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【学位论文】 作者：林为丽 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2021年
【摘要】 细胞骨架在细胞中既充当肌肉功能又充当骨骼功能，并在细胞运动、胞质分裂、和细胞器定位排布等生物过程中发挥重要作用，特别是在肌肉收缩中，细胞骨架负责执行大规模生物活动。随着高深度和高通量蛋白质组学技术发展，近期研究者在脊椎动物中鉴定到不少细胞骨...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：曹佳宇 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2021年
【摘要】 肺癌是高发病率和高死亡率的恶性肿瘤，根据组织病理学特征，肺癌可以分为非小细胞肺癌和小细胞肺癌，小细胞肺癌大约占了肺癌病例的15％。小细胞肺癌患者虽然对初始化疗有反应，但大多数患者都会在短时间内复发，并且对后续治疗表现出耐药性。小细胞肺癌的临...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：冯方尤敏 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 计算生物学（博士） 2020年
【摘要】 癌症是一种多因素诱导细胞恶性增殖并侵犯机体不同部位的复杂疾病。对应于癌症的异质性和复杂性，单一使用包括免疫治疗在内的抗癌药物往往易出现耐药性和副作用，从而导致疗效不佳，甚至对正常组织造成伤害。因此针对不同的癌症分子机制和肿瘤微环境，联合使用...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：贺盛 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 计算生物学（博士） 2020年
【摘要】 肿瘤是一种具有复杂遗传背景的恶性疾病，肿瘤患者之间存在高度异质性的遗传变异，这种异质性体现在转录组、基因组、蛋白质组和表观遗传组等多个组学层面，并最终导致大部分抗癌药物，特别是靶向药物，只对很少的一部分患者是有效的。根据肿瘤患者特定的遗传变...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：杨储华 导师：李亦学 王理伟 中国科学院大学 生物学 生物工程（硕士） 2019年
【摘要】 在所有癌症中，结直肠癌的全球死亡率排第三。结直肠癌因其发病初期症状隐蔽，就诊时被诊断为Ⅱ期和Ⅲ期的患者占比高达53％，对于术后高风险Ⅱ期和术后Ⅲ期结直肠癌患者临床上一般使用辅助性化疗来降低癌症复发率。NCCN指南给出的8种术后辅助治疗方案中...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：林平 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2019年
【摘要】 肿瘤是导致全球死亡的主要原因之一。绝大多数的肿瘤死亡是转移造成的。到目前为止，基于Stephen Paget提出的“种子与土壤”理论，研究者们已经在肿瘤转移的机制上进行了诸多探究，并且取得了许多突破性的进展。尽管如此，对肿瘤转移机制的认知仍...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：杨力光 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2019年
【摘要】 随着高通量测序技术快速发展，各种组学数据快速增长。人们对生物学现象的研究也由单一的点与点之间研究，扩展到了复杂的面与面之间的研究。早期的各种测序数据分析集中于小样本单一组学上，然而这些研究只能反应生物体某一层面的数据特征，对结果的解释性也仅...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：李佳 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2019年
【摘要】 心血管疾病是一类与心脏和血管相关的疾病，是全球死亡的头号死因，动脉粥样硬化是导致心血管疾病重要的病理学基础。近年来，随着测序技术和计算方法的进步，多种组学数据在心血管疾病研究的广泛应用，有助于全面地理解心血管疾病的发生和发展的机理。本论文基...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：肖庆宇 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2018年
【摘要】 在海量数据爆炸式增长的时代，生命科学数据数量大、异质性强、复杂度高，是典型的“大数据”的代表。得益于近年来二代测序、质谱等高通量技术的进步，不同层次的生命科学数据，包括基因组学、蛋白质组学等，呈指数增长。对海量生物大数据进行有效地解读，挖掘...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：周露 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2018年
【摘要】 兔子是非常重要的实验动物，除了用于生产抗体、药物毒性和安全性测试、农业育种、商业用途外，还广泛地应用于人类疾病的研究中。目前，已研发了一些实验兔模型用于人类疾病的研究，其中最常见的疾病为心血管疾病、癌症和艾滋病。兔子模型对低密度脂蛋白受体缺...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：李圣迪 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2017年
