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【中文期刊】 陈文杰 肖钧 等 《生命科学研究》 2023年27卷5期 435-446页 ISTICCA
【摘要】 为筛选骨关节炎(osteoarthritis,OA)免疫浸润相关基因,从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中获取多个芯片数据,分为训练集以及验证集,筛选出差异表达基因(differentially ex...
【关键词】 生物信息学； 骨关节炎(OA)； 基因集富集分析(GSEA)；
【中文期刊】 王建平 霍子天 等 《生命科学研究》 2024年28卷2期 143-151页 ISTICCA
【摘要】 免疫细胞一直被认为是维持机体平衡的重要调节因子,对肿瘤浸润免疫细胞进行量化分析有望揭示免疫系统在肿瘤中的多方面作用.本文总结了量化肿瘤浸润免疫细胞的计算方法及相关的分析工具,包括基于标志基因富集分析方法和反卷积分析方法开发的算法模型与工具,...
【关键词】 肿瘤； 肿瘤浸润免疫细胞(TIC)； 基因集富集分析(GSEA)；
【中文期刊】 尹晓红 刘小平 等 《现代泌尿外科杂志》 2017年22卷11期 818-822页 ISTICCA
【摘要】 目的 探讨TAGLN基因在膀胱癌患者中的表达情况及与临床病理特征的关系,评价其对膀胱癌患者临床预后的影响.方法 检索并下载GEO膀胱癌基因表达数据集,分析膀胱癌患者基因表达谱数据及临床信息,明确TAGLN基因对膀胱癌患者预后的影响,并通过基...
【外文期刊】 Mohammed I. Khan ; Konrad J. Debski ; 等 《American Journal of Physiology》 2016年311卷2 Pt.2期 F424-F436页 SCIEMEDLINE
【关键词】 metastatic renal cell carcinoma; Gene Set Enrichment Analysis (GSEA); ingenuity pathway analysis (IPA);
【外文期刊】 Jui-Hung Hung ; Tun-Hsiang Yang ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2012年13卷3期 281-291页 SCISCIEMEDLINE
【外文期刊】 Fang, Sheng ; Zhong, Lin ; 等 《Molecular Neurobiology》 2021年58卷6期 2643-2662页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Spinal cord injury (SCI); Gene Ontology's (GO's) enrichment analysis; Kyoto Encyclopedia ofGenes and Genomes pathway (KEGG);
【外文期刊】 Liu, Yong ; Jin, Mingwei ; 等 2020年78卷3期 301-308页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Nrdp1 (neuregulin receptor degradation protein-1); Glioma; GSEA (gene set enrichment analysis);
【外文期刊】 Jeganathan,Manivannan ; Lakshmikirupa,Sundaresan ; 《Gene reports》 2021年25卷 101312页
【关键词】 ACE2, angiotensin-converting enzyme 2; COVID-19; COVID19, coronavirus disease 2019;
【外文期刊】 Xiangxiong,Huang ; Heyang,Xu ; 等 《Journal of gastrointestinal oncology》 2021年12卷6期 2749-2762页 SCIMEDLINE
【关键词】 Colon cancer (CC); gene set enrichment analysis (GSEA); gene signature;
【外文期刊】 Markus M,Luedi ; Sanjay K,Singh ; 等 《Journal of neurosurgery》 2018年129卷6期 1446-1455页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 APC = allophycocyanin; FACS = fluorescence-activated cell sorting; FDR = false discovery rate;
【外文期刊】 Megan H,Hagenauer ; Yusra,Sannah ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 Central Nervous System; Differential Expression Analysis; Frontal Cortex;
【外文期刊】 Ashenafi,Bulle ; Jeroen,Dekervel ; 等 《OncoTargets and therapy》 2020年13卷 6907-6916页
【外文期刊】 Zhuoyi,Wu ; Jinghai,Wan ; 等 《Biochemistry and biophysics reports》 2022年29卷 101203页
【关键词】 BC, breast cancer; BMs, brain metastases; BP, biological process;
【外文期刊】 Anna,Ornostay ; Andrew M,Cowie ; 等 《Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics》 2013年8卷4期 263-74页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 17-β estradiol; 17beta-trenbolone; 24-dehydrocholesterol reductase;
【外文期刊】 Susanne,Kreuzer-Redmer ; Danny,Arends ; 等 《The British journal of nutrition》 2018年120卷12期 1349-1358页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 GATA3 GATA binding protein 3; IFNγ interferon γ ; TBET T-box 21;
【外文期刊】 Ester,Aguado-Flor ; María J,Fuentes-Raspall ; 等 《Frontiers in oncology》 2022年12卷 825703页
