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            1. A Contact Energy Function Considering Residue Hydrophobic Environment and Its Application in Protein Fold Recognition

            【中文期刊】 《基因组、蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2005年3卷4期 218-224页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

            【摘要】 The three-dimensional (3D) structure prediction of proteins is an important task in bioinformatics. Finding energy funct...

            【关键词】 protein structure prediction； fold recognition； contact energy；

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            2. 蛋白质折叠识别方法综述

            【中文期刊】 鄢仁祥 王晓峰  等 《生物信息学》 2015年4期 231-238页 ISTIC

            【摘要】 蛋白质折叠识别算法是蛋白质三维结构预测的重要方法之一，该方法在生物科学的许多方面得到卓有成效的应用。在过去的十年中，我们见证了一系列基于不同计算方式的蛋白质折叠识别方法。在这些计算方法中，机器学习和序列谱－序列谱比对是两种在蛋白质折叠中应用...

            【关键词】 折叠识别； 序列比对； 结构预测；

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            3. 双绕蛋白质的分类与识别

            【中文期刊】 刘岳 徐海松  等 《生物信息学》 2010年8卷1期 1-6页 ISTIC

            【摘要】 蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容.双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型.选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(prof...

            【关键词】 双绕蛋白质； RMSD； 系统聚类；

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            4. Improving Protein Fold Recognition Via Identifying Common Protein Structure Framework

            【会议论文】凌彬 第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会 2014年

            【摘要】 Background: Protein structure prediction remains a challenge in the field of computational biology.Traditional protein s...

            【关键词】 protein structure prediction； motif； fold recognition；

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            5. Structural biology and bioinformatics in drug design: opportunities and challenges for target identification and lead discovery

            【外文期刊】 Blundell TL ; Sibanda BL ; 等 《Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Series B. Biological Sciences》 2006年361卷1467期 413-423页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 structural biology; structural bioinformatics; structure-based drug design;

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            6. Fiber assembly by the chaperone-usher pathway

            【外文期刊】 Sauer FG ; Remaut H ; 等 《Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research》 2004年1694卷1/3期 259-267页 SCISCIE

            【关键词】 structural basis of fiber formation; pilus assembly; chaperone-usher pathway;

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            7. Modeling and experimental analyses reveal a two-domain structure and amino acids important for the activity of aminoglycoside resistance methyltransferase Sgm

            【外文期刊】 Vlahovicek GM ; Cubrilo S ; 等 《Biochimica et biophysica acta: BBA: International journal of biochemistry, biophysics and molecular biololgy. Proteins and Proteomics》 2008年1784卷4期 582-590页 SCISCIE

            【关键词】 antibiotic resistance; methylation; modeling;

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            8. Evaluation performance of substitution matrices, based on contacts between residue terminal groups

            【外文期刊】 Vishnepolsky,B. ; Managadze,G. ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2012年30卷2期 180-190页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Alignment; Contact potentials; Fold recognition;

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            9. Structural Effects on ss- and dsDNA Recognition by a beta-Hairpin Peptide

            【外文期刊】 Stewart, AL ; Waters, ML ; 《Chembiochem: A European journal of chemical biology》 2009年10卷3期 539-544页

            【关键词】 beta-hairpins; DNA binding; molecular recognition;

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            10. A Simple Iterative Approach to Parameter Optimization

            【外文期刊】 Alexander Zien ; Ralf Zimmer ; 等 《Journal of computational biology: A journal of computational molecular cell biology》 2000年7卷3/4期 483-501页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 protein fold recognition; threading; parameter calibration;

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            11. USING A HYDROPHOBIC CONTACT POTENTIAL TO EVALUATE NATIVE AND NEAR-NATIVE FOLDS GENERATED BY MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS

            【外文期刊】 Huang ES. ; Tsai J. ; 等 《Journal of Molecular Biology》 1996年257卷3期 716-725页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Protein folding; Hydrophobic interaction; Fold recognition;

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            12. A structural perspective on genome evolution [Review]

            【外文期刊】 Lee D. ; Grant A. ; 等 《Current Opinion in Structural Biology》 2003年13卷3期 359-369页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Small-molecule metabolism; Hidden markov-models; Escherichia-coli;

