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【中文期刊】 Chunsheng Zhao Ziwei Zhang  等 《针灸和草药（英文）》 2023年3卷4期 244-255页

【摘要】 Medicinal plants are renowned for their abundant production of secondary metabolites,which exhibit notable pharmacologic...

【关键词】 Biosynthetic pathways； Gene editing； Genome sequencing；

【中文期刊】 Dongdong Lu Caijuan Liu  等 《分子植物（英文版）》 2024年17卷11期 1773-1786页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 The pursuit of complete telomere-to-telomere(T2T)genome assembly in plants,challenged by genomic complexity,has been adv...

【关键词】 complete T2T genome； ultra-long sequencing； nanopore sequencing；

【中文期刊】 J.I.Abeynayake G.P.Chathuranga  等 《亚太热带医药杂志（英文版）》 2023年16卷7期 313-320页

【摘要】 Objective:To surveill emerging variants by nanopore technology-based genome sequencing in different COVID-19 waves in Sr...

【关键词】 Emerging SARS-CoV-2 variants； Laboratory surveillance； Nanopore technology；

【中文期刊】 FAN Yu Feng LIU Dong Xin  等 《生物医学与环境科学（英文版）》 2024年37卷2期 157-169页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Objective China is among the 30 countries with a high burden of tuberculosis(TB)worldwide,and TB remains a public health...

【关键词】 Mycobacterium tuberculosis； Whole-genome sequencing(WGS)； Transmission；

【中文期刊】 孙炳欣 李月婷  等 《微生物与感染》 2024年19卷2期 65-71页 MEDLINEISTICCA

【摘要】 本研究旨在了解2018-2021年长春市主动监测获得的沙门菌株的分子特征,揭示菌株间的亲缘关系,为沙门菌暴发溯源提供一定的依据.利用全基因组测序和生物信息学分析技术对105株沙门菌的毒力基因进行检测,并对其进行全基因组单核苷酸多态性分型(w...

【关键词】 沙门菌； 全基因组测序； 毒力基因；

【中文期刊】 Jun-Jun Qiu Xing-Yu Chang  等 《世界儿科杂志（英文版）》 2024年20卷11期 1179-1195页

【摘要】 Background Congenital malformations of the female genital tract(CM-FGT)are characterized by abnormal development of the ...

【关键词】 Copy number variant； Congenital malformations of the female genital tract； Single nucleotide variants；

【中文期刊】 Xueyan Mo Mengcheng Zhou  等 《食品科学与人类健康（英文）》 2024年13卷4期 2048-2059页

【摘要】 The application of microorganisms as probiotics is limited due to lack of safety evaluation.Here,a novel multi-stress-to...

【关键词】 Meyerozyma guilliermondii； Safety assessment； Probiotics；

【中文期刊】 Yuli Li Yaran Liu  等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2022年6期 1066-1077页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Genome miniaturization drives key evolutionary innovations of adaptive traits in verte-brates,such as the flight evoluti...

【关键词】 Genome size； Lifestyle evolution； Genome sequencing；

【中文期刊】 Wan-Ping Lee Qihui Zhu  等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2022年6期 1197-1206页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 We aimed to develop a whole-genome sequencing(WGS)-based copy number variant(CNV)calling algorithm with the potential of...

【关键词】 Copy number variant； Chromosomal microarray assay； Whole-genome sequencing；

【中文期刊】 HUANG Hao-nan QIU Qun-feng  等 《中国生物医学工程学报（英文版）》 2023年32卷4期 145-153页 CA

【摘要】 Objective:The increase in the development of resistance to multiple drugs in mycobacterium tuberculosis(MTB)poses a subs...

【关键词】 multidrug resistance； mycobacterium tuberculosis； whole-genome sequencing；

【中文期刊】 Zhiao Chen Xianghuo He  《医学评论（英文）》 2021年1卷2期 150-171页

【摘要】 In the past several years,nanopore sequencing technology from Oxford Nanopore Technologies(ONT)and single-molecule real-...

【关键词】 alternative splicing； application； cancer genome；

【中文期刊】 Yinan Niu Yefang Li  等 《遗传学报》 2024年51卷11期 1278-1285页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Sheep(Ovis aries),among the first domesticated species,are now globally widespread and exhibit remarkable adaptability t...

