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【中文期刊】 梅曼 王晨璨 等 《植物研究》 2025年45卷1期 3-14页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 空间转录组(spatial transcriptomics,ST)是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,利用该技术解析单个组织切片中的所有mRNA.空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,使得在mR...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Kang XU Xiyun JIN 等 《浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）》 2023年24卷1期 15-31页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Long non-coding RNAs (lncRNAs) play a significant role in maintaining tissue morphology and functions, and their precise...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Yiran Shan Qian Zhang 等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2022年20卷5期 974-988页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Sequencing-based spatial transcriptomics(ST)is an emerging technology to study in situ gene expression patterns at the w...
【关键词】 Spatial transcriptomics；Multimodal information integration；Network-based analysis；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 江启煜 曾慧妍 《中国组织工程研究》 2025年29卷35期 7552-7561页ISTICPKUCA
【摘要】 背景:中药对疾病的治疗是一个复杂的多靶点调控过程.如何利用人工智能、单细胞转录组、空间转录组以及生物信息学等多个领域的技术相结合,探索中药的多靶点整合效应具有重要意义.目的:基于人工智能和组学数据驱动提出一种有别于网络药理学的中药潜在机制新...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李刘佳钰 王成 等 《中国生物化学与分子生物学报》 2025年41卷11期 1610-1621页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 间充质干细胞(mesenchymal stem cells,MSCs)因其多向分化潜能和免疫调节特性,在再生医学中具有广阔应用前景,但其功能异质性和微环境依赖性仍是临床应用的重大挑战.近年来,单细胞转录物组测序(single-cell tr...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王宇梦 罗薇 等 《解放军医学杂志》 2025年50卷4期 458-466页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探究基质金属蛋白酶3(MMP3)在二氧化硅(SiO2)诱导的小鼠矽肺模型中的表达情况及其参与矽肺纤维化的机制.方法 6只C57B/6雄性小鼠随机分为对照组与矽肺组(n=3).矽肺组小鼠经气管滴注SiO2悬液0.2 g/kg构建矽肺模型...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李汶欣 文文 《海军军医大学学报》 2025年46卷9期 1095-1102页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 肝细胞癌是原发性肝癌中最常见的类型,具有高度异质性,其肿瘤细胞的基因表达差异、细胞亚群的异常分布及肿瘤微环境中细胞的复杂交互作用是导致部分患者免疫和靶向治疗失败的关键因素.理解肝细胞癌异质性对于揭示治疗耐药机制及开发新的治疗策略至关重要.时...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 许泽玫红 杨如玉 等 《国际妇产科学杂志》 2024年51卷1期 82-86页ISTICCA
【摘要】 子宫内膜异位症(endometriosis,EMs)是育龄期妇女常见疾病,发病机制尚未明确.该病有着独特的类肿瘤表现,由细胞成分(如巨噬细胞、自然杀伤细胞和T淋巴细胞等)和非细胞成分共同构成的免疫微环境在异位病灶的发生发展中起重要作用.空间...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李雪纯 吴晓珊 《中华口腔医学杂志》 2025年60卷1期 26-32页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 单细胞结合空间多组学技术可以对不同状态下组织器官成千上万的细胞同时进行转录组、染色质开放状态等信息进行解析，并描述其空间定位。近年来，得益于单细胞多组学技术的发展，牙发育过程中各细胞亚型的定义、功能、演化和相互作用取得了许多重要进展。本文对...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Huifen Lu Ying Jing 等 《Protein & Cell》 2024年15卷5期 364-384页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 The ovary is indispensable for female reproduction, and its age-dependent functional decline is the primary cause of inf...
