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【中文期刊】 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2019年17卷3期 229-247页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 To unravel the genetic mechanisms of disease and physiological traits,it requires comprehensive sequencing analysis of l...
【中文期刊】 Hao Wen Wenqiang Wang 等 《食品科学与人类健康（英文）》 2022年11卷4期 854-864页
【摘要】 Korla fragrant pear (KFP) with special fragrance is a unique cultivar in Xinjiang, China. In order to explore the biosyn...
【关键词】 Korla fragrant pear； Development period； Chlorogenic acid content；
【中文期刊】 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2016年14卷5期 265-279页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 The revolution of genome sequencing is continuing after the successful second-generation sequencing (SGS) technology. Th...
【关键词】 Third-generation sequencing； Oxford nanopore MinION device； De novo assembly；
【中文期刊】 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2015年5期 278-289页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Single-molecule, real-time sequencing developed by Pacific BioSciences offers longer read lengths than the second-genera...
【关键词】 Third-generation sequencing； De novo assembly； Gene isoform detection；
【中文期刊】 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2012年10卷2期 58-73页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 In the realm of bioinformatics and computational biology,the most rudimentary data upon which all the analysis is built ...
【关键词】 Genome assembly； Next-generation sequencing； Comparative assembly；
【中文期刊】 秦志强 莫筱瑾 等 《中国血吸虫病防治杂志》 2017年29卷3期 300-304页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 利用基于RNA-seq的二代测序技术分析日本血吸虫侵袭前后的湖北钉螺转录组的表达,为进一步完善湖北钉螺基因结构信息及挖掘血吸虫感染钉螺相关分子标记提供实验数据.方法 分别提取日本血吸虫毛蚴感染后第7天、第30天湖北钉螺组织和正常钉螺组...
【中文期刊】 张绪伟 文斌 等 《生物工程学报》 2025年41卷1期 385-396页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基因合成技术是支撑合成生物学发展的使能技术.现有的基因从头合成技术存在操作步骤多、效率低、错误率高且长度有限等问题,难以支撑合成生物学日益拓展的庞大需求.其中DNA片段的组装和纠错是基因合成的关键环节.本研究首先通过平衡序列设计软件能力、P...
【中文期刊】 Ying Chen Chuan-Le Xiao 《定量生物学（英文版）》 2020年8卷3期 203-215页
【摘要】 Background: The single-molecular sequencing (SMS) is under rapid development and generating increasingly long and accura...
【关键词】 third generation sequencing； single-molecular real-time sequencing； sequence alignment；
【中文期刊】 《定量生物学（英文版）》 2019年7卷2期 90-109页
【摘要】 Background:Next-generation sequencing (NGS) technologies have fostered an unprecedented proliferation of highthroughput ...
【关键词】 next-generation sequencing； single-cell sequencing； single-molecule sequencing；
【中文期刊】 单春会 陈卫 等 《食品与生物技术学报》 2016年35卷8期 806-814页
【摘要】 丰富的营养物质容易被青霉菌侵染,从而导致哈密瓜的腐坏变质.利用Illumina测序技术考察青霉病原菌侵染前后哈密瓜基因转录组水平的差异变化.利用Illumina平台测序并分析了哈密瓜的转录组信息.过滤后的Clean Reads包含4 947...
【中文期刊】 Feng Jiao Rongsong Luo 等 《分子植物（英文版）》 2020年13卷7期 1001-1012页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Mulberry (Morus spp.) is the sole plant consumed by the domesticated silkworm.However,the genome of domesticated mulberr...
【关键词】 domesticated mulberry； de novo assembly； population genomics；
【中文期刊】 《分子植物（英文版）》 2019年12卷5期 632-647页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Crop weediness,especially that of weedy rice (Oryza sativa f.spontanea),remains mysterious.Weedy rice possesses robust e...
【中文期刊】 《植物分类学报》 2019年57卷5期 440-450页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP
【摘要】 Quercus species comprise the major genera in the family Fagaceae and they are widely distributed in the Northern Hemisph...
【关键词】 de novo assembly； genetic differentiation； positive selection；
【中文期刊】 《分子植物（英文版）》 2017年10卷9期 1224-1237页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Tartary buckwheat (Fagopyrum tataricum) is an important pseudocereal crop that is strongly adapted to growth in adverse ...