【关键词】 Whole-genome sequencing； Local adaptation； PAPSS2；

【中文期刊】 Chao Bian Rui-Han Li  等 《动物学研究》 2024年45卷5期 1027-1036页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP

【摘要】 Glass catfish(Kryptopterus vitreolus)are notable in the aquarium trade for their highly transparent body pattern.This tr...

【关键词】 Glass catfish； Whole-genome sequencing； edn3b-/-mutant；

【中文期刊】 谢全 桂虚  等 《生物化学与生物物理进展》 2023年50卷11期 2753-2765页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【关键词】 单核苷酸多态性； 全基因组测序； 系谱推断；

【中文期刊】 Yuwei Sun Jie Shao  等 《分子植物（英文版）》 2023年3期 517-532页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 The ent-kaurenoids(e.g.,oridonin and enmein)from the Isodon genus(Lamiaceae)are one class of diter-penoids with rich str...

【关键词】 oridonin biosynthesis； Isodon rubescens； genome sequencing；

【中文期刊】 Jizeng Jia Guangyao Zhao  等 《分子植物（英文版）》 2023年16卷12期 1893-1910页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Despite recent progress in crop genomics studies,the genomic changes brought about by modern breeding selection are stil...

【关键词】 common wheat； genome sequencing； subgenome diploidization and divergence；

【中文期刊】 Yun Deng Shoucheng Liu  等 《分子植物（英文版）》 2022年15卷8期 1268-1284页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Watermelon,Citrullus lanatus,is the world's third largest fruit crop.Reference genomes with gaps and a narrow genetic ba...

【关键词】 watermelon； gap-free genome； EMS；

【中文期刊】 Matthew Hoi Kin Chau Ying Li  等 《亚洲男性学杂志（英文版）》 2022年24卷3期 248-254页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【关键词】 azoospermia； balanced structural rearrangements； genome sequencing；

【中文期刊】 吴平先 王俊戈  等 《畜牧兽医学报》 2025年56卷1期 147-158页

【摘要】 旨在基于填充序列数据,通过选择信号分析挖掘荣昌猪重要经济性状相关的候选基因,探究其在人工和自然选择过程中的受选择情况.本研究选取591头荣昌猪进行猪50K基因分型,随机选取其中120头进行全基因组测序,以全基因组重测序数据为填充参考模板对5...

【关键词】 荣昌猪； 全基因组测序； 基因型填充；

【中文期刊】 LI Min ZHANG Yu Lan  等 《生物医学与环境科学（英文版）》 2024年37卷5期 503-510页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Objective VATER/VACTERL-like association is associated with adverse pregnancy outcomes.Genetic evidence of this disorder...

【关键词】 Prenatal diagnosis； VACTERL； whole-genome sequencing；

【中文期刊】 Teruhiko Yoshida Yasushi Yatabe  等 《癌症生物学与医学（英文版）》 2024年21卷1期 29-44页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 The journey to implement cancer genomic medicine(CGM)in oncology practice began in the 1980s,which is considered the daw...

【关键词】 Cancer genomic medicine； biobank； patient-derived xenograft；

【中文期刊】 Weilin Tan Jun Ma  等 《中国神经再生研究（英文版）》 2024年19卷1期 171-179页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Recent studies have found that erythropoietin promotes the recovery of neurological function after traumatic brain injur...

【关键词】 axon guidance； bioinformatics analysis； competing endogenous RNA；

【中文期刊】 Yuki Katsuya  《癌症生物学与医学（英文版）》 2024年21卷1期 16-20页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Cancer remains a formidable global health challenge affecting millions of lives annually. For decades, con-ventional can...

【中文期刊】 孙景昱 赵薇  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷2期 104-110页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解吉林省食品中沙门氏菌的分布情况和耐药基因特征,为防控食源性疾病提供科学依据.方法 对2022年吉林省食品中61株沙门菌,采用微量肉汤稀释法进行25种抗生素耐药性试验.利用全基因组测序技术及生物信息学方法对菌株耐药基因进行分析.结果...

