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【学位论文】 作者：王云杰 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2024年
【摘要】 基因组的三维结构对于基因表达调控和细胞功能极为关键，染色质环（loop）是三维结构中一种重要结构单元，而且不同类型的loop具有不同的功能。研究发现，启动子-增强子互作(Promoter-Enhancer Interactions, PEI...
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【学位论文】 作者：高洁 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2023年
【摘要】 前体mRNA的异常剪接会导致癌症，研究证实可变剪接（AS）在人类肺腺癌（LUAD）的增殖和迁移中起着至关重要的作用。本文针对LUAD,构建了三种常见模式的可变剪接事件集，分析了 LUAD和正常样本中三类可变剪接事件的特征，筛选得到了一致性好...
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【学位论文】 作者：韩璐 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2023年
【摘要】 转录因子通过与顺式调控元件结合参与基因转录的精确调控。哺乳动物的转录因子(TF)多达数千种，每一个转录因子通常不单独发挥作用，而是以一种组合的方式协同作用于DNA顺式调控元件，解析转录因子的协同性有助于深入理解基因的转录调控机制。针对人类基...
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【学位论文】 作者：关华 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2022年
【摘要】
可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制。本文分析研究了单核苷酸变异和组蛋白修饰对基因可变剪接的影响。
首先，研究了单核苷酸变异对可变剪接的影响。基于一位51岁女性23种组织的RNA-seq数据，利用MISO计算了可变剪...
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【学位论文】 作者：柴露 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2022年
【摘要】 CCCTC结合因子(CTCF)是脊椎动物中广泛表达的一种蛋白质，在全基因组的ChIP-seq数据中发现的CTCF结合位点有成千上万个。本文通过对ENCODE数据库中转录因子CTCF的ChIP-seq数据进行统计，基于67个细胞系的CTCF结...
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【学位论文】 作者：冯永贤 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2021年
【摘要】 基因的差异表达往往受到DNA甲基化的调控，研究DNA甲基化与基因差异表达的关联有助于解析基因的表达调控机制，特别是与疾病相关的基因差异表达。本文利用TCGA数据库中肺鳞癌RNA-Seq数据结合DESeq2包和方差分析方法，构建了肺鳞癌相关的...
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【学位论文】 作者：杨彦超 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2021年
【摘要】 在人类基因组中，基因的表达水平和表达模式表现出巨大的多样性。尽管已经发现基因表达可以由转录因子（Transcriptionfactor,TF）和其他调控因子共同控制，但解密其复杂性仍然是一项艰巨的任务。在真核生物中，多种转录因子可以协同结合...
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【学位论文】 作者：杨燕 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2020年
【摘要】 差异表达基因和DNA甲基化修饰的改变在肿瘤的发生进展中共同发挥重要作用，为了探索肺鳞状细胞癌发生的分子机制，本文基于TCGA公共数据库肺鳞状细胞癌的RNA-Seq和450k甲基化数据，利用R包DESeq2和方差分析获得差异表达基因，并根据组...
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【学位论文】 作者：刘影 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2020年
【摘要】 CCCTC结合因子(CTCF)是广泛存在于真核生物中的多锌脂蛋白，参与了转录、印迹和染色质长程相互作用等多种生物学过程，在不同基因组背景下发挥不同的功能。众所周知，CTCF可以同时充当转录抑制因子和激活因子。另一方面，各种研究发现CTCF是...
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【学位论文】 作者：冯琳璎 导师：张利绒 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2019年
【摘要】 转录因子(Transcription factor,TF)在调控基因表达的过程中发挥着重要的作用，通过与基因上游特定序列结合，从而影响目的基因的表达时间、表达位置以及表达强度。实际上，多个转录因子之间会形成复杂的组合模式来参与基因的表达调控...