【关键词】 breast cancer; gene set enrichment analysis (GSEA); late skin toxicity;
【外文期刊】 Shreya,Udawant ; Carl,Litif ; 等 《Cells》 2021年10卷11期
【关键词】 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA); PI3K/AKT/mTOR pathway; RNA-seq;
【外文期刊】 Maki,Igarashi ; Yoshitaka,Hippo ; 等 《Biochemical and biophysical research communications》 2014年443卷3期 852-7页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 ACF; AKT; Colon cancer;
【外文期刊】 Erika,Prašnikar ; Jure,Knez ; 等 《Journal of assisted reproduction and genetics》 2020年37卷7期 1593-1611页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Endometriosis; Expression signature; Gene set enrichment analysis (GSEA);
【外文期刊】 Xiaokang,Zhang ; Dingdong,He ; 等 《Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine》 2022年247卷 19-38页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 1stExon; ABR; ABR activator of RhoGEF and GTPase;
【外文期刊】 Liwen,Zhang ; Miao,He ; 等 《Journal of cellular physiology》 2020年235卷5期 4361-4375页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Cox univariate and multivariate analysis; biomarker; gene set enrichment analysis (GSEA);
【外文期刊】 Yufei,Fu ; Yingying,Mao ; 等 《Annals of translational medicine》 2022年10卷6期 358页
【关键词】 Aortic aneurysm (AA); gene set enrichment analysis (GSEA); integrated analysis;
【外文期刊】 Xiaoming,Yang ; Xi,Xu ; 等 《Annals of translational medicine》 2020年8卷16期 988页
【关键词】 Neuroregeneration; gene set enrichment analysis (GSEA); ingenuity pathway analysis;
【外文期刊】 Kwang-Hoon,Chun ; 《Biomolecules & therapeutics》 2022年30卷1期 98-116页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 GSE64714; Gene Set Enrichment Analysis (GSEA); Gene ontology;
【外文期刊】 Dipankar,Bhattacharya ; Brittany,Basta ; 等 《JHEP reports : innovation in hepatology》 2021年3卷3期 100237页
【关键词】 ABCA1, ATP-binding cassette transporter 1; EMT, epithelial-mesenchymal-transition; Fatty liver disease;
【外文期刊】 Terrick,Andey ; Michael M,Attah ; 等 《Gene: X》 2020年5卷 100030页
【关键词】 ARACNe, Algorithm for the Reconstruction of Accurate Cellular Networks; African; B/AA, Black/African-American breast cancer patients;
【外文期刊】 Chunliang,Shang ; Yuan,Li ; 等 《Journal of advanced research》 2022年37卷 169-184页
【关键词】 ACC1, Acetyl-CoA carboxylase 1; ACOX1, Acyl-CoA oxidase 1; ATCC, The American Type Culture Collection;
【外文期刊】 Yan,Tan ; Felix,Wu ; 等 《F1000Research》 2015年4卷 167页
【外文期刊】 Lei,Dong ; Qi,Sun ; 等 《Heliyon》 2023年9卷3期 e14003页
【关键词】 CAFs, Cancer-associated fibroblasts; CSCs, cancer stem cells; Cancer-associated fibroblasts;
【外文期刊】 Jonas,Mattisson ; Jonatan,Halvardson ; 等 《BMC genomics》 2024年25卷1期 243页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 GSEA; Gene set enrichment analysis; LOY;
【外文期刊】 Samira,Shabani ; Nasibeh,Khayer ; 等 《Gastroenterology and hepatology from bed to bench》 123-131页
【关键词】 Colorectal cancer; Computational analysis; Gene regulatory network (GRN);
【外文期刊】 Willian A,da Silveira ; E Starr,Hazard ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2019年1908卷 185-204页