【关键词】 tartary buckwheat； de novo genome assembly； rutin biosynthesis；
【中文期刊】 《分子植物（英文版）》 2014年7卷2期 323-335页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【关键词】 Nannochloropsis； lipids； biofuel；
【中文期刊】 赵磊 Zachary LARSON-RABIN 等 《植物分类与资源学报》 2012年34卷5期 487-501页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP
【摘要】 利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA-Seq短序列数据,比较了8个(ABySS,Velvet,SOAPdenovo,Oases,Trinity,Multiple-k,T-IDBA and Trans...
【中文期刊】 曹欣 刘婉婷 等 《基因组学与应用生物学》 2017年36卷7期 2897-2904页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 高通量测序技术的发展以及成本的降低使得细菌基因组测序成为研究细菌的标准流程.但细菌基因组变异度大,近缘基因组修正以及基因组从头拼接各有利弊,如何准确获得更多的有效功能基因尚无系统性的研究.本研究对真实环境中分离的一株短小芽孢杆菌(Bacil...
【中文期刊】 刘新星 陈超 《中国生物工程杂志》 2011年31卷7期 45-53页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为了促进对四倍体拟南芥(A.suecica)的研究,阐明多倍体植物在染色体加倍过程中遗传物质的变化,从而在分子层面上解释多倍体植物的环境适应和进化机制,描述了一套基于第二代测序技术的转录组短序列组装和生物信息学分析方法.通过对23 000 ...
【关键词】 Arabidopsis suecica； 转录组组装； SOAPdenovo；
【外文期刊】 Joseph L,Beesley ; Holly E,Baum ; 等 《Nano letters》 2018年18卷9期 5933-5937页 SCIMEDLINECA
【关键词】 cellular internalization; coiled coil; de novo peptide;
【外文期刊】 Tuomas,Hämälä ; Eric K,Wafula ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2021年118卷35期 SCIMEDLINECABP
【关键词】 cacao; de novo assembly; genetic load;
【外文期刊】 Chao,Liu ; Pei,Wu ; 等 《Frontiers in genetics》 2024年15卷 1421565页
【关键词】 bioinformatics; de novo; genome assembly;
【外文期刊】 Raúl,Llera-Herrera ; Jorge S,Ramírez-Pérez ; 等 《Mitochondrial DNA. Part B, Resources》 2017年2卷1期 337-338页
【关键词】 Cominate sea catfish; Occidentarius platypogon; de novo assembly;
【外文期刊】 Geng,Chen ; Tieliu,Shi ; 等 《Science China. Life sciences》 2017年60卷2期 116-125页
【关键词】 RNA-seq; de novo assembly; genetic variants;
【外文期刊】 Binbin,Shan ; Yan,Liu ; 等 《Marine genomics》 2022年61卷 100910页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Annotation; De novo assembly; High-Seq sequencing technology;
【外文期刊】 Sonia,Ouadi ; Nicolas,Sierro ; 等 《Frontiers in plant science》 2023年14卷 1248780页
【关键词】 Myrtaceae; Syzygium; comparative genomics;
【外文期刊】 Arsalan,Emami-Khoyi ; Shilpa Pradeep,Parbhu ; 等 《Genes》 2020年11卷4期 SCIMEDLINECABP
【关键词】 De novo transcriptome assembly; brain cerebral cortex; chemical toxicants;
【外文期刊】 Hajra,Qayyum ; Muhammad Sarfraz,Talib ; 等 《Heliyon》 2025年11卷2期 e41938页
【关键词】 De novo assembly; Genome binning; Gut microbiome;
【外文期刊】 Deepti,Chachra ; Pushpinder,Kaur ; 等 《Systems and synthetic biology》 2015年9卷Suppl 1期 57-62页 MEDLINE
【关键词】 Annotation; Brucellaphage; De novo assembly;
【外文期刊】 Martha L,Serrano-Serrano ; Anna,Marcionetti ; 等 《Applications in plant sciences》 2017年5卷4期 SCIMEDLINEBP
【外文期刊】 Sara,Puente-Marin ; Iván,Nombela ; 等 《Genes》 2018年9卷4期 SCIMEDLINECABP
【关键词】 LC ESI-MSMS; RNA-seq; de novo assembly;
【外文期刊】 Nelina,Angelova ; Theodoros,Danis ; 等 《BMC research notes》 2022年15卷1期 98页 MEDLINEBP
【外文期刊】 A,Mastretta-Yanes ; N,Arrigo ; 等 《Molecular ecology resources》 2015年15卷1期 28-41页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 RAD sequencing; Stacks; de novo assembly;
【外文期刊】 Jingqi,Zhou ; Ake,Liu ; 等 《Genomics, proteomics & bioinformatics》 2023年21卷3期 501-514页