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            13. Quantifying the kinetic paths of flexible biomolecular recognition

            【外文期刊】 Wang J ; Zhang K ; 等 《Biophysical Journal》 2006年91卷3期 866-872页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ENERGY LANDSCAPE MODEL; MOLECULAR RECOGNITION; COMBINATORIAL TECHNOLOGIES;

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            14. PROTEIN SEQUENCE-STRUCTURE COMPATIBILITY CRITERIA IN TERMS OF STATISTICAL HYPOTHESIS TESTING

            【外文期刊】 Sunyaev S. ; Rodchenkov I. ; 等 《Protein Engineering》 1997年10卷6期 635-646页 MEDLINE

            【关键词】 Inverse protein folding; Protein structure prediction; Statistical hypothesis testing;

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            15. In Silico Identification and Characterization of a Putative Phosphatidylinositol 4-Phosphate 5-Kinase (PIP5K) Gene in Eimeria Tenella

            【外文期刊】 King-Hwa Ling ; Shu-San Loo ; 等 《In silico biology: An international on computational biology》 2007年7卷1期 115-121页 MEDLINE

            【关键词】 Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase; Eimeria tenella; intron-exon splicing;

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            16. Thermodynamic Evolution of a Metamorphic Protein: A Theoretical-Computational Study of Human Lymphotactin

            【外文期刊】 Zanetti-Polzi, Laura ; Daidone, Isabella ; 等 《The protein journal》 2023年42卷3期 219-228页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Fold-switching proteins; Thermodynamic evolution; Molecular dynamics;

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            17. Three Dimensional Model for N-Terminal A Domain of DmpR (2-Dimethylphenol) Protein Based on Secondary Structure Prediction and Fold Recognition

            【外文期刊】 Panneer Selvam Suresh ; Rita Kumar ; 等 《In silico biology: An international on computational biology》 2010年10卷5/6期 223-233页 MEDLINE

            【关键词】 DmpR; fold recognition; V4R domain;

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            18. Functional and Structural Roles of Coiled Coils

            【外文期刊】 Marcus D. Hartmann ; 《Sub-cellular biochemistry》 2017年82卷 63-94页

            【关键词】 alpha-helix; Oligomerization; Molecular recognition;

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            19. The physics and Bioinformatics of binding and folding - An energy landscape perspective

            【外文期刊】 Papoian GA. ; Wolynes PG. ; 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2003年68卷3期 333-349页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics; Binding; Folding;

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            20. SEQUENCE-STRUCTURE SPECIFICITY - HOW DOES AN INVERSE FOLDING APPROACH WORK

            【外文期刊】 Hu WP. ; Skolnick J. ; 等 《Protein Engineering》 1997年10卷4期 317-331页 MEDLINE

            【关键词】 Inverse folding/sequence-structure specificity; Protein-structure prediction; Secondary structure;

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            21. Application of FTTP to alpha-helix or beta-strand motifs

            【外文期刊】 Yang J ; Dong XC ; 等 《Journal of Theoretical Biology》 2006年242卷1期 199-219页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 FTTP; peptide triplets; tetrapeptide/pentapeptide sets;

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            22. A novel fingerprint for the characterization of protein folds

            【外文期刊】 Mezei M. ; 《Protein Engineering》 2003年16卷10期 713-715页 MEDLINE

            【关键词】 Fold recognition; Molecular similarity; Protein fingerprint;

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            23. Extracting features from protein sequences to improve deep extreme learning machine for protein fold recognition

            【外文期刊】 Ibrahim, Wisam ; Abadeh, Mohammad Saniee ; 《Journal of Theoretical Biology》 2017年421卷 1-15页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Protein fold recognition; Extreme learning machine; Protein descriptor;

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            24. ASSESSMENT OF PSEUDO-ENERGY POTENTIALS BY THE BEST-FIVE TEST - A NEW USE OF THE THREE-DIMENSIONAL PROFILES OF PROTEINS

            【外文期刊】 Ota M. ; Nishikawa K. ; 《Protein Engineering》 1997年10卷4期 339-351页 MEDLINE

            【关键词】 3d-1d compatibility function; Denatured state; Fold recognition;