【关键词】 沙门氏菌； 食品； 血清分型；

【中文期刊】 谢爱蓉 李毅  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷1期 40-45页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解温州市食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌的毒力基因分布及遗传多样性特征.方法 对温州市食品及食源性疾病腹泻病人中分离得到的小肠结肠炎耶尔森氏菌进行生物型、血清型和耐药性分析,并基于全基因组测序进行菌株的毒力基因、多位点序列分型(MLST)...

【关键词】 小肠结肠炎耶尔森氏菌； 血清型； 毒力基因；

【中文期刊】 王小龙 张梦寒  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷2期 116-122页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解苏州市空肠弯曲菌的耐药情况和分子特征.方法 对2018年-2022年苏州市分离的空肠弯曲菌进行全基因组测序分析了解毒力基因、耐药基因、多位点序列分型(Multi-locus sequence typing,MLST)等分子特征,通...

【关键词】 空肠弯曲菌； 全基因组测序； 分子分型；

【中文期刊】 梁羽 吴薇  《遗传》 2024年46卷10期 779-794页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 近十几年来,随着高通量测序技术的不断发展,越来越多针对不同类型DNA损伤的测序检测方法被开发并应用于相关研究.这些技术的发展不仅帮助解析不同损伤类型对应修复途径的动态调控过程,揭示关键作用因子及功能,发现新脆性热点,更极大促进了人们对于诸如...

【关键词】 DNA损伤； 高通量测序； 基因组不稳定；

【中文期刊】 杨睿 汪琳罗沙  等 《微生物学杂志》 2024年44卷1期 58-67页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 通过了解湘西地区猕猴桃溃疡病致病菌分类地位和基因类型,初步探讨其致病的分子机理.采用纯培养法分离猕猴桃溃疡病菌;基于16S～23SrRNA基因内转录间隔序列进行病原菌的系统发育分析;通过基因组测序和生物信息学分析解析其致病的分子机理.从"米...

【关键词】 猕猴桃溃疡病； 丁香假单胞菌猕猴桃致病变种； 鉴定；

【中文期刊】 雷卉 张书  等 《中国防痨杂志》 2024年46卷6期 641-647页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的:分析复发肺结核患者感染模式和耐药信息,为结核病患者治疗及防控提供科学依据.方法:采用前瞻性研究方法,参照入组标准从四川省峨眉山市、绵阳市涪城区和江油市3个耐药监测点收集2012-2021年肺结核患者分枝杆菌培养阳性菌株2207株,剔除...

【关键词】 结核,肺； 复发； 全基因组测序；

【中文期刊】 李俊霖 胡家萌  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷8期 701-707页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解鸭源肠致病性大肠杆菌(EPEC)的耐药情况及全基因组特征,探究鸭源EPEC的致病潜力,为临床治疗提供理论基础.方法 PCR鉴定出EPEC分离株,采用微量肉汤稀释法进行药敏试验,并对其进行全基因组测序,分析EPEC的血清型、ST型、...

【关键词】 肠致病性大肠杆菌； 耐药性； 全基因组测序；

【中文期刊】 周燕霞 郭辉  《中国抗生素杂志》 2024年49卷6期 700-704页 ISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 目的 分析1株多黏菌素和替加环素均耐药的肺炎克雷伯菌基因组特征.方法 肺炎克雷伯菌KP2016分离自我院临床痰液标本.采用微量肉汤稀释法测定KP2016对亚胺培南、美罗培南、多黏菌素和替加环素的最低抑菌浓度.对菌株进行第二代Illumina...

【关键词】 肺炎克雷伯菌； 全基因组测序； 多黏菌素；

【中文期刊】 李坤泽 宋宇轩  等 《昆虫学报》 2024年67卷3期 346-357页 ISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 [目的]将已获得的中华蜜蜂Apis cerana cerana转录组纳米孔长读段数据比对到东方蜜蜂A.cerana参考基因组,进行注释基因的结构优化,鉴定未注释的新基因和新转录本并进行功能注释以及预测其SSR位点、完整ORF和转录因子(tr...