【摘要】 适应性演化是生物获得生存相关性状的重要源动力。近年来，大规模基因组测序技术在生物学研究中的运用越来越广泛。其中，群体遗传学是其尤为重要的运用领域。研究多物种的遗传多样性与分子演化是了解基因型与表型之间关联的重要途径之一。在本论文中，利用群体...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：詹晓慧 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2017年
【摘要】 癌症是一种复杂疾病，存在普遍的异质性，是遗传和环境因素共同作用的结果。癌细胞在基因组、转录组、蛋白质组、代谢组多个生物学层面均表现出高度异质性，因而基于组学数据对癌症进行分型研究是非常重要的研究领域，可以让更好的了解癌症的异质性，同时可以更...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：柳枝 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2016年
【摘要】 在二倍体生物中，基因两个拷贝的不均衡表达被称为等位基因特异性表达。等位基因特异性表达是研究顺式调控的有效方法。二代测序的发展使得等位基因特异性表达鉴定可以在全基因组范围内展开，但仍然有些问题亟待解决。例如比对偏差的控制（测序片段比对到参考基...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：张梦欢 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物学（博士） 2016年
【摘要】 蛋白质功能网络是高通量数据分析中不可或缺的环节。其中的信号传导网络在生物医学研究中以其重要的功能意义而受到许多关注。激酶开关引起的蛋白质磷酸化修饰的动态改变是信号传导网络中关键的调控因素。磷酸化介导的激酶与底物之间的调控已经受到广泛研究。但...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：刘刚 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2016年
【摘要】 发病原因的多样性，造成了肝癌的高异质性。这种异质性体现在多种生物学层面上。随着二代测序技术和生物微阵列等技术发展，较为全面的评估各个生物学层次的状态更加简单。然而，单一层次上的数据分析只能片面的了解肝癌发生和发展的可能。这对异质性很高的肝癌...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：桂团团 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物工程（硕士） 2016年
【摘要】
无论在经济发达国家还是经济欠发达国家，癌症都是导致死亡的最主要原因。其中结直肠癌和肝癌分别都是全球范围内是最主要发生的癌症之一。本文通过对结直肠癌转录组数据的顺式调控和肝癌转录组数据的分子标志物的研究来对癌症进行进一步的理解。
关...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：张青 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物工程（硕士） 2016年
【摘要】
蛋白质组学研究的目的在于完整的对生物体内表达的蛋白质进行定性和定量分析，质谱由于其灵敏度、准确性，使其成为蛋白质组学研究中的核心技术平台。
数据非依赖型采集模式，是针对传统的质谱采集模式的弱点所开发的新方法，由于其对于母离子的选择...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：毕杰 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（硕士） 2016年
【摘要】 细胞色素P450酶家族(简称CYP)是哺乳动物的生化代谢反应中至关重要的酶家族，它不仅可以催化内源性小分子的代谢，还可以参与药物和外源性物质的代谢。虽然在序列上，CYP酶家族仅保有20％的相似性，但在结构上它们高度保守，尤其是严格保守的Ex...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：邹珂珂 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物工程（硕士） 2016年
【摘要】 肿瘤药物的选择一直是困扰广大医生和研究人员的巨大问题，找寻与药物敏感的分子特征，建立判断细胞对药物敏感性预测的模型，为肿瘤药物的选择提供了一个明确的方向。该文章比较了原代肝癌组织和配对的早期病人起源的细胞和细胞系在基因组和表达组水平的相似性...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：孙博 导师：李亦学 谢鹭 上海交通大学 生物学 生物学（硕士） 2015年
【摘要】 蛋白质翻译后修饰在蛋白质执行功能过程中起到重要的信息传递作用。非同义单核苷酸变异可能对蛋白质翻译后修饰产生影响。本研究对非同义突变数据及蛋白质翻译后修饰进行了一系列特征提取、关联分析；并结合突变与翻译后修饰在不同疾病中的分布，进行了结构和功...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：丛珊 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物工程（硕士） 2015年