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            25. The size, shape and specificity of the sugar-binding site of the jacalin-related lectins is profoundly affected by the proteolytic cleavage of the subunits

            【外文期刊】 Astoul CH ; Peumans WJ ; 等 《The Biochemical Journal》 2002年367卷Pt.3期 817-824页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Carbohydrate-binding proteins; Galactose; Mannose;

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            26. RECOGNITION OF ANALOGOUS AND HOMOLOGOUS PROTEIN FOLDS - ANALYSIS OF SEQUENCE AND STRUCTURE CONSERVATION

            【外文期刊】 Russell RB. ; Sayle RA. ; 等 《Journal of Molecular Biology》 1997年269卷3期 423-439页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Protein structure prediction; Fold recognition; Protein evolution;

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            27. The yeast cyclin-dependent kinase inhibitor Sic1 and mammalian p27(Kip1) are functional homologues with a structurally conserved inhibitory domain

            【外文期刊】 Barberis M ; De Gioia L ; 等 《The Biochemical Journal》 2005年387卷Pt.3期 639-647页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cell division cycle; cyclin-dependent kinase inhibitor (Cki); molecular modelling;

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            28. Prospects for ab initio protein structural genomics

            【外文期刊】 Simons KT ; Strauss C ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2001年306卷5期 1191-1199页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Ab initio structure prediction; Protein folding; Proteomics;

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            29. Mg2+-induced variations in the conformation and dynamics of HIV-1 TAR RNA probed using NMR residual dipolar couplings

            【外文期刊】 Al-Hashimi HM. ; Pitt SW. ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2003年329卷5期 867-873页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Transactivation response element; Rna folding; Collective motions;

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            30. Accurate and rapid calculation of hydration free energy and its physical implication for biomolecular functions

            【外文期刊】 Kinoshita Masahiro ; Hayashi Tomohiko ; 2020年12卷2期 469-480页

            【关键词】 Hydration free energy; Hydration energy; Hydration entropy;

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            31. NABP1, a novel ROR gamma-regulated gene encoding a single-stranded nucleic-acid-binding protein

            【外文期刊】 Kang HS ; Beak JY ; 等 《The Biochemical Journal》 2006年397卷1期 89-99页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 microarray; nucleic acid binding protein 1 (NABP1); nuclear receptor;

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            32. Local and nonlocal environments around cis peptides

            【外文期刊】 Wathen B ; Jia ZC ; 《Journal of proteome research》 2008年7卷1期 145-153页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cis peptides; isomerization; protein folding;

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            33. The Conserved Serine Transporter SdaC Moonlights To Enable Self Recognition

            【外文期刊】 Achala Chittor ; Karine A. Gibbs ; 《Journal of bacteriology.》 2021年203卷14期 e00347-e421页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 serine; serine transport; LeuT fold proteins;

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            34. Protein fold recognition using HMM-HMM alignment and dynamic programming

            【外文期刊】 Lyons, James ; Paliwal, Kuldip K. ; 等 《Journal of Theoretical Biology》 2016年393卷 67-74页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Protein fold recognition; HMM-HMM alignment profile; Dynamic time warping;

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            35. The carbohydrate recognition domain of collectins

            【外文期刊】 Veldhuizen, Edwin J. A. ; van Eijk, Martin ; 等 《The FEBS journal》 2011年278卷20期 3930-3941页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 calcium ion: 14127-61-8; collectins: CTLD; carbohydrate recognition domain;

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            36. PREDICTION OF QUATERNARY STRUCTURE OF COILED COILS - APPLICATION TO MUTANTS OF THE GCN4 LEUCINE ZIPPER

            【外文期刊】 Vieth M. ; Brooks CL. ; 等 《Journal of Molecular Biology》 1995年251卷3期 448-467页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Gcn4 leucine zipper; Multimeric equilibrium; Quaternary structure prediction;

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            37. Artificial protein sequences enable recognition of vicinal and distant protein functional relationships

            【外文期刊】 Kumar, Gayatri ; Srinivasan, Narayanaswamy ; 等 2020年88卷12期 1688-1700页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 fold recognition; homology; protein design;