【关键词】 东方蜜蜂； 中华蜜蜂； 第三代测序技术；

【中文期刊】 刘佳俊 何冬梅  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷10期 950-958页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解2020-2022年广东省儿童感染空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的检出率、耐药特征、毒力特征及多位点序列分型等分子流行特征和病原学特征.方法 在广东省广州市2家医院采集2020-2022年疑似感染儿童病例的肛拭子或粪便样本,过滤法分离培养...

【关键词】 空肠弯曲菌； 结肠弯曲菌； 耐药性；

【中文期刊】 王闻卿 黄卫春  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷8期 732-738页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 研究上海市首次自腹泻患者中检出格隆柏沙门菌的表型和分子特征,为沙门菌病防控提供依据.方法 对格隆柏分离株(2023JD76)进行生化鉴定、血清凝集试验、抗菌药物敏感性试验以及全基因组测序(whole genome sequencing...

【关键词】 格隆柏沙门菌； 全基因组测序； 多位点序列分型；

【中文期刊】 柯自立 张小玄  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷8期 708-715页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据.方法 收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC).运用二代测序技术得到全基因组序...

【关键词】 霍乱弧菌； 全基因组测序； 生物信息学分析；

【中文期刊】 傅明慧 王艳  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷11期 1024-1030,1041页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解2005-2019年江苏省分离的小肠结肠耶尔森菌的病原学和遗传学特征.方法 对江苏省食源性疾病腹泻病人以及猪、狗、牛、羊、家禽、苍蝇和食品中分离得到的110株小肠结肠炎耶尔森菌进行毒力基因、生物血清型和耐药性分析,并在全基因组测序...

【关键词】 小肠结肠炎耶尔森菌； 生物血清型； 毒力基因；

【中文期刊】 贾毅博 王高玉  等 《海南医学院学报》 2024年30卷7期 489-497页 ISTICPKU

【摘要】 目的:本研究旨在开发一种具有更高灵敏度和特异性的TTV检测技术,为揭示TTV在多种疾病过程中的作用提供重要的技术支持.方法:为了更精确、灵敏的检测TTV,本研究分析了目前公布的所有亚型的TTV基因序列,在此基础上建立了一种基于UTR区域的r...

【关键词】 Torque teno virus； 基因组扩增测序； Real-time PCR检测；

【中文期刊】 王雅兰 周罗静  等 《广西植物》 2024年44卷4期 777-792页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 白芷为常用的药食同源物种,既是临床常用中药,又是香料,用途十分广泛.为获取白芷全基因组序列信息,该研究首次以杭白芷叶片DNA为材料,采用Nanopore测序技术构建杭白芷全基因组数据库,并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能注...

【关键词】 杭白芷； 基因组； 第三代测序技术；

【中文期刊】 黄枝妙 翁育伟  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷10期 944-949页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 比较扩增子与宏基因组测序在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用效果,为猴痘病毒测序溯源与疫情防控提供技术参考.方法 扩增子测序:对猴痘DNA先进行全基因组靶向扩增,再对扩增产物进行二代测序;宏基因组测序:对猴痘DNA直接进行二代测序.获得...

【关键词】 猴痘病毒； 全基因组测序； 扩增子测序；

【中文期刊】 陈乙煌 任佳  等 《中国抗生素杂志》 2024年49卷11期 1281-1288页 ISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 目的 利用链霉菌Streptomyces sp.TRM76323的基因组序列信息,分析其次级代谢产物生物合成基因簇并预测其代谢产物,为发现潜在新抗生素奠定基础.方法 采用Illumina Novaseq对TRM76323菌株进行全基因组测序...

【关键词】 柽柳根际； 链霉菌； 全基因组测序；

【中文期刊】 刘增宾 刘力  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷7期 644-651页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 对1株新生儿感染ST5型单增李斯特菌LK100进行全基因组测序和耐药分析.方法 从新生儿感染患者胃液标本中分离到1株疑似单增李斯特菌,采用VITEK2-Compact全自动微生物鉴定仪和16S RNA序列测定进行鉴定,对鉴定的菌株应用...

