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                【学位论文】 作者:俞秋奕 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2023年

                【摘要】 结直肠癌是一种致死率较高的癌症,结肠腺癌是其最常见的病理亚型。随着后基因组时代的到来,越来越多的生物信息学工具被应用于癌症研究中,特别是对肿瘤生物标志物的鉴定和筛选,能够帮助理解癌症的发病机制、指导诊断治疗。基于此,本文利用加权基因共表达网...

                【关键词】 结肠腺癌发病机制

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                【学位论文】 作者:李灿灿 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2023年

                【摘要】 随着测序技术的不断发展,从海量蛋白序列中挖掘有效信息已成为研究中的重点课题。其中蛋白质序列的图形表示法易于对蛋白质进行数值刻画,自提出以来备受研究者们的关注。DNA结合蛋白通过与DNA结合,参与DNA多种生命细胞活动。近年来,由于其功能的重...

                【关键词】 蛋白质序列时间序列表示

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                【学位论文】 作者:胡杭 导师:李重   浙江理工大学   数学 数学硕士 2022年

                【摘要】 单细胞转录组(scRNA-seq)测序能够在单个细胞的分辨率上表示转录组学图谱,它能够揭示细胞之间的异质性,在生命科学领域有着十分重要的作用。而聚类是分析scRNA-seq数据以揭示组织复杂性的关键步骤。
                  近年来,基于深度学习的单...

                【关键词】 单细胞RNA序列深度聚类

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                【学位论文】 作者:赵国英 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2022年

                【摘要】 许多复杂疾病都具有较高的遗传性,并且可能受到多个基因的共同影响。构造计算模型识别潜在的致病基因,对理解多种复杂疾病间的遗传机制具有重要意义。
                  本文提出了一种改进的数据处理方法,并将其应用到六类常见精神疾病的GWAS数据的MGAS多...

                【关键词】 复杂疾病致病基因

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                【学位论文】 作者:王留根 导师:贺平安   陈敏红   浙江理工大学   数学 数学硕士 2022年

                【摘要】 目前,越来越多的证据已经显示长链非编码RNA(lncRNA)在人类复杂疾病的发生和进展过程中具有重大影响。所以,对人类复杂疾病的研究人员来说,预测人类lncRNA-疾病关联是生物信息学中一项具有挑战性且迫切的任务。
                  本文基于本体数...

                【关键词】 长链非编码RNA疾病关联

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                【学位论文】 作者:蒋恺彦程 导师:李重   浙江理工大学   数学 数学硕士 2021年

                【摘要】 许多科学研究表明microRNA(miRNA)与疾病存在内在的联系,它可能是各种疾病的潜在发病因子。故预测miRNA与疾病之间的关系在治疗疾病、开发相关药物中起着重要作用。现有的生物实验方法费时且昂贵,因此通过计算方法来揭示miRNA与疾病...

                【关键词】 疾病预测miRNA

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                【学位论文】 作者:王怡玮 导师:傅景礼   项春   浙江理工大学   数学 数学硕士 2021年

                【摘要】 离子通道是镶嵌在细胞膜上的特殊蛋白质,其中间有一个孔洞,这些孔洞就是离子快速进出细胞的通道。离子通道产生和传导电信号,调节细胞内外渗透压,具有广泛的生物学功能。通过在不同离子条件下测量的电流电压关系,可以得出离子通道的两个最相关的生物学特性...

                【关键词】 PNP系统单个通量

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                【学位论文】 作者:朱天宇 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2021年

                【摘要】 胃肠道癌症是恶性肿瘤中最常见和致命的类型之一。随着癌症免疫治疗研究的不断深入,免疫疗法已被纳入胃肠道癌症的治疗方案中。目前关于胃肠道癌症分期阶段的免疫治疗研究大多关注于免疫检查点的功效。研究人体免疫系统在胃肠道癌症发生、发展及预后等过程中的...

                【关键词】 胃肠道癌症免疫关联靶向基因

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                【学位论文】 作者:尚敏 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2020年

                【摘要】 长链非编码RNA的表达情况和许多疾病病理过程的发生密切相关。它们可能是诊断、预后和治疗这些疾病的重要生物标志物。推断潜在的lncRNA-疾病关联性对于揭示疾病的发病机制、开发新的药物以及优化个性化治疗至关重要。然而,验证lncRNA-疾病相...

                【关键词】 长链非编码核糖核苷酸疾病关联性

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                【学位论文】 作者:夏鹏 导师:马满军   浙江理工大学   数学 数学硕士 2019年

                【摘要】 本文研究了一类具有密度抑制运动效应的菌群反应扩散模型的局部分支、全局分支、非常数定态解存在性条件和多步解的亚稳性以及斑图在大区域传播方式。主要内容如下:
                  第一章,介绍了模型的研究背景与研究意义以及本文所需的数学符号、预备知识和主要...

