癌患者预后的影响及其与免疫细胞浸润的关系。方法利用GEPIA、TIMER、UALCAN、Kaplan-Meier Plotter、GENT2、cBioportal 等数据库和学术工具D...
【关键词】 1-磷酸鞘氨醇受体1；乳腺癌；免疫浸润；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 迟云霞 吕强 等 《中华肾病研究电子杂志》 2025年14卷2期 115-117页ISTIC
【摘要】 生物信息学是生命科学、计算机科学等多学科交叉的前沿学科，在肾脏疾病的基础与临床研究中重要性凸显。肾脏病学研究生掌握基本的生物信息学知识和分析技能，有助于理解大数据下肾脏疾病的发病机制。目前肾脏病学研究生在生物信息学知识获取与能力提升方面，尚...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 邓绮玲 庄杰兰 等 《中华临床实验室管理电子杂志》 2025年13卷2期 97-105页
【摘要】 目的利用生物信息学，筛选原发性痛风性关节炎（PGA）与高尿酸血症（HUA）的关键基因及探索相关通路。方法从GeneCards、OMIM、DisGeNET 3个数据库中检索PGA与HUA的疾病基因靶点，分别对所得的靶点进行总结、筛选和去重，分...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 嵇宏声 魏万顷 等 《中华临床医师杂志（电子版）》 2024年18卷11期 1044-1053页ISTICCA
【摘要】 目的基于生物信息学和细胞实验分析核转运蛋白KPNB1（Karyopherin β1）在膀胱癌中的表达及其作用机制探索。方法从癌症基因图谱数据库（TCGA）、基因综合表达（GEO）数据库和人类蛋白组图谱（THPA）获取KPNB1 在膀胱癌组织...
【关键词】 膀胱癌；核转运蛋白KPNB1；生物信息学；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 丁富贵 吴泽涛 等 《中华消化病与影像杂志（电子版）》 2024年14卷6期 512-518页ISTIC
【摘要】 目的 为深入分析家族性腺瘤性息肉病(FAP)的两个主要亚型,以理解其临床特征的异同,并探讨APC基因突变与疾病发展之间的关系.方法 采用回顾性研究设计,纳入2013年1月至2023年12月武汉大学人民医院诊治的65例FAP患者,包括36例经...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王睿 邓俊 等 《中华乳腺病杂志（电子版）》 2024年18卷5期 274-280页ISTICCSCDCA
【摘要】 目的研究FAM91A1 表达是否能作为乳腺癌独立预后因子，并探讨其可能的影响机制。方法利用UALCAN 数据库中的“TCGA”模块获得FAM91A1 在乳腺癌各个分型中的mRNA 表达，同时从TCGA 数据库获得1101 例乳腺癌患者表达谱...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Rahul Shaw Xin Tian 等 《分子植物（英文版）》 2021年14卷1期 115-126页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 The rapid and enthusiastic adoption of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has demonstrated that this technology is f...
【关键词】 bioinformatics pipelines；cell types and states；plant development and physiology；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Chengjie Chen Hao Chen 等 《分子植物（英文版）》 2020年13卷8期 1194-1202页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 The rapid development of high-throughput sequencing techniques has led biology into the big-data era.Data analyses using...
【关键词】 TBtools；bioinformatics；big data；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 迟浩 孙瑞祥 等 《生物化学与生物物理进展》 2015年42卷2期 101-114页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 高分辨率质谱技术的快速发展使得“自项向下”的蛋白质组学(top-down proteomics)研究逐渐成熟起来.在完整蛋白质水平上研究蛋白质组可以提供更精准、更丰富的生物学信息,特别是对于蛋白质上发生了多种关联性的翻译后修饰的情况.另外,...
【关键词】 “自顶向下(top-down)”的蛋白质组学；串联质谱技术；生物信息学；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
- 概要：
- 方法：
- 结论：
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）》 2020年21卷3期 246-255,中插1-中插2页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 目的:鉴定去势抵抗性前列腺癌(CRPC)的关键基因.创新点:(1)结合多个数据库数据,运用生物信息学方法鉴定CRPC的关键基因;(2)首次报道PTPRR可能在CRPC里起关键作用.方法:通过下载三个GEO数据库的mRNA微阵列数据,分析CR...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Qian Xu-Bo Chen Tong 等 《中华医学杂志英文版》 2020年133卷15期 1844-1855页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 The purpose of this review is to provide medical researchers, especially those without a bioinformatics background, with...