【关键词】 新生儿； 单增李斯特菌； 表型药敏；

【中文期刊】 闫爱霞 潘艳艳  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷8期 758-762,773页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 摘 要:目的 对1起产气荚膜梭菌导致腹泻暴发事件进行病原学分析.方法 采集病例肛拭子样本和环境涂抹样本,肛拭子样本增菌前后分别进行产气荚膜梭菌plc和cpe基因荧光PCR检测和产气荚膜梭菌分离培养,对分离菌落进行全自动生化鉴定和飞行时间质谱...

【关键词】 产气荚膜梭菌； cpe基因； 全基因组测序；

【中文期刊】 徐子健 江祉依  等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷6期 986-996页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 DNA甲基化作为一种表观遗传修饰,在植物的生长、发育和逆境反应中发挥着至关重要的作用.全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)被认为是DNA甲基化研究的"金标准",并且广泛应用于...

【关键词】 DNA甲基化； 全基因组甲基化测序； 序列比对；

【中文期刊】 季琰 孟楠  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷12期 1134-1139页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 调查健康人粪便中携带blaCTX-M基因的解鸟氨酸拉乌尔菌的存在情况,并阐明其传播机制.方法 从扬州市采集健康人粪便309份,经LB增菌后,在含有2 mg/L头孢噻肟的麦康凯肌醇阿东醇羧苄青霉素平板上筛选阳性菌落,PCR检测blaCT...

【关键词】 健康人； blaCTX-M； 解鸟氨酸拉乌尔菌；

【中文期刊】 刘雪杰 陈伟伟  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷12期 1152-1158页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解福建省新鲜食用菌中单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,Lm)的血清群、ST型、毒力基因、耐药特征等情况.方法 对福建省零售环节新鲜食用菌中分离的Lm进行全基因组测序,使用BioNumeric7.6软...

【关键词】 新鲜食用菌； 单核细胞增生李斯特菌； 全基因组测序；

【中文期刊】 王鹏 周乐乐  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷12期 1146-1151页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 对北京某区羊携带产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)情况和病原特征进行分析,为STEC感染风险评估、溯源调查及科学防控提供支持.方法 采集北京市某区散养羊粪便标本并进行STEC分离培养,对分离菌株进行15种抗生素耐药性检测和全基因组测序,...

【关键词】 产志贺毒素大肠埃希菌； 基因组测序； 分子分型；

【中文期刊】 张爽 赵娟  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷8期 745-749,757页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解北京市某区腹泻病例粪便中肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)的病原学和分子特征.方法 收集2018-2021年北京市某区门诊腹泻病例的粪便样本,进行KP分离培养鉴定,对KP分离株进行耐药表型检测和全基因...

【关键词】 肺炎克雷伯菌； 药敏； 全基因组测序；

【中文期刊】 周倩 郑联  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷7期 613-619页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 了解2022年贵州省29株食品及病人来源的单核细胞增生李斯特氏菌(单增李斯特菌)的血清型、基因型、耐药及毒力基因等遗传特征.方法 对贵州省2022年食品微生物及食源性疾病监测中分离的29株单增李斯特菌采用微量肉汤稀释法测定菌株对8种抗...

【关键词】 单增李斯特菌； 全基因组测序； 贵州省；

【中文期刊】 宫少达 谢文召  等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷6期 933-942页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 高质量的参考基因组是基因组学研究的基础.目前,大多数的参考基因组仍然是不完整的.随着长读长测序技术的不断发展,完成端粒到端粒(telomere-to-telomere,T2T)基因组组装的物种越来越多.T2T基因组为深入研究着丝粒等复杂区域...

【关键词】 T2T基因组； 测序技术； 基因组组装；

【中文期刊】 郑恩惠 邱玉锋  等 《中国人兽共患病学报》 2024年40卷1期 31-39页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 构建ICR小鼠感染模型研究特勒凯比尔血清型沙门菌的致病力,对小鼠分离株进行病原学鉴定.方法 通过感染小鼠临床症状、组织病理学、组织细菌载量等的变化,观察排菌周期,评价该血清型沙门菌对小鼠的致病性,计算小鼠LD50;通过飞行质谱、生化鉴...

【关键词】 特勒凯比尔沙门菌； 小鼠模型； 病原学鉴定；