                【关键词】 菌群反应扩散模型密度抑制运动效应

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                【学位论文】 作者:王重阳 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2019年

                【摘要】 离子通道是细胞中的一类特殊蛋白质,其最主要的作用是帮助活体细胞中水溶性物质进出细胞,使活体细胞进行新陈代谢,从而完成生命活动中的一系列行为。认识和了解离子通道自身所蕴含的内在机制对生物学、临床医学具有十分重要的意义,例如:心率的控制与Na+...

                【关键词】 离子通道Poisson-Nernst-Planck模型

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                【学位论文】 作者:徐慧 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2019年

                【摘要】 数据缺失为大数据的分析带来诸多不便,矩阵填充作为处理缺失数据的重要手段已成为大数据分析的一个重要研究课题。
                  现今,肿瘤已经严重威胁人类健康,是致死的重要元凶之一。由于肿瘤的异质性,在患者用药前进行临床试验,测量肿瘤细胞系对于抗肿瘤...

                【关键词】 抗肿瘤药物敏感性分析

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                【学位论文】 作者:黄嘉禾 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2018年

                【摘要】 构建计算模型分析海量的蛋白序列数据并实现其信息的准确识别是生物信息学领域研究中的重点问题。这里数据的定量描述和模型构建是蛋白序列分析的关键。蛋白序列图形表示方法拥有计算简单、易数值刻画和可用于处理大量数据等优点,自提出以来备受研究者们的关注...

                【关键词】 广义迭代图形表示蛋白质序列

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                【学位论文】 作者:李辉 导师:马满军   浙江理工大学   数学 数学硕士 2018年

                【摘要】 本文主要研究了具有排斥效应的病毒感染模型无病定态的全局渐近稳定性、非常数正定态的存在性与一致持久性、定态解的局部和全局结构以及分支解的稳定性标准。本文共分为五章:
                  第一章,介绍了本文的研究背景及意义、本文通用的数学符号和预备知识。...

                【关键词】 病毒感染模型动力学性质

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                【学位论文】 作者:陶红 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2017年

                【摘要】 癌症是一类由控制细胞分类和凋亡的机制失常而导致的疾病。预防癌症致死的关键是提高癌症的早期诊断水平,而在癌症的早期诊断和治疗中,最主要的是找到肿瘤的潜在生物标记,蛋白质组学的发展为癌症的早期检测和诊断提供了可能,其中基于质谱技术的蛋白质组学数...

                【关键词】 恶性肿瘤早期诊断

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                【学位论文】 作者:周康 导师:骆桦   浙江理工大学   数学 数学硕士 2017年

                【摘要】 用微分方程建立并研究传染病模型是应用数学研究中的一个重要研究课题.本文利用微分方程稳定性理论和分支理论研究了四类传染病模型,着重分析了模型的平衡点的存在性、稳定性,以及各类可能发生的分支情况,例如后向分支、Hopf分支和Bogdanov-T...

                【关键词】 传染病模型动力学特性

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                【学位论文】 作者:郭鹏飞 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2016年

                【摘要】 癌症干细胞假说认为癌症干细胞是癌症异常增殖、侵袭、转移、耐药以及复发等的根源。本文基于这个假说,分析四种癌症的基因和miRNAs混合表达数据,挖掘与癌症干细胞相关的关键调控基因。
                  首先本研究利用分类算法将746个乳腺癌样本中的18...

                【关键词】 乳腺癌癌症干细胞

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                【学位论文】 作者:黄莉 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2016年

                【摘要】 流行性感冒是流感病毒引起的急性呼吸道感染疾病,它传染性强、传播速度快,流感的预防一直受到世界各国的高度重视。目前,血凝素抑制试验(HI)是获得流感病毒抗原性特征的常规手段之一,但是,由于受到实验条件的干扰和限制,导致有些数据不准或有些数据无...

                【关键词】 矩阵填充算法流感病毒

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                【学位论文】 作者:秦胜伟 导师:李重   浙江理工大学   数学 计算数学硕士 2015年

                【摘要】 在后基因时代,蛋白质三维形状相似性比较是蛋白质形状分析中一个非常重要的研究内容。蛋白质相似性研究可以了解蛋白质的结构及其功能,从而可以在医药研究、蛋白质结构检索与预测等领域发挥重要作用。由于蛋白质三维模型表面形状复杂,以及模型变形对拓扑结构...

                【关键词】 蛋白质模型三维模型

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                【学位论文】 作者:吴玉明 导师:李重   浙江理工大学   数学 计算数学硕士 2015年

                【摘要】 随着生物数据的大爆发,生物序列的数量在数据库中呈指数形式增长。因此,从氨基酸序列中预测蛋白质的结构和功能,已经成为一个重要的研究问题。直接通过实验的方法确定蛋白质的结构,相对比较低效。对蛋白质二级结构和功能进行预测已成为生物信息学中的一个常...

                【关键词】 蛋白质二级结构

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                【学位论文】 作者:徐苏宁 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2015年

                【摘要】 混沌学研究包括数学、物理学、生物学、气象学、工程学和经济学等众多学科。在生物序列的研究中,有一些学者将混沌学理论引入生物序列的分析研究,即所谓的混沌游戏图形表示(CGR),基于一个迭代函数将DNA序列的子串映射为空间的点,通过可视化的方法分...