【关键词】 Microbiome；Microbiota；Study design；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 于雅丽 孔奕翼 等 《中华创伤骨科杂志》 2021年23卷1期 75-80页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:基于基因芯片筛选骨关节炎特征基因谱及信号通路。方法:基于Gene Expression Omnibus(GEO)数据库的2个人类关节滑膜组织微阵列（GSE82107和GSE55235），包括20个骨关节炎样本和17个健康对照样本，采用...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 闫楚凡 韩笑 等 《中华实验眼科杂志》 2021年39卷4期 297-303页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:利用生物信息学方法分析糖皮质激素对晶状体上皮细胞(LECs)生物学功能的影响，并预测相关的微小RNA(miRNA)。方法:下载GSE3040数据集，设置1 μmol/L地塞米松处理的人LECs细胞株HLE-B3细胞为实验组，1 μmo...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 郭跃丽 孔万仲 等 《中华血液学杂志》 2021年42卷2期 135-139页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨一个遗传性凝血因子Ⅴ（FⅤ）缺陷症家系的分子致病机制。方法:DNA直接测序法分析先证者F5的全部外显子、侧翼序列、5′和3′端非翻译区及家系成员（共3代11人）相应的突变位点区域。通过CAT法检测凝血酶生成量；用ClustalX软...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 孔娇 刘传鑫 等 《中华内分泌代谢杂志》 2021年37卷4期 274-280页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:基于生物信息学技术筛选2型糖尿病肾病(DN)肾小球病变差异表达基因，并探讨其在分子过程中可能的途径。方法:筛选基因表达公共数据库(GEO)中DN相关基因芯片数据集GSE96804，采用R 3.6.2软件分析在DN肾小球与正常肾小球中差...
【关键词】 2型糖尿病肾病肾小球病变；生物信息学；关键基因；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘航睿 姜国忠 等 《中华肿瘤杂志》 2021年43卷6期 666-673页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:寻找准确预测食管鳞癌患者生存的生物标志物。方法:通过TCGA数据库筛选出与食管鳞癌患者总生存时间(OS)相关的免疫相关基因，构建预后风险评分模型。采用Kaplan-Meier法比较高风险和低风险组患者的预后情况，采用受试者工作特征(R...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘垚 刘逸 等 《中华危重病急救医学》 2021年33卷4期 472-477页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:寻找内毒素耐受（ET）的潜在关键基因，为脓毒症的治疗提供理论和实验依据。方法:①实验1（基因芯片与生物信息分析）：从基因表达数据库（GEO）中下载ET相关基因数据集GSE47783，该数据集由脂多糖（LPS）刺激小鼠巨噬细胞建立脓毒症...
【关键词】 甲型肝炎病毒细胞膜蛋白受体2；内毒素耐受；脓毒症；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 宋明瑞 侯毅龙 等 《中华创伤骨科杂志》 2021年23卷4期 349-358页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨金黄色葡萄球菌感染所致骨量丢失的分子机制。方法:将30只雄性8周龄C57BL/6小鼠随机分为3组（ n=10）：对照组、感染组及感染+JAK抑制剂（JAKi）组。造模2周后于股骨和胫骨处取材。通过Micro-CT重建并分...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张强强 熊静 等 《中华医学杂志》 2021年101卷14期 1031-1035页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨CXC基序趋化因子10（CXCL10）在脑胶质瘤中的表达及其对脑胶质瘤发生、发展与预后的影响。方法:分别利用生物信息学中国脑胶质瘤基因组图谱（CGGA）， 癌症基因组图谱（TCGA）、MetaScape、TIMER等数据库分析CX...
【关键词】 CXC基序趋化因子10；胶质瘤；预后；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《遗传学报》 2019年46卷9期 433-443页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Batch effects are technical sources of variation and can confound analysis.While many performance ranking exercises have...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《遗传学报》 2018年45卷7期 373-379页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Understanding the functional effects of genetic variants is crucial in modern genomics and genetics.Transcription factor...
