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            1. Caenorhabditis elegans deep lipidome profiling by using integrative mass spectrometry acquisitions reveals significantly altered lipid networks

            【中文期刊】 Nguyen Hoang Anh Young Cheol Yoon  等 《药物分析学报（英文版）》 2022年12卷5期 743-754页 SCIMEDLINECSCDCA

            【摘要】 Lipidomics coverage improvement is essential for functional lipid and pathway construction.A powerful approach to discov...

            【关键词】 Caenorhabditis elegans； Lipidomics； Data-dependent acquisition；

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            2. High-resolution MS/MS metabolomics by data-independent acquisition reveals urinary metabolic alteration in experimental colitis

            【外文期刊】 Z. ; Li ; 等 《Metabolomics :》 2019年15卷5期 Articl70-Articl70页

            【关键词】 Data-independent acquisition; Experimental colitis; SWATH;

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            3. Combining Rapid Data Independent Acquisition and CRISPR Gene Deletion for Studying Potential Protein Functions: A Case of HMGN1

            【外文期刊】 Mehnert, Martin ; Li, Wenxue ; 等 《Proteomics》 2019年19卷13期 1800438-1800438页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 clone effect; CRISPR-Cas9; data independent acquisition;

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            4. Deep Proteomics Network and Machine Learning Analysis of Human Cerebrospinal Fluid in Japanese Encephalitis Virus Infection

            【外文期刊】 Bharucha, Tehmina ; Gangadharan, Bevin ; 等 《Journal of proteome research》 2023年22卷6期 1614-1629页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 central nervous system infection; neurological infection; encephalitis;

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            5. Serum Proteomics Identified TAFI as a Potential Molecule Facilitating the Migration of Peripheral Monocytes to Damaged White Matter During Chronic Cerebral Hypoperfusion

            【外文期刊】 Wang, Yuhan ; Cheng, Wenchao ; 等 2024年49卷3期 597-616页

            【关键词】 Chronic cerebral hypoperfusion; Thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor; White matter lesions;

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            6. Dynamic Interactomics by Cross-Linking Mass Spectrometry: Mapping the Daily Cell Life in Postgenomic Era

            【外文期刊】 Santorelli, Lucia ; Caterino, Marianna ; 等 《OMICS: A journal of integrative biology》 2022年26卷12期 633-649页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 interactome; proteomics; cross-linking mass spectrometry;

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            7. Improvements in Mass Spectrometry Assay Library Generation for Targeted Proteomics

            【外文期刊】 Teleman, Johan ; Hauri, Simon ; 等 《Journal of proteome research》 2017年16卷7期 2384-2392页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 proteomics; mass spectrometry; spectral library generation;

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            8. Effect of chlorpyrifos on the expression and regulation of salivary gland protein of Haemaphysalis longicornis

            【外文期刊】 Xue, Xiaomin ; Wang, Ningmei ; 等 《International Journal of Acarology》 2023年49卷2期 154-164页 SCISCIE

            【关键词】 Quantitative proteomics; data-independent acquisition; glutathione S-transferase;

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            9. Absolute Protein Quantification by LC/MSE for Global Analysis of Salicylic Acid-induced Plant Protein Secretion Responses

            【外文期刊】 Cheng, FY ; Blackburn, K ; 等 《Journal of proteome research》 2009年8卷1期 82-93页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Arabidopsis; secretome; liquid chromatography;

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            10. Extensive and Accurate Benchmarking of DIA Acquisition Methods and Software Tools Using a Complex Proteomic Standard

            【外文期刊】 Gotti, Clarisse ; Roux-Dalvai, Florence ; 等 2021年20卷10期 4801-4814页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 proteomic standard; software benchmarking; data-independent acquisition;

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            11. Increasing Proteome Depth While Maintaining Quantitative Precision in Short-Gradient Data-Independent Acquisition Proteomics

            【外文期刊】 Doellinger, Joerg ; Blumenscheit, Christian ; 等 《Journal of proteome research》 2023年22卷6期 2131-2140页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 data-independent acquisition; predicted spectral library; isolation window;

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            12. Phosphoproteomic characterization of the signaling network resulting from activation of the chemokine receptor CCR2

            【外文期刊】 Huang, Cheng ; Foster, Simon R. ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2020年295卷19期 6518-6531页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 phosphoproteomics; cell signaling; mass spectrometry (MS);