                【关键词】 蛋白质基因序列

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                【学位论文】 作者:姚波 导师:李重   浙江理工大学   数学 数学硕士 2015年

                【摘要】 蛋白质三维模型相似性分析是生物信息学重要研究课题之一。蛋白质三维模型相似性分析研究有助于我们了解蛋白质的结构及其功能,从而在医药研究、计算机辅助设计蛋白质分子、蛋白质结构分析与预测等领域发挥了重要作用。由于蛋白质三维模型表面形状复杂,以及模...

                【关键词】 蛋白质三维模型

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                【学位论文】 作者:喻道莉 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 数学硕士 2015年

                【摘要】 图形表示方法作为生物序列比较分析的方法之一,由于其具有可视性、易于数值刻画的特点,已经被广泛应用在生物信息学的研究中。本文主要工作是提出两种新的图形表示并将其分别应用在序列相似性分析和亚细胞定位预测中。
                  本文基于核苷酸三联体、氨基...

                【关键词】 蛋白质亚细胞定位

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                【学位论文】 作者:韩建宁 导师:姚玉华   浙江理工大学   数学 基础数学硕士 2014年

                【摘要】 随着基因组学和蛋白组学的出现,生物序列的图形表示发展到定量的数值特征,目前已经成为生物信息学的一个重要研究课题.论文给出DNA和蛋白质序列的可视化谱型图表示、数学描述模型,并在相似性分析和进化树的构造等方面进行了研究.(1)依据核苷酸的分类...

                【关键词】 基因组谱型图表示

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                【学位论文】 作者:韩建宁 导师:姚玉华   浙江理工大学   数学 基础数学硕士 2013年

                【摘要】 随着基因组学和蛋白组学的出现,生物序列的图形表示发展到定量的数值特征,目前已经成为生物信息学的一个重要研究课题。论文给出DNA和蛋白质序列的可视化谱型图表示、数学描述模型,并在相似性分析和进化树的构造等方面进行了研究。
                  (1)依据...

                【关键词】 谱型图表示亚细胞定位

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                【学位论文】 作者:李丹 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 基础数学硕士 2012年

                【摘要】 蛋白质序列数据的积累速度愈来愈快,简单方便的蛋白质序列分析方法显得尤为重要。近年来,许多有效的蛋白质序列分析方法被给出并被应用到蛋白序列的分析和比较。蛋白序列图形表示由于其可视性好、易于数值刻画受到许多研究者的关注。
                   基于氨基...

                【关键词】 蛋白质序列图形表示

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                【学位论文】 作者:孔芬 导师:姚玉华   浙江理工大学   数学 基础数学硕士 2012年

                【摘要】 近年来,随着新一代高通量测序技术的出现,产生了越来越多的分子序列数据。面对海量的数据,如何对这些数据进行科学的分类、处理、分析和储存,给数学、计算机科学提出了严峻的挑战,生物学研究的重点开始由数据积累向数据分析和解释转变,计算生物学便在这种...

                【关键词】 蛋白质序列图形表示

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                【学位论文】 作者:华巧丽 导师:黄土森   浙江理工大学   数学 基础数学硕士 2010年

                【摘要】 在现实世界中,资源有的不可更新,有的可更新,生物资源是可更新资源之一.如何科学地开发、利用与管理生物资源,已经成为数学、生态学及管理学等学科重要研究课题之一.捕捞量是生物资源开发的一个重要指标,然而生物资源的价格与开发该种资源所获得的最大经...

                【关键词】 可更新资源生物种群

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                【学位论文】 作者:强静 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 基础数学硕士 2010年

                【摘要】 作为生物的主要类群之一,细菌是大自然界中生物种群数量最多的一类。目前,许多研究发现细菌的营养方式有自养和异养。而在大量细菌中,几乎所有的细菌有一种自然的能力,为了适应周围的环境,就从环境中摄取其他细菌的DNA序列,吸收到自己的基因组中成为自...

                【关键词】 巴氏杆菌奈瑟氏球菌

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                【学位论文】 作者:李晓芳 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 基础数学硕士 2010年

                【摘要】 杆状病毒中有许多保守的蛋白基因,它们具有不同的生物功能,同时对病毒的进化和分类起到非常重要的作用。利用短串的方法分析杆状病毒的蛋白组,研究其所在蛋白包含的生物学背景是一个有意义的工作。
                   第二章中,应用Markov模型,预测30...

                【关键词】 昆虫杆状病毒Markov模型

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                【学位论文】 作者:张艳萍 导师:贺平安   浙江理工大学   数学 基础数学硕士 2009年

                【摘要】 蛋白质是由20个氨基酸残基组成的大分子,一个蛋白质序列可以看作是在20个氨基酸的字母表Ω上的字符串,即Ω={A, C, D, E, F, G, H, I, K, L, M, N, P, Q, R,S, T, V, W, Y}。因为蛋白质序列...

                【关键词】 蛋白质序列数学描述

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