【摘要】 花生四烯酸是人体内含量最多的不饱和脂肪酸，也是人体内多种重要生物活性物质的前体，比如前列腺素、血栓烷、白细胞三烯、脂氧素以及环氧二十碳三烯等。这些花生四烯酸代谢物对于人体内脂类蛋白的代谢、血液流变学、血管弹性、白细胞功能和血小板激活等具有重...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：马超 导师：李亦学 中国科学院大学;中国科学院上海生命科学研究院;系统生物学重点实验室 生物学 生物学（博士） 2015年
【摘要】 黄连素和吴莱萸碱分别是中药黄连和吴茱萸的主要生物活性成分。近年来的研究发现，黄连素与吴茱萸碱都具有多种抗肿瘤作用，包括抑制肿瘤细胞生长、诱导肿瘤细胞凋亡、减少肿瘤的恶性转化和转移等。同时，联合使用这两种中药成分可以显著提高其抗肿瘤效果，但其...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王珺霞 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物学（硕士） 2015年
【摘要】 细胞色素P450（Cytochrome P450，CYP）酶几乎存在于所有的物种中，它们从共同的祖先通过基因倍增的方式进化而来，以一种“爆炸性”的趋势形成了现如今庞大的超家族，存在进化多样性。作为一种亚铁血红素蛋白酶，其反应过程类似于单加氧...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：张万菊 导师：李亦学 刘雷 中国科学院大学;中国科学院上海生科院 中国科学院上海生命科学研究院 生物学 生物学；生物信息学（博士） 2015年
【摘要】 流感的大流行往往会引起全球性公共卫生事件，而控制流感的最有效手段是接种疫苗。但因流感病毒易快速变异，疫苗往往对新流行株不具保护性。因此，急需研发一种新型的流感通用疫苗。但因通用抗原表位肽的免疫原性差且易降解，更缺乏有效展示载体，阻碍了通用疫...
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【学位论文】 作者：李超 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2015年
【摘要】
随着微阵列技术和高通量测序技术的发展和普及，越来越多的多组学数据产生和积累，这为我们更加深入全面地研究和理解复杂的生物学系统提供了可能。
基于我们提出和整理的多组学数据整合分析的策略，我们对癌症基因组学的多组学数据和空间基因组学的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王世东 导师：李亦学 中国科学院大学;中国科学院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室 中国科学院上海生命科学研究院 生物学 生物信息学（博士） 2015年
【摘要】 近年来，在蛋白质研究领域中蛋白芯片技术发展迅速，逐步成为该领域的主流分析技术。然而由于蛋白芯片的种类繁多、其设计方案较基因芯片等其他高通量技术更趋个性化，简单套用常规的生物信息学分析方法去分析蛋白芯片数据，不仅不能够达到高通量数据深入挖掘的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：李儒东 导师：李亦学 中国科学院大学;中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所系统生物学重点实验室 中国科学院上海生命科学研究院;上海生物化学与细胞生物学研究所 生物学 生物信息学、计算系统生物学；生物学（博士） 2015年
【摘要】 鉴于分子生物学研究的一个重要任务是揭示生物分子的功能关键性（例如基因敲除实验），因此将这类研究进行虚拟化必将有利于节省实验成本、解析复杂生物系统、以及为生物工程提供先导知识和研究工具。然而，传统生物信息学方法对此有效性较差;而现行主流建模方...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：刘天澄 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2015年
【摘要】 进化发育生物学主要研究的焦点在于自然选择如何影响胚胎发育的过程，以及如何进一步影响生物体的形态。首先对过去这方面的研究进行了一个综述，这些研究的主要目的是想要阐明在一些物种的胚胎发育过程中，哪一个时期最为保守。这些研究最初采用的手段完全基于...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：戴雨霖 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息（博士） 2015年
【摘要】
在中国，随着人们物质基础得提升，寿命的增长以及环境的影响，癌症每年正以两位数的的发病增长率迅速扩张。这篇论文里列举了一系列癌症现有的诊断研究方法，以及正在被应用于癌症研究的新技术、新方法，还有开发的辅助癌症研究及诊断的工具。
癌症...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：卢星宇 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物信息学（硕士） 2015年
【摘要】 近年来，得益于癌症基因组测序和相关分析技术的快速发展，越来越多的癌症相关基因特征被发现，比如驱动基因和乘客基因、原癌基因和抑癌基因。然而，现有的基于群体统计学的分析方法，不仅需要耗费巨大的人力物力，而且忽略了癌症个体间的异质性，也无法区分不...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：张平宇 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物工程（硕士） 2015年