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            13. Label-free profiling of skeletal muscle using high-definition mass spectrometry

            【外文期刊】 Burniston ; Jatin G. ; 等 《Proteomics》 2014年14卷20期 2339-2344页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Animal proteomics; Data-independent acquisition; Ion mobility;

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            14. Proteomic LC-MS analysis of Arabidopsis cytosolic ribosomes: Identification of ribosomal protein paralogs and re-annotation of the ribosomal protein genes

            【外文期刊】 Hummel, Maureen ; Dobrenel, Thomas ; 等 《Journal of proteomics》 2015年128卷 436-449页

            【关键词】 A. thaliana; LC-MS; DIA;

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            15. Data Dependent-Independent Acquisition (DDIA) Proteomics

            【外文期刊】 Guan, Shenheng ; Taylor, Paul P. ; 等 《Journal of proteome research》 2020年19卷8期 3230-3237页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 peptide identification; protein identification; data-independent acquisition;

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            16. Data Independent Acquisition analysis in ProHits 4.0

            【外文期刊】 Liu, Guomin ; Knight, James D. R. ; 等 《Journal of proteomics》 2016年149卷 64-68页

            【关键词】 Laboratory Information Management System; Mass spectrometry; Data Independent Acquisition;

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            17. Quantitative Proteomics Based on Optimized Data-Independent Acquisition in Plasma Analysis

            【外文期刊】 Nigjeh, Eslam N. ; Chen, Ru ; 等 《Journal of proteome research》 2017年16卷2期 665-676页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 proteomics; mass spectrometry; data-independent acquisition (DIA);

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            18. High-quality and robust protein quantification in large clinical/pharmaceutical cohorts with IonStar proteomics investigation

            【外文期刊】 Shen, Shichen ; Wang, Xue ; 等 《Nature protocols erecipes for researchers》 2023年18卷3期 700-+页

            【关键词】 DATA-INDEPENDENT ACQUISITION; LABEL-FREE; QUANTITATIVE PROTEOMICS;

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            19. Deep Time Course Proteomics of SARS-CoV- and SARS-CoV-2-Infected Human Lung Epithelial Cells (Calu-3) Reveals Strong Induction of Interferon-Stimulated Gene Expression by SARS-CoV-2 in Contrast to SARS-CoV

            【外文期刊】 Grossegesse, Marica ; Bourquain, Daniel ; 等 2022年21卷2期 459-469页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 SARS-CoV-2; coronavirus; interferon response;

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            20. Discovery of Native Protein Complexes by Liquid Chromatography Followed by Quantitative Mass Spectrometry

            【外文期刊】 Aftab, Wasim ; Imhof, Axel ; 等 2021年1336卷 105-128页 SCIEMEDLINE

            【关键词】 Protein-protein interactions; Protein networks; Liquid chromatography;

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            21. Potential biomarkers for inherited thrombocytopenia 2 identified by plasma proteomics

            【外文期刊】 Wang, Xiaojie ; Chen, Maoshan ; 等 2022年33卷3期 443-450页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Data independent acquisition (DIA); inherited thrombocytopenia 2 (THC2); platelets;

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            22. Application of Proteomics in Sarcoidosis

            【外文期刊】 Guerrero, Candance R. ; Maier, Lisa A. ; 等 2020年63卷6期 727-738页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 proteomics; sarcoidosis; biomarkers;

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            23. Assessment of SRM, MRM3, and DIA for the targeted analysis of phosphorylation dynamics in non-small cell lung cancer

            【外文期刊】 Schmidlin, Thierry ; Garrigues, Luc ; 等 《Proteomics》 2016年16卷15/16期 2193-2205页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Data-independent acquisition; MRM3; Protein phosphorylation;

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            24. In-depth evaluation of software tools for data-independent acquisition based label-free quantification

            【外文期刊】 Kuharev, Jorg ; Navarro, Pedro ; 等 《Proteomics》 2015年15卷18期 3140-3151页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics; Data-independent acquisition; Ion mobility separation;

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            25. Effective protein extraction combined with data independent acquisition analysis reveals a comprehensive and quantifiable insight into the proteomes of articular cartilage and subchondral bone