【关键词】 spatial transcriptome；primate；ovary；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Zhang Yixiang He Jiahao 等 《中华医学杂志英文版》 2024年137卷22期 2745-2757页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Background::Scleroderma is characterized by inflammation and fibrosis, predominantly occurring in the skin and extending...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Yin Zhang Juan Shen 等 《遗传学报》 2023年50卷9期 688-701页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Gut microbes exhibit complex interactions with their hosts and shape an organism's immune system throughout its lifespan...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 冯学超 邵雨彤 等 《生命科学》 2024年36卷12期 1572-1587页ISTICCSCD
【摘要】 空间转录组技术是一种通过测序或成像技术,在组织中进行基因空间表达检测的技术手段.该技术结合图像和建模分析算法,可以获得基因表达和各种细胞类型在组织中的空间分布模式.本文总结了空间转录组的实验检测原理和数据分析方法.在实验方法上,将目前的空间...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 马莉 崔海星 等 《中国生物工程杂志》 2023年43卷8期 111-117页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 空间组学以分子的视角揭示细胞间的微环境互作及空间异质性,在神经科学、癌症研究和发育生物学等领域发挥重要作用.该技术的学术热度较高,却一直处于"垄断式"发展.从空间组学技术在全球和中国专利申请的整体情况入手,分析了该领域全球和中国相关专利申请...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 胡懿凡 胡静涵 等 《海军军医大学学报》 2023年44卷7期 808-815页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 单细胞转录组测序联合空间转录组测序可解析组织内每一个细胞的转录组表达谱和空间位置信息,有助于探究细胞的基因表达水平和组织的三维重建,解读细胞异质性,理解细胞间的联系和相互作用,对于深入探讨疾病发生和发展的细胞与分子机制具有重要意义.纤维化疾...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 徐志伟 袁观斗 等 《中华实验外科杂志》 2022年39卷4期 810-813页ISTICCA
【摘要】 新兴的单细胞测序技术联合空间转录组技术，可以从细胞层面分析细胞的基因组、转录组和空间信息，这有助于人们探究细胞的基因表达水平和三维重建，了解细胞间的联系，进而促进探讨疾病的发生和发展机制。近年来，单细胞测序和空间转录组技术的联合运用已促进细...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Shruti Choudhary Hannele Tuominen 《分子植物（英文版）》 2023年16卷10期 1490-1492页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 The lifestyle of trees may seem sedentary,but behind the scenes,various meristems are busy stacking layers of cells in d...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Rood, Jennifer E. ; Stuart, Tim ; 等 2019年179卷7期 1455-1467页SCISCIEMEDLINE
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Kupper K ; Kolbl A ; 等 《Chromosoma》 2007年116卷3期 285-306页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 HUMAN TRANSCRIPTOME MAP;CHROMOSOME TERRITORIES;INTERPHASE NUCLEI;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Mahfouz, Ahmed ; van de Giessen, Martijn ; 等 《Methods: A Companion to Methods in Enzymology》 2015年73卷 79-89页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Allen Brain Atlas;Spatial-mapped gene expression;Brain transcriptome structure;
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Choi, Chang-Ryul ; Rhee, Hyun-Woo ; 2022年40卷2期 145-148页
- 概要：
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【外文期刊】 McGinnis, Lisa M. ; Ibarra-Lopez, Veronica ; 等 《Journal of Pathology: Journal of the Pathological Society of Great Britain and Ireland》 2021年254卷4期 405-417页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 multiplex in situ hybridization;multiplex immunohistochemistry;single&;
- 概要：
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【外文期刊】 Wang, JG ; Zhao, TT ; 等 2019年144卷 455-465页SCISCIEMEDLINE
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【外文期刊】 Dienel, Samuel J. ; Schoonover, Kirsten E. ; 等 2022年92卷6期 450-459页
【关键词】 GLUTAMIC-ACID DECARBOXYLASE;DENDRITIC SPINE DENSITY;SPATIAL WORKING-MEMORY;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Wang, Xueqing ; Wang, Bingwu ; 等 2022年255卷1期 SCISCIEMEDLINE
- 概要：
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- 结论：
【外文期刊】 Goetze S ; Mateos-Langerak J ; 等 《Seminars in cell and developmental biology》 2007年18卷5期 707-714页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 nuclear organization;chromatin folding;genome function;
- 概要：
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【外文期刊】 Guangdun Peng ; Guizhong Cui ; 等 2020年21卷 163-181页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 single-cell genomics;spatial transcriptome;cell lineage;
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 JoaquínPardo ; Martin CAbba ; 等 《The journals of gerontology.Series A. Biological sciences and medical sciences》 2018年73卷4期 459-467页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Aging;IGF-I;Spatial memory;