【摘要】 在正常细胞当中，癌症相关基因积累的突变导致其功能异常，影响相关信号通路的功能，最终导致癌细胞的产生。因而在癌症基因组的研究中，研究癌症相关基因的功能及其参与的信号通路是非常重要的。骆驼是一种生活在荒漠环境中的大型哺乳动物，为了在严酷的环境中...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：顾琪 导师：李亦学 哈尔滨医科大学 生物医学工程 生物医学工程（硕士） 2014年
【摘要】 系统研究炎癌转化中的分子机制是当前生物医学研究的热点之一，越来越多的研究表明，蛋白编码基因以及各类非编码RNA与人类的炎癌转化密切相关。利用生物信息学方法分析蛋白编码基因和非编码RNA在炎癌转化中的作用可以为阐明人类癌症的致病机制提供新的参...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王印 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物学（博士） 2014年
【摘要】 在后基因组时代，处理各个层次的生物数据，是当前生物信息学发展的重要任务。在海量数据中学习并选择有效的信息，来鉴别及分析一系列特定疾病的分子特征与规律，对于疾病的诊断与预后至关重要。更加关键的，从系统生物学的角度去研究疾病的分子机理，建立定量...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：刘丁睿 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物工程（硕士） 2014年
【摘要】 抗生素在细菌感染治疗中的大规模使用，使得细菌对药物的适应性更强，造成了细菌耐药性的产生和发展，增大了临床治疗和药物设计的难度，直至近年“超级细菌”的产生和传播，更可窥见细菌耐药性的发展有愈演愈烈的趋势。此外，由于人为和环境因素的影响，使得细...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：郑露露 导师：周艳红 李亦学 华中科技大学 生物学 生物信息技术（博士） 2014年
【摘要】 在病原微生物持续危害公众健康与生命的今天，及时有效的检测将显著提高人类监控应对此类风险的能力。当前，微生物检测仍以PCR技术为基础，因此敏感而又特异的PCR引物，将是检测成功与否的关键。本论文基于公共数据库中广泛存在的核酸序列片段，针对常见...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：许艳军 导师：李霞 李亦学 哈尔滨医科大学 生物医学工程 生物医学工程（硕士） 2014年
【摘要】 随着高通量代谢组学技术例如气相色谱质谱联用技术，我们能够同时获得成百上千的代谢子。当前，如何基于这些高通量的数据来系统地揭示生物学通路以及一些关键的细胞机制在疾病发生和发展中的作用是一个重大的挑战。代谢子的通路识别是解决这一问题的有效策略。...
- 概要：
- 方法：
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- 概要：
- 方法：
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- 概要：
- 方法：
- 结论：
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：何颖 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2013年
【摘要】 细胞的信号通路是生命活动中非常重要的功能，其主要掌控细胞与外界环境的交流与应答。环境中的信号分子，通过结合细胞膜表面的受体传递到胞内，然后通过信号传递网络的级联效应，最终激发细胞对外界刺激做出相应的响应。信号传递网络是一个非常复杂且精细的系...
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【学位论文】 作者：俞书浩 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物学（博士） 2013年
【摘要】 药物研发是一个需要涉及到数学、化学、生物学、计算机科学等各个专业领域的综合过程。新药研发中的关键一环是找到药物的作用靶点和作用机理，人类基因组草图绘制完成后，人们普遍认为，利用大规模高通量的组学技术和生物信息学技术，药物机理的发现会呈现一个...
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【学位论文】 作者：崔鹏 导师：李亦学 谢鹭 上海交通大学 生物学 生物信息学（硕士） 2013年
【摘要】 DNA酶I超敏感位点是对于DNA酶I的水解异常敏感的染色质区域,这些区域大多位于有活性的基因和顺式调节元件上。传统上,这些区域被认为是开放染色质,而且对于很多重要的生物学活动,比如基因转录, DNA复制,细胞分化等,都有很重要的生物学作用。...
【关键词】 DNA酶I超敏感位点 ； 染色质开放性 ；
- 概要：
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【学位论文】 作者：宁倩倩 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物工程（硕士） 2013年
【摘要】 脊椎动物的出现伴随着miRNA家族的大量增加。MicroRNA能与大部分的转录本结合，因此对于这个系统的研究是非常有意义的。然而涉及到miRNA基因的起源和随后的进化过程的进化的问题并不清楚。为了系统的理解miRNA基因的进化与其功