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            38. Predicting metal-binding site residues in low-resolution structural models

            【外文期刊】 Sodhi JS ; Bryson K ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2004年342卷1期 307-320页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 functional site; structural genomics; PSSM;

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            39. PROSPECT II: protein structure prediction program for genome-scale applications

            【外文期刊】 Kim D. ; Xu D. ; 等 《Protein Engineering》 2003年16卷9期 641-650页 MEDLINE

            【关键词】 Fold recognition; Prospect; Protein structure prediction;

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            40. A structural perspective of RNA recognition by intrinsically disordered proteins

            【外文期刊】 Basu, Sushmita ; Bahadur, Ranjit Prasad ; 《Cellular and molecular life sciences: CMLS》 2016年73卷21期 4075-4084页

            【关键词】 RNA binding proteins; Protein-RNA recognition; Structural flexibility;

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            41. The 2.0 angstrom crystal structure of Thermus thermophilus methionyl-tRNA synthetase reveals two RNA-binding modules

            【外文期刊】 Sugiura I. ; Ugaji-Yoshikawa Y. ; 等 《Structure》 2000年8卷2期 197-208页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Methionyl-trna synthetase; Rna-binding molecule; Rossmann fold;

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            42. PROTEIN TOPOLOGY RECOGNITION FROM SECONDARY STRUCTURE SEQUENCES - APPLICATION OF THE HIDDEN MARKOV MODELS TO THE ALPHA CLASS PROTEINS

            【外文期刊】 Difrancesco V. ; Munson PJ. ; 等 《Journal of Molecular Biology》 1997年267卷2期 446-463页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Protein topology recognition; Protein secondary structure; Hidden markov models;

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            43. STATISTICAL POTENTIALS EXTRACTED FROM PROTEIN STRUCTURES - HOW ACCURATE ARE THEY

            【外文期刊】 Thomas PD. ; Dill KA. ; 《Journal of Molecular Biology》 1996年257卷2期 457-469页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Protein folding; Knowledge-based potential; Boltzmann ensemble;

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            44. RAFT nano-constructs: surfing to biological applications

            【外文期刊】 Boturyn D ; Defrancq E ; 等 《Journal of peptide science: An official publication of the European Peptide Society》 2008年14卷2期 224-240页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cyclopeptide; template; oxime;

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            45. Target selection for structural genomics based on combining fold recognition and crystallisation prediction methods: Application to the human proteome

            【外文期刊】 Bray, J.E. ; 《Journal of structural and functional genomics》 2012年13卷1期 37-46页 MEDLINE

            【关键词】 Fold recognition; Human proteome; Protein crystallisation;

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            46. The trimeric periplasmic chaperone skp of Escherichia coli forms 1 : 1 complexes with outer membrane proteins via hydrophobic and electrostatic interactions

            【外文期刊】 Qu J ; Mayer C ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2007年374卷1期 91-105页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 skp; outer membrane protein; membrane protein folding;

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            47. Wrap-and-pack: A new paradigm for beta structural motif recognition with application to recognizing beta trefoils

            【外文期刊】 Menke M ; King J ; 等 《Journal of computational biology: A journal of computational molecular cell biology》 2005年12卷6期 777-795页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 motif recognition; threading; protein structure prediction;

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            48. Recognition of remotely related structural homologues using sequence profiles of aligned homologous protein structures

            【外文期刊】 Seema Namboori ; Narayanaswamy Srinivasan ; 等 《In silico biology: An international on computational biology》 2004年4卷4期 445-460页 MEDLINE

            【关键词】 protein fold; superfamily; profiles;

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            49. Folding of Aquaporin 1: Multiple evidence that helix 3 can shift out of the membrane core

            【外文期刊】 Virkki, Minttu T. ; Agrawal, Nitin ; 等 《Protein science :》 2014年23卷7期 981-992页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 membrane protein; translocon recognition; protein folding;

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            50. DO ALIGNED SEQUENCES SHARE THE SAME FOLD

            【外文期刊】 Abagyan RA. ; Batalov S. ; 《Journal of Molecular Biology》 1997年273卷1期 355-368页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics; Fold recognition; Sequence alignment;

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