【关键词】 Compound effect；Transcription factor binding site；Variant annotation；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨一帆 房居高 等 《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》 2020年55卷2期 125-132页MEDLINEISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 应用基因表达谱芯片,筛选下咽鳞状细胞癌患者对紫杉醇+顺铂+5-氟尿嘧啶(TPF)方案诱导化疗敏感性的差异表达基因,并进行初步分析.方法 选取2013年1月至2017年12月北京同仁医院头颈外科29例原发下咽鳞状细胞癌患者(男28例,女...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 尉超 黄海涛 等 《中华整形外科杂志》 2020年36卷1期 72-75页MEDLINEISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 探讨微小RNA-3960(miR-3960)在过量全反式维甲酸(atRA)诱导腭裂小鼠模型中的作用.方法 6只ICR系受孕雌鼠随机分为对照组与实验组,每组3只.在E14.5,对实验组小鼠用atRA灌胃1次,对照组以相应体积植物油灌胃1...
【关键词】 全反式维甲酸；腭裂；微小RNA-3960；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张钧栋 陈熙勐 等 《中华传染病杂志》 2020年38卷10期 609-615页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:分析血管紧张素转换酶2(angiotensin converting enzyme 2，ACE2)抑制性突变相关炎症机制及其潜在干预药物，为治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)提供参考。方法:从肿瘤基因图谱(the cancer ...
【关键词】 血管紧张素转换酶2；炎症；2019新型冠状病毒；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 卜祥博 潘彬 等 《中华医学杂志》 2020年100卷19期 1505-1510页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:使用生物信息学技术分析转移性尤文肉瘤的关键基因及其预后、调控。方法:基于高通量数据筛选出了与尤文肉瘤（ES）转移相关的差异表达基因（DEGs），并将DEGs进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李纪迎 王艳荣 等 《中华行为医学与脑科学杂志》 2020年29卷12期 1087-1092页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:采用全基因组外显子测序及生物信息学技术和方法，筛选强迫症致病基因，探讨强迫症潜在的发病机制。方法:获取5例首发强迫症患者和5例健康人外周血，提取DNA，进行全基因组外显子测序；检测病例组和对照组的全外显子中差异基因的相关位点，进行GO...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 陈熙勐 曹丰 等 《中华心血管病杂志》 2020年48卷7期 587-592页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨冠状病毒感染所致心力衰竭（心衰）的机制，并预测对其可能有效的药物。方法:在基因表达数据库（GEO）检索冠状病毒和心衰，并筛选符合实验要求的组学数据。采用R语言Limma程序包进行差异表达基因分析，筛选差异表达基因。将两组差异基因导...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杜宝顺 袁磊 等 《中华医学杂志》 2020年100卷6期 460-464页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨应用加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法寻找髓母细胞瘤中特异表达的基因模块，筛选可能诊断和治疗髓母细胞瘤的标记基因。方法:采用WGCNA对髓母细胞瘤中与生存相关的基因模块进行鉴定。利用Cytoscape软件构建共表达网络。采用...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨双燕 任红 等 《中华肝脏病杂志》 2020年28卷9期 773-783页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过生物信息学方法筛选出参与肝细胞癌（HCC）进展的核心基因（Hub gene），探讨细胞周期蛋白B2（CCNB2）在HCC发生发展及预后中的潜在作用。方法:从GEO数据库中筛选并下载四个HCC相关数据集，用GEO2R分析数据并鉴定差...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张皓旻 陈浩然 等 《中华微生物学和免疫学杂志》 2020年40卷3期 165-173页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 目的:通过对SARS病毒转录组数据进行临床生物信息学分析，探讨免疫损伤组学机制，预测针对性治疗药物，并为COVID-19的临床治疗提供参考。方法:收集公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus，GEO)中的SARS病...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 伍豪 路宗师 等 《中华糖尿病杂志》 2020年12卷12期 1006-1012页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探索糖尿病肾病（DKD）肾小球病变的生物标记物和免疫细胞浸润特征。方法:利用生物信息学方法，从基因表达数据库的数据集GSE96804和GSE30528中鉴定出肾小球病变的共同差异表达基因（DEG），并进行功能富集分析；构建蛋白质-蛋白...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 宋业勋 肖剑 等 《中华消化杂志》 2020年40卷6期 361-367页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:应用生物信息学方法对食管鳞状细胞癌(以下简称鳞癌)差异基因表达谱进行分析，筛选与食管鳞癌发生、发展相关的关键基因，并寻找食管鳞癌早期诊断和预后的生物标志物。方法:从基因表达综合数据库下载食管鳞癌基因芯片数据集GSE26886、GSE7...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《植物多样性（英文）》 2016年38卷6期 264-270页SCIMEDLINEISTICCSCDBP
【摘要】 The current global challenges that threaten biodiversity are immense and rapidly growing. These biodi-versity challenges...