            【外文期刊】 Bundgaard, L. ; Ahrman, E. ; 等 2022年30卷1期 137-146页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Cartilage; Subchondral bone; Proteome;

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            26. Revealing Dynamic Protein Acetylation across Subcellular Compartments

            【外文期刊】 Baeza, Josue ; Lawton, Alexis J. ; 等 《Journal of proteome research》 2020年19卷6期 2404-2418页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 mass spectrometry; data-independent acquisition; proteome;

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            27. Data-Independent Acquisition for the Orbitrap Q Exactive HF: A Tutorial

            【外文期刊】 Reubsaet, Leon ; Sweredoski, Michael J. ; 等 《Journal of proteome research》 2019年18卷3期 803-813页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 data-independent acquisition; method development strategy; actual scan times;

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            28. Spectra-first feature analysis in clinical proteomics — A case study in renal cancer

            【外文期刊】 Wilson Wen Bin Goh ; Limsoon Wong ; 《Journal of Bioinformatics and Computational Biology》 2016年14卷5期 MEDLINE

            【关键词】 Mass spectrometry; data independent acquisition; SWATH;

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            29. Biomedical applications of ion mobility-enhanced data-independent acquisition-based label-free quantitative proteomics

            【外文期刊】 Distler, Ute ; Kuharev, Joerg ; 等 《Expert review of proteomics》 2014年11卷6期 675-684页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 biomedical research; data-independent acquisition; HDMSE;

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            30. Candidate Treponema pallidum biomarkers uncovered in urine from individuals with syphilis using mass spectrometry

            【外文期刊】 Kara K Osbak ; Geert A Van Raemdonck ; 等 《Future microbiology》 2018年13卷13期 1497-1510页

            【关键词】 antigen test; biomarker discovery; data-independent acquisition;

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            31. Reproducible Determination of High-Density Lipoprotein Proteotypes

            【外文期刊】 Goetze, Sandra ; Frey, Kathrin ; 等 2021年20卷11期 4974-4984页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 high-density lipoprotein (HDL); cardiovascular disease; type 2 diabetes;

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            32. SWATH-MS for metabolomics and lipidomics: critical aspects of qualitative and quantitative analysis

            【外文期刊】 Raetz, Michel ; Bonner, Ron ; 等 2020年16卷6期

            【关键词】 LC-MS; Data independent acquisition; SWATH;

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            33. Quantitative Analysis of Target Peptides Related to Resistance Against Ascochyta Blight (Peyronellaea pinodes) in Pea

            【外文期刊】 Castillejo, Maria-Angeles ; Fondevilla-Aparicio, Sara ; 等 《Journal of proteome research》 2020年19卷3期 1000-1012页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 peptide markers; resistance; targeted proteomics analysis;

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            34. Identifying the Potential Substrates of the Depalmitoylation Enzyme Acyl-protein Thioesterase 1

            【外文期刊】 Liu, Huicong ; Yan, Peipei ; 等 《Current molecular medicine》 2019年19卷5期 364-375页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 APT1; palmitoylation; potential substrates;

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            35. p MSLibrarian: Optimized Predicted Spectral Libraries for Data-Independent Acquisition Proteomics

            【外文期刊】 Isaksson, Marc ; Karlsson, Christofer ; 等 2022年21卷2期 535-546页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 data-independent acquisition; spectral predictions; proteomics;

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            36. Evaluation of the Sensitivity and Reproducibility of Targeted Proteomic Analysis Using Data-Independent Acquisition for Serum and Cerebrospinal Fluid Proteins

            【外文期刊】 Cho, Kyung-Cho ; Oh, Sungtaek ; 等 《Journal of proteome research》 2021年20卷9期 4284-4291页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 quantitative proteomics; data-independent acquisition (DIA); clinical proteomics;

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            37. Absolute Quantification of All Identified Plasma Proteins from SWATH Data for Biomarker Discovery

            【外文期刊】 Rice, Shawn J. ; Liu, Xin ; 等 《Proteomics》 2019年19卷3期 1800135-1800135页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 absolute quantification; data-independent acquisition; lung cancer;

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            38. Advancing serum peptidomic profiling by data-independent acquisition for clear-cell renal cell carcinoma detection and biomarker discovery

