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            1. Dynamic DNA Energy Landscapes and Substrate Complexity in Triplet Repeat Expansion and DNA Repair.

            【外文期刊】 Jens,Völker ; G Eric,Plum ; 等 《Biomolecules》 2019年9卷11期

            【关键词】 8oxoG lesion; DNA energy landscapes; abasic site lesion;

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            2. Structure prediction in low dimensions: concepts, issues and examples.

            【外文期刊】 J Christian,Schön ; 《Philosophical transactions. Series A, Mathematical, physical, and engineering sciences》 2023年381卷2250期 20220246页

            【关键词】 energy landscapes; low-dimensional systems; monolayers;

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            3. Folding kinetics of WW domains with the united residue force field for bridging microscopic motions and experimental measurements. oa

            【外文期刊】 Rui,Zhou ; Gia G,Maisuradze ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2014年111卷51期 18243-8页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 FBP28 WW domain; folding rates; free-energy landscapes;

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            4. A new heuristic method for approximating the number of local minima in partial RNA energy landscapes.

            【外文期刊】 Andreas A,Albrecht ; Luke,Day ; 等 《Computational biology and chemistry》 2016年60卷 43-52页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Energy landscape analysis; Gamma distribution; Local minima;

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            5. The Genomic Code: the genome instantiates a generative model of the organism.

            【外文期刊】 Kevin J,Mitchell ; Nick,Cheney ; 《Trends in genetics : TIG》 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 attractors; autoencoder; connectionist network;

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            6. The Effect of Pulling and Twisting Forces on Chameleon Sequence Peptides.

            【外文期刊】 James,Meadows ; Konstantin,Röder ; 《Chemphyschem : a European journal of chemical physics and physical chemistry》 2023年24卷24期 e202300351页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 chameleon sequences; energy landscapes; mechanical forces;

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            7. Assessing RNA atomistic force fields via energy landscape explorations in implicit solvent.

            【外文期刊】 Konstantin,Röder ; Samuela,Pasquali ; 《Biophysical reviews》 2024年16卷3期 285-295页

            【关键词】 Energy landscapes; Force fields; RNA;

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            8. Telomeric RNA quadruplexes as targets for cancer prevention: The therapeutic potential of agonodepsides. oa

            【外文期刊】 Gourav,Choudhir ; Sushil,Kumar ; 等 《Journal, genetic engineering & biotechnology》 2025年23卷1期 100454页 MEDLINE

            【关键词】 Free Energy Landscapes; Fungal Metabolites; Genome Stability;

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            9. Minimization-Aware Recursive K*: A Novel, Provable Algorithm that Accelerates Ensemble-Based Protein Design and Provably Approximates the Energy Landscape. oa

            【外文期刊】 Jonathan D,Jou ; Graham T,Holt ; 等 《Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology》 2020年27卷4期 550-564页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 K*; OSPREY; computational protein design;

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            10. Energy Landscapes of Protein Aggregation and Conformation Switching in Intrinsically Disordered Proteins.

            【外文期刊】 Birgit,Strodel ; 《Journal of molecular biology》 2021年433卷20期 167182页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 IDPs; amyloid aggregation; disconnectivity graphs;

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            11. Energy-based step selection analysis: Modelling the energetic drivers of animal movement and habitat use.

            【外文期刊】 Natasha J,Klappstein ; Jonathan R,Potts ; 等 《The Journal of animal ecology》 2022年91卷5期 946-957页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 animal movement; energetics; energy landscapes;

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            12. Protein Interaction Energy Landscapes are Shaped by Functional and also Non-functional Partners.

            【外文期刊】 Hugo,Schweke ; Marie-Hélène,Mucchielli ; 等 《Journal of molecular biology》 2020年432卷4期 1183-1198页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 cross-docking; interaction energy landscapes; non-functional interactions;

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            13. Microsecond dynamics of H10N7 influenza neuraminidase reveals the plasticity of loop regions and drug resistance due to the R292K mutation.