【关键词】 Biodiversity；Big data；Niche modeling；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《分子植物（英文版）》 2015年8卷10期 1520-1535页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【关键词】 abiotic/environmental stress； water relations； bioinformatics；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杜维 丁勇 等 《植物分类与资源学报》 2015年1期 71-77页SCIMEDLINEISTICCSCDBP
【摘要】 根据樟叶越桔( Vaccinium dunalianum)叶芽转录组测序获得的熊果苷合成酶基因VdAS1部分EST序列设计引物，结合RACE￣PCR技术获得VdAS1基因全长1577 bp cDNA序列。其完整的开放阅读框推测编码由475个...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《分子植物（英文版）》 2013年6卷5期 1463-1472页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【关键词】 bioinformatics；chromatin structure and remodeling；epigenetics；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《分子植物（英文版）》 2013年6卷4期 1176-1186页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《世界胃肠病学杂志（英文版）》 2012年18卷38期 5442-5453页SCIMEDLINEISTIC
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《世界胃肠病学杂志（英文版）》 2012年18卷15期 1745-1752页SCIMEDLINEISTIC
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 沈应博 史晓敏 等 《生物工程学报》 2019年35卷4期 541-557页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 随着耐药细菌的大量出现及广泛传播, 细菌耐药性成为全球备受关注的问题.耐药细菌的特征如耐药基因、毒力因子、质粒分型等以及不同菌株间亲缘关系对于细菌耐药性流行病学及分子生物学的研究有着十分重要的意义.但是传统的技术手段如聚合酶链式反应 (Po...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 陈玉升 郭杨 等 《中华医学杂志》 2019年99卷29期 2311-2314页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 采用生物信息分析技术探讨胶质瘤(Glioma)差异表达基因筛选、功能富集和相关信号通路.方法 在基因表达谱数据库(GEO)中选取胶质瘤中相关基因表达谱芯片数据,采用R软件lima包筛选胶质瘤患者肿瘤组织和正常脑组织中差异表达基因.对筛...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 田阔 王健健 等 《中华危重病急救医学》 2019年3期 293-297页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 利用生物信息学方法分析脓毒症患者骨骼肌细胞基因标志物的特征.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的基因表达数据库(GEO)中获取脓毒症患者骨骼肌纤维组织基因芯片表达数据集(GSE13205),利用NCBI网站提供的在线R语言分...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 陈裕荷 詹柱 等 《中华肝脏病杂志》 2019年27卷7期 533-540页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的通过生物信息学方法分析非酒精性脂肪性肝炎(NASH)相关差异表达基因(DEGs),寻找NASH发生的关键通路及潜在的治疗靶点. 方法从公共基因芯片数据库下载GSE61260芯片,包含24例NASH和38例健康对照者肝组织穿刺样本芯片数据...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 雍陟 江智军 等 《中华急诊医学杂志》 2019年28卷11期 1366-1372页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 利用microRNA(miRNA)表达谱芯片探索大黄素对脓毒症小鼠肠道miRNA表达的调控作用.方法 通过盲肠结扎穿孔法建立脓毒症模型,42只c57小鼠随机(随机数字法)分为三组:假手术组(Sham组),脓毒症模型组(Sepsis组)...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 黄靖雯 刘娟 等 《中国中药杂志》 2019年44卷6期 1151-1155页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 高卢蜜环菌是一种兼性寄生真菌,在天麻栽培过程中作为天麻的唯一营养源.几丁质酶作为一种糖苷水解酶,在高卢蜜环菌的生长发育及其与天麻的共生过程中发挥重要作用.高卢蜜环菌几丁质酶基因共有22条,对这些几丁质酶基因的氨基酸序列进行生物信息分析,发现...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
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