            【外文期刊】 Lin, Lin ; Zheng, Jiaxin ; 等 《Journal of proteomics》 2020年215卷

            【关键词】 Serum; Peptidome; Data independent acquisition;

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            39. Comparative evaluation of two methods for LC-MS/MS proteomic analysis of formalin fixed and paraffin embedded tissues

            【外文期刊】 Davalieva, Katarina ; Kiprijanovska, Sanja ; 等 《Journal of proteomics》 2021年235卷

            【关键词】 FFPE; Protein extraction; RapiGest;

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            40. ALB, HP, OAF and RBP4 as novel protein biomarkers for identifying cured patients with pulmonary tuberculosis by DIA

            【外文期刊】 Lu Q. ; Liu J. ; 等 《Clinica chimica acta: International journal of clinical chemistry and applied molecular biology》 2022年535卷 82-91页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Data-independent acquisition; Directly observed treatment short-course; Protein biomarkers;

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            41. Clinical applications of quantitative proteomics using targeted and untargeted data-independent acquisition techniques

            【外文期刊】 Meyer, Jesse G. ; Schilling, Birgit ; 《Expert review of proteomics》 2017年14卷1/6期 419-429页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Data-independent acquisition; SWATH; mass spectrometry;

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            42. Whole cell, label free protein quantitation with data independent acquisition: Quantitation at the MS2 level

            【外文期刊】 McQueen, Peter ; Spicer, Vic ; 等 《Proteomics》 2015年15卷1期 16-24页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bottom-up proteomics; Data dependent acquisition; Data independent acquisition;

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            43. A Quantitative Proteomic Analysis to Reveal Effects of N-acetylcysteine on H2O2-induced Cytotoxicity

            【外文期刊】 Park, Jong-Moon ; Duong, Van-An ; 等 2021年18卷3期 403-414页 SCIE

            【关键词】 Proteomic; N-acetylcysteine; H2O2;

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            44. Proteome Changes Associated with the VEGFR Pathway and Immune System in Diabetic Macular Edema Patients at Different Diabetic Retinopathy Stages

            【外文期刊】 Han, Ruyi ; Gong, Ruowen ; 等 2022年47卷7期 1050-1060页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Diabetic macular edema; proteome; VEGFR signaling pathway;

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            45. Dynamic Alteration in the Vaginal Secretory Proteome across the Early and Mid-Trimesters of Pregnancy

            【外文期刊】 Kumar, Bhoj ; Dey, Amit Kumar ; 等 《Journal of proteome research》 2021年20卷2期 1190-1205页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 longitudinal study; cervical vaginal fluid (CVF); preterm birth;

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            46. Quantification of SAHA-Dependent Changes in Histone Modifications Using Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry

            【外文期刊】 Krautkramer, Kimberly A. ; Reiter, Lukas ; 等 《Journal of proteome research》 2015年14卷8期 3252-3262页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Histone PTM; mass spectrometry; data-independent acquisition;

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            47. Systematic Comparison of Strategies for the Enrichment of Lysosomes by Data Independent Acquisition

            【外文期刊】 Singh, Jasjot ; Kaade, Edgar ; 等 《Journal of proteome research》 2020年19卷1期 371-381页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 lysosomes; lysosome enrichment; quantification;

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            48. Neoadjuvant chemo- or chemo-radiation-therapy of pancreatic ductal adenocarcinoma differentially shift ECM composition, complement activation, energy metabolism and ribosomal proteins of the residual tumor mass

            【外文期刊】 Stillger, Maren N. ; Kurowski, Konrad ; 等 《International Journal of Cancer =: Journal International du Cancer》 2024年154卷12期 2162-2175页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 data-independent acquisition; mass spectrometry; neoadjuvant therapy;

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            49. Strategies for Increasing the Depth and Throughput of Protein Analysis by plexDIA

            【外文期刊】 Derks Jason ; Slavov Nikolai ; 《Journal of proteome research》 2023年22卷3期 697-705页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 multiplexed data independent acquisition; plexDIA; single-cell proteomics;

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            50. Liquid Chromatography-Mass Spectrometry for Clinical Metabolomics: An Overview

            【外文期刊】 Furlani, Izadora L. ; Nunes, Estefane da Cruz ; 等 2021年1336卷 179-213页 SCIEMEDLINE

            【关键词】 Metabolomics; Mass analyzers; Sample preparation;

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