            【外文期刊】 Md Fulbabu,Sk ; Sunanda,Samanta ; 等 《Journal of computational chemistry》 2024年45卷5期 247-263页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 Conformational dynamics; Free energy landscapes; Influenza neuraminidase;

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            14. Photoprotective conformational dynamics of photosynthetic light-harvesting proteins.

            【外文期刊】 Premashis,Manna ; Gabriela S,Schlau-Cohen ; 《Biochimica et biophysica acta. Bioenergetics》 2022年1863卷4期 148543页

            【关键词】 Free-energy landscapes; Photoprotection; Photosynthetic light harvesting;

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            15. Amyloid Polymorphism in the Protein Folding and Aggregation Energy Landscape.

            【外文期刊】 Jozef,Adamcik ; Raffaele,Mezzenga ; 《Angewandte Chemie (International ed. in English)》 2018年57卷28期 8370-8382页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 amyloids; energy landscapes; polymorphism;

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            16. An energy-landscape integrated analysis to evaluate agroecological scarcity.

            【外文期刊】 Maryam,Yousefi ; Asef,Darvishi ; 等 《The Science of the total environment》 2020年739卷 139998页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Agroecology; Arid landscapes; Energy flows;

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            17. Kinetic models of hematopoietic differentiation. oa

            【外文期刊】 Victor,Olariu ; Carsten,Peterson ; 《Wiley interdisciplinary reviews. Systems biology and medicine》 2019年11卷1期 e1424页 MEDLINE

            【关键词】 energy landscapes; hematopoiesis; rate equations;

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            18. Conformational distributions of isolated myosin motor domains encode their mechanochemical properties.

            【外文期刊】 Justin R,Porter ; Artur,Meller ; 等 《eLife》 2020年9卷

            【关键词】 biochemistry; chemical biology; chicken;

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            19. Structural insights into conformational stability and binding of thiazolo-[2,3-b] quinazolinone derivatives with EGFR-TKD and in-vitro study. oa

            【外文期刊】 Showkat,Ahmad Mir ; Prajna,Paramita Mohanta ; 等 《Saudi journal of biological sciences》 2022年29卷12期 103478页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Apoptosis; EGFR-TKD; Free energy Landscapes;

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            20. Formamide reaction network in gas phase and solution via a unified theoretical approach: Toward a reconciliation of different prebiotic scenarios. oa

            【外文期刊】 Fabio,Pietrucci ; Antonino Marco,Saitta ; 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2015年112卷49期 15030-5页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 ab initio molecular dynamics; chemical reactions; formamide;

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            21. Optimal Feedback Controlled Assembly of Perfect Crystals.

            【外文期刊】 Xun,Tang ; Bradley,Rupp ; 等 《ACS nano》 2016年10卷7期 6791-8页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 Markov decision process; colloidal assembly; energy landscapes;

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            22. Insights into the mechanism of peptide fibril growth on gold surface.

            【外文期刊】 Soumya,Mondal ; Tarak,Karmakar ; 《Biophysical chemistry》 2024年310卷 107237页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Biomolecular energy landscapes; Enhanced sampling; Molecular dynamics;

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            23. Coevolutionary Signals and Structure-Based Models for the Prediction of Protein Native Conformations.

            【外文期刊】 Ricardo Nascimento,Dos Santos ; Xianli,Jiang ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2019年1851卷 83-103页

            【关键词】 Coevolution; Energy landscapes; Molecular dynamics;

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            24. Deciphering Conformational Changes of the GDP-Bound NRAS Induced by Mutations G13D, Q61R, and C118S through Gaussian Accelerated Molecular Dynamic Simulations. oa

            【外文期刊】 Zhiping,Yu ; Hongyi,Su ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2022年27卷17期 SCIMEDLINECA

            【关键词】 GDP; MR-GaMD simulations; NRAS;

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            25. Analysing single-molecule trajectories to reconstruct free-energy landscapes of cyclic motor proteins.

            【外文期刊】 N J,López-Alamilla ; M W,Jack ; 等 《Journal of theoretical biology》 2019年462卷 321-328页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Brownian motion; Free-energy landscapes; Motor proteins;

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            26. Free-energy landscapes of transmembrane homodimers by bias-exchange adaptively biased molecular dynamics.