【外文期刊】 L C,Jellen ; L,Lu ; 等 《Neuroscience》 2013年252卷 13-23页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Megan H,Hagenauer ; Yusra,Sannah ; 等 《MethodsX》 2024年13卷 102788页
【关键词】 Brain.GMT; Central nervous system; Differential expression analysis;
【外文期刊】 Min,Yao ; Hao,He ; 等 《Current genomics》 2024年25卷3期 202-211页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Takao,Kasuga ; Katherine J,Hayden ; 等 《Journal of fungi (Basel, Switzerland)》 2021年7卷3期
【关键词】 Notholithocarpus densiflorus; Sudden Oak Death (SOD); gene set enrichment analysis (GSEA);
【外文期刊】 Shuang,Liang ; Danyang,Liu ; 等 《Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)》 2023年16卷4期 SCIMEDLINE
【关键词】 differential analysis; drug repositioning; gene set enrichment analysis (GSEA);
【外文期刊】 Fayuan,Wen ; Namita,Kumari ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2025年2880卷 179-192页
【关键词】 Differential gene expression analysis; Gene Set Enrichment Analysis (GSEA); HIV-1;
【外文期刊】 Ji-Hye,Hwang ; Si-In,Yu ; 等 《International journal of molecular sciences》 2020年21卷5期 SCIMEDLINE
【关键词】 Brassicaceae; energy metabolism; gene set enrichment analysis (GSEA);
【外文期刊】 Lushun,Yuan ; Liang,Chen ; 等 《Genomics data》 2017年14卷 132-140页
【关键词】 Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC); Co-expression network analysis; DAVID, Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery;
【外文期刊】 Shuchen,Chen ; He,Duan ; 等 《Annals of translational medicine》 2021年9卷10期 872页
【关键词】 Lung adenocarcinoma (LUAD); Rho GTPase-activating protein 11A (ARHGAP11A); The Cancer Genome Atlas (TCGA);
【外文期刊】 Haoyu,Lyu ; Mengyuan,Li ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2019年17卷 1020-1030页 SCIMEDLINE
【关键词】 APC, Antigen-Presenting Cell; BH, Benjami and Hochberg; Cancer genomics;
【外文期刊】 Cedric,Simillion ; Robin,Liechti ; 等 《BMC bioinformatics》 2017年18卷1期 151页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Algorithm; Functional genomics; GSEA;
【外文期刊】 Klaus,Seedorf ; Csaba,Weber ; 等 《JHEP reports : innovation in hepatology》 2023年5卷4期 100651页
【关键词】 4-HNE, 4-hydroxynonenal; ARE, antioxidant response element; DIO, diet-induced obesity;
【外文期刊】 Xin,Zhou ; Jia-Mi,Huang ; 等 《Frontiers in genetics》 2022年13卷 805961页
【关键词】 ABCC gene family; GSEA (gene set enrichment analysis); HCC (hepatic cellular carcinoma);
【外文期刊】 Rongjia,Su ; Chengwen,Jin ; 等 《Frontiers in oncology》 2022年12卷 861392页
【关键词】 cervical cancer; gene set enrichment analysis (GSEA); immune signature;
【外文期刊】 Erika,Prašnikar ; Tanja,Kunej ; 等 《Biomolecules》 2020年10卷9期
【关键词】 adenomyosis; candidate genes; endometrial receptivity;
【外文期刊】 Rachel,Rapoport ; Avraham,Greenberg ; 等 《Biology》 2024年13卷3期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 GO annotations; copy number alterations (CNA); cyclic permutation;
【外文期刊】 Yong,Liu ; Mingwei,Jin ; 等 《Cell biochemistry and biophysics》 2020年78卷3期 301-308页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Bioinformatics; GSEA (gene set enrichment analysis); Genomics;
【外文期刊】 Dunliang,Ma ; Xianyu,Qin ; 等 《Frontiers in cardiovascular medicine》 2022年9卷 1036928页
【关键词】 LCN2; PTX3; gene set enrichment analysis (GSEA);
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