- 概要：
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【外文期刊】 Kuppe, Christoph ; Perales-Paton, Javier ; 等 2022年37卷4期 628-637页SCISCIEMEDLINE
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Liu Teng ; Fang Zhao-Yu ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2023年24卷3期 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 spatial transcriptome;spatial clustering;graph deep learning;
- 概要：
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【外文期刊】 Pardo, Joaquin ; Abba, Martin C. ; 等 《Hippocampus》 2017年27卷4期 435-449页
- 概要：
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【外文期刊】 Sacheli, Rosalie ; Nguyen, Laurent ; 等 《Gene Expression Patterns: A Section of Mechanisms of Development》 2009年9卷5期 364-370页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 cell differentiation;spatial distribution;temporal distribution;
- 概要：
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【外文期刊】 Cembrowski, Mark S. ; 《Journal of Neuroscience Methods》 2019年326卷 art. no. 108353-art. no. 108353页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Single-cell RNA sequencing;Single-molecule fluorescent in situ hybridization;Transcriptome;
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Xiaoshu Zhu ; Liyuan Pang ; 等 《Journal of computational biology: A journal of computational molecular cell biology》 2023年30卷8期 877-888页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 distribution of vertexes;gene co-expression network;gene correlation measurement;
- 概要：
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【外文期刊】 Balázs,Göcz ; Éva,Rumpler ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2025年301卷2期 108150页SCIMEDLINECABP
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【外文期刊】 Tian,Lu ; Mengdi,Wang ; 等 《Cell》 2024年187卷26期 7374-7393.e28页SCIMEDLINECABP
- 概要：
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【外文期刊】 Xueqing,Wang ; Bingwu,Wang ; 等 《Planta》 2021年255卷1期 9页SCIMEDLINECABP
- 概要：
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【外文期刊】 Xiehai,Song ; Pengru,Guo ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2023年120卷38期 e2310163120页SCIMEDLINECABP
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Xiuli,Qiao ; Jiaao,Sun ; 等 《Aging》 2024年16卷6期 5471-5500页SCIMEDLINEBP
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Jeremie Oliver,Piña ; Resmi,Raju ; 等 《Scientific reports》 2025年15卷1期 29639页
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Yanfang,Chen ; Zhe,Zhang ; 等 《Journal of translational medicine》 2025年23卷1期 459页SCIMEDLINECA
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Chun Wai,Ng ; Kwong-Kwok,Wong ; 等 《Journal of translational medicine》 2025年23卷1期 113页SCIMEDLINECA
【关键词】 Attention;Deep learning;H&E;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Wei,Chen ; Min,Zheng ; 等 《Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)》 2025年49卷1期 8页SCIMEDLINECABP
【关键词】 IDH-mutant astrocytoma;Malignant progression;Single-cell sequencing;
- 概要：
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- 结论：
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Pengfei,Guo ; Yanxiang,Deng ; 《Advances in neurobiology》 2024年41卷 133-149页
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Guanwen,Yang ; Jiangting,Cheng ; 等 《Journal of translational medicine》 2024年22卷1期 210页SCIMEDLINE
【关键词】 Clear cell renal cell carcinoma;Deep learning;Metabolic reprogramming;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Bingxin,Liu ; Shuwei,Li ; 等 《Cell reports. Medicine》 2024年5卷6期 101589页
【关键词】 expression meta-programs;immune microenvironment;left- and right-sided colon cancers;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Christopher,Felicelli ; Xinyan,Lu ; 等 《The Journal of pathology》 2025年265卷2期 211-225页SCIMEDLINECABP
【关键词】 copy number alteration;digital image analysis;immunohistochemistry;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Yan,Xin ; Qiji,Ma ; 等 《Frontiers in immunology》 2025年16卷 1521388页
- 概要：
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