            【外文期刊】 Shingo,Ito ; Yuji,Sugita ; 《Biophysical chemistry》 2024年307卷 107190页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Collective variables; Enhanced sampling methods; Free-energy landscapes;

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            27. Conformational States of the GDP- and GTP-Bound HRAS Affected by A59E and K117R: An Exploration from Gaussian Accelerated Molecular Dynamics. oa

            【外文期刊】 Zhiping,Yu ; Zhen,Wang ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2024年29卷3期 SCIMEDLINECA

            【关键词】 GaMD simulations; HRAS; free energy landscapes;

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            28. The propensity for tropomyosin twisting in the presence and absence of F-actin. oa

            【外文期刊】 Michael J,Rynkiewicz ; Stefan,Fischer ; 等 《Archives of biochemistry and biophysics》 2016年609卷 51-58页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Actin; Coiled-coil; Energy landscapes;

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            29. Reducing overprediction of molecular crystal structures via threshold clustering. oa

            【外文期刊】 Patrick W V,Butler ; Graeme M,Day ; 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2023年120卷23期 e2300516120页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Monte Carlo; crystal structure prediction; energy landscapes;

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            30. Characterization Of Blood-Brain Barrier Crossing And Tumor Homing Peptides By Molecular Dynamics Simulations. oa

            【外文期刊】 Caterina,Arcangeli ; Chiara,Lico ; 等 《International journal of nanomedicine》 2019年14卷 10123-10136页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 brain; conformational flexibility; essential dynamics;

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            31. Ligand-based cheminformatics and free energy-inspired molecular simulations for prioritizing and optimizing G-protein coupled receptor kinase-6 (GRK6) inhibitors in multiple myeloma treatment.

            【外文期刊】 Arnab,Bhattacharjee ; Supratik,Kar ; 等 《Computational biology and chemistry》 2025年115卷 108347页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Analog generation; Free energy landscapes; GRK6;

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            32. Computer-aided comprehensive explorations of RNA structural polymorphism through complementary simulation methods.

            【外文期刊】 Konstantin,Röder ; Guillaume,Stirnemann ; 等 《QRB discovery》 2022年3卷 e21页

            【关键词】 RNA coarse-grained models; RNA folding; energy landscapes;

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            33. Differential repair enzyme-substrate selection within dynamic DNA energy landscapes.

            【外文期刊】 J,Völker ; K J,Breslauer ; 《Quarterly reviews of biophysics》 2021年55卷 e1页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 APE1 enzyme self-repression; Abasic site lesion ensemble redistribution; DNA repair;

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            34. Current approaches to flexible loop modeling.

            【外文期刊】 Amélie,Barozet ; Pablo,Chacón ; 等 《Current research in structural biology》 2021年3卷 187-191页

            【关键词】 Conformational sampling; Energy landscapes; Loop modeling;

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            35. Ultrametric diffusion equation on energy landscape to model disease spread in hierarchic socially clustered population. oa

            【外文期刊】 Andrei,Khrennikov ; 《Physica A》 2021年583卷 126284页 SCI

            【关键词】 p; >-adic numbers; COVID-19;

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            36. Probing mutation-induced conformational transformation of the GTP/M-RAS complex through Gaussian accelerated molecular dynamics simulations. oa

            【外文期刊】 Huayin,Bao ; Wei,Wang ; 等 《Journal of enzyme inhibition and medicinal chemistry》 2023年38卷1期 2195995页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 M-RAS GTP Gaussian accelerated molecular dynamics free energy landscapes principal component analysis;

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            37. Mutation-mediated influences on binding of anaplastic lymphoma kinase to crizotinib decoded by multiple replica Gaussian accelerated molecular dynamics.

            【外文期刊】 Jianzhong,Chen ; Wei,Wang ; 等 《Journal of computer-aided molecular design》 2020年34卷12期 1289-1305页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Drug resistance; Free energy landscapes; MM-GBSA;

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            38. How animals distribute themselves in space: energy landscapes of Antarctic avian predators.

            【外文期刊】 Juan F,Masello ; Andres,Barbosa ; 等 《Movement ecology》 2021年9卷1期 24页

            【关键词】 Antarctica; Breeding success; Chinstrap penguin Pygoscelis antarcticus;

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            39. Evidence of evolutionary selection for cotranslational folding. oa

            【外文期刊】 William M,Jacobs ; Eugene I,Shakhnovich ; 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2017年114卷43期 11434-11439页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 cotranslational folding; free-energy landscapes; protein-folding intermediates;

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            40. Consistency principle for protein design.

            【外文期刊】 Rie,Koga ; Nobuyasu,Koga ; 《Biophysics and physicobiology》 2019年16卷 304-309页

            【关键词】 Go model; computational protein design; consistent local and non-local interactions;

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            41. Exploring the deactivation mechanism of human β2 adrenergic receptor by accelerated molecular dynamic simulations.

            【外文期刊】 Jianzhong,Chen ; Jian,Wang ; 等 《Frontiers in molecular biosciences》 2022年9卷 972463页

            【关键词】 G protein-coupled receptors; GaMD simulations; deactivation mechanism;

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            42. Higher-Order DNA Secondary Structures and Their Transformations: The Hidden Complexities of Tetrad and Quadruplex DNA Structures, Complexes, and Modulatory Interactions Induced by Strand Invasion Events.

            【外文期刊】 Jens,Völker ; Vera,Gindikin ; 等 《Biomolecules》 2024年14卷12期

            【关键词】 DNA self-regulation pathways; DNA strand invasion; G-quadruplex/iDNA/duplex interconversions;

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            43. Assessing AF2's ability to predict structural ensembles of proteins.

            【外文期刊】 Jakob R,Riccabona ; Fabian C,Spoendlin ; 等 《Structure (London, England : 1993)》 2024年32卷11期 2147-2159.e2页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 NMR; X-ray; antibodies;

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            44. Energy landscape exploration of sub-nanometre copper-silver clusters.

            【外文期刊】 Christopher J,Heard ; Roy L,Johnston ; 等 《Chemphyschem : a European journal of chemical physics and physical chemistry》 2015年16卷7期 1461-9页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 DFT; bimetallics; coinage metals;

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            45. Entropic control of the free-energy landscape of an archetypal biomolecular machine. oa

            【外文期刊】 Korak Kumar,Ray ; Colin D,Kinz-Thompson ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2023年120卷21期 e2220591120页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 biomolecular machines; energy landscapes; entropy;

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            46. Predictive landscapes hidden beneath biological cellular automata. oa

            【外文期刊】 Lars,Koopmans ; Hyun,Youk ; 《Journal of biological physics》 2021年47卷4期 355-369页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Cellular automata; Cell–cell communication; Dynamical systems;

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            47. Exploring the activation pathway and Gi-coupling specificity of the μ-opioid receptor. oa

            【外文期刊】 Dibyendu,Mondal ; Vesselin,Kolev ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2020年117卷42期 26218-26225页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 G-protein selectivity; activation mechanism; free energy landscapes;

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            48. Computational assessment of folding energy landscapes in heterodimeric coiled coils.

            【外文期刊】 Ingemar,André ; Sinisa,Bjelic ; 《Proteins》 2018年86卷7期 790-801页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Rosetta; coiled coil; de novo folding;

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            49. Differential modulation of energy landscapes of cyclic AMP receptor protein (CRP) as a regulatory mechanism for class II CRP-dependent promoters. oa

            【外文期刊】 Wilfredo,Evangelista ; Aichun,Dong ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2019年294卷42期 15544-15556页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 RNA polymerase; allosteric regulation; bacterial signal transduction;

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            50. Energy profile of the space of model protein sequences. oa

            【外文期刊】 G,Tiana ; R A,Broglia ; 等 《Journal of biological physics》 2001年27卷2-3期 147-59页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 energy landscapes; model protein; space of sequences;

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