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【学位论文】 作者：周勋 导师：张利绒 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2019年
【摘要】 鸟类是四足类动物中最丰富的一类脊椎动物，鸟类快速演化形成了超过10,000个不同物种，但产生这些鸟类生物多样性的机制仍不清楚。鸟类的基因组资料为定量研究基因组进化提供了重要的依据。一方面，基于47种鸟类的全基因组核苷酸序列数据，验证了已建立...
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【学位论文】 作者：石璐璐 导师：张利绒 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2018年
【摘要】 可变剪切是调控基因表达和产生转录组以及蛋白质组多样性的重要机制，异常的剪切与疾病的发生有着密切的联系。研究表明，可变剪切过程会受到组蛋白修饰的调控。因此，针对不同的细胞系环境，剪切位点、可变剪切事件的精确识别，以及组蛋白修饰与可变剪切事件的...
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【学位论文】 作者：张永芬 导师：张利绒 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2017年
【摘要】 鸟类作为白垩纪物种大灭绝事件中的幸存者，由于它们在早期的历史中经历了一次辐射性的物种大爆发，从而相对快速进化形成了超过10000个不同物种。但由于大爆发时间很短，导致人类对于现代鸟类的进化历史和亲缘关系一直未有明确的了解。近年来，随着科学技...
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【学位论文】 作者：闫甜甜 导师：张利绒 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2017年
【摘要】 在转录、基因组印记以及亚核的定位等复杂的生物学过程中，多功能的转录因子CTCF发挥着关键的调控作用，其与基因结合的活性能够被DNA甲基化所影响。作为表观遗传学研究的重要方面，组蛋白修饰通过构建总体的染色质环境，从而达到影响基因表达及基因组功...
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【学位论文】 作者：艾雪 导师：张利绒 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2016年
【摘要】 DNA甲基化是表观遗传方面重要的研究内容之一，是指附着在胞嘧啶第5位碳原子被甲基化转移酶所催化，形成5'-CG-3'二核苷酸（称为CpG）的化学过程。大多数脊椎动物基因组中存在甲基化胞嘧啶核苷酸的集群，主要集中在基因5'非编码区。CpGs中...
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【学位论文】 作者：薛高高 导师：张利绒 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2016年
【摘要】 转录因子的结合与组蛋白修饰的发生对于基因表达的精确调控是至关重要的，转录因子通过与基因的启动子、增强子等调控区域特异的、短的序列模体相结合，激活或抑制基因的转录表达。调控基因的转录因子总是与包括组蛋白修饰在内的其他因子相关联。当前，随着高通...
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【学位论文】 作者：张砚 导师：张利绒 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2014年
【摘要】
“组蛋白密码”假设的思想，是以组蛋白修饰的实验数据为基础，使用统计分析的研究方法，寻找组蛋白修饰在基因组上成簇出现、重复出现的情况，相互组合协同修饰的模式。
我们以黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)为研究对...
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【学位论文】 作者：周芳 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2013年
【摘要】 基因表达受各种综合因素的调控，它是一个高度复杂的过程.在生物的发育和生长过程中，基因在拥有相同DNA序列的状态下，表达水平却完全不同.生物的遗传信息不是仅由DNA决定的，而是与同样承载着遗传物质的表观遗传共同决定的.表观遗传是基因表达调控机...
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【学位论文】 作者：秀花 导师：张利绒 内蒙古大学 物理学 物理学（硕士） 2013年
【摘要】 基因组表达调控是一个非常复杂的过程，除了DNA自身序列的调控作用外，还受到很多表观遗传修饰的调控作用。近年来，人们逐渐发现表观遗传学的重要性及其在医学领域上的应用。组蛋白修饰是表观遗传学研究的一个重要方面，具有重要的理论意义和应用前景，而关...
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【学位论文】 作者：魏丽珍 导师：张利绒 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2011年
【摘要】 Alu重复序列是灵长类动物基因组中SINE家族的一员,约有100万份拷贝。由于这种DNA序列中含有限制性内切酶AluI识别的序列AGCT,所以称为Alu重复序列。典型的人类基因组Alu序列长282 bp,由两个同源但有差别的亚基构成。在所有...
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