【关键词】 De novo genome assembly; Niche adaptation; Potamotrygon leopoldi;
【外文期刊】 Sven,Warris ; Elio,Schijlen ; 等 《BMC genomics》 2018年19卷1期 798页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Chimeric reads; High molecular weight DNA; Long read sequencing;
【外文期刊】 Eugene Matthew P,Almazan ; Sydney L,Lesko ; 等 《Developmental biology》 2018年433卷2期 433-447页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 PIWI; Planarian; Platyhelminthes;
【外文期刊】 Sergio,Arévalo ; Daniel,Pérez Rico ; 等 《ACS synthetic biology》 2024年13卷3期 901-912页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Anabaena; CRISPR-associated transposon (CAST); RNA-guided transposition;
【外文期刊】 Sabine,Kaltofen ; Chenge,Li ; 等 《Journal of molecular biology》 2015年427卷2期 550-62页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Fourier transform infrared spectroscopy; computational protein design; de novo design;
【外文期刊】 Yoji,Nakamura ; Motoshige,Yasuike ; 等 《Gene》 2016年576卷2 Pt 1期 676-80页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 De novo assembly; Next-generation sequencing; Shotgun sequences;
【外文期刊】 Da Cheng,Hao ; Shi Lin,Chen ; 等 《Gene》 2015年558卷1期 41-53页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 De novo assembly; Growth; Metabolism;
【外文期刊】 Daniel J,Jackson ; Nicolas,Cerveau ; 等 《Frontiers in zoology》 2024年21卷1期 17页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Annotation; De novo assembly; Differential gene expression;
【外文期刊】 Hye-Eun,Lee ; Abinaya,Manivannan ; 等 《Frontiers in plant science》 2021年12卷 696229页
【关键词】 QTL analysis; de novo assembly; firmness;
【外文期刊】 Yoon Kyung,Lee ; Yunjoo,Lee ; 等 《Molecular breeding : new strategies in plant improvement》 2022年42卷10期 65页 SCIMEDLINE
【外文期刊】 Jonas,Korlach ; Gregory,Gedman ; 等 《GigaScience》 2017年6卷10期 1-16页
【关键词】 SMRT Sequencing; brain; de novo genome assembly;
【外文期刊】 Jean-Baptiste,Ledoux ; Fernando,Cruz ; 等 《G3 (Bethesda, Md.)》 2020年10卷9期 2941-2952页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Oxford Nanopore Technologies; Paramuricea clavata; de novo assembly;
【外文期刊】 Lia,Obinu ; Urmi,Trivedi ; 等 《Frontiers in bioinformatics》 2024年4卷 1462923页
【关键词】 Hi-C reads; assemblyQC; benchmarking;
【外文期刊】 Aminur,Rahman ; Noor,Nahar ; 等 《Genomics》 2015年106卷6期 384-92页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Karl Johan,Westrin ; Warren W,Kretzschmar ; 等 《BMC bioinformatics》 2024年25卷1期 54页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 De novo transcriptome assembly; Guiding contigs; Isoform assembly;
【外文期刊】 Xinghua,He ; Zhilin,Yuan ; 《Genome biology and evolution》 2021年13卷3期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 de novo genome assembly; long-read sequencing; symbiosis;
【外文期刊】 Gabriela,Torres-Silva ; Ludmila Nayara Freitas,Correia ; 等 《Frontiers in plant science》 2021年12卷 697556页
【关键词】 RNA-Seq; WIND1; calmodulin;
【外文期刊】 José A,Campoy ; Hequan,Sun ; 等 《Genome biology》 2020年21卷1期 306页 SCIMEDLINE
【关键词】 De novo assembly; Haplotype-resolved assembly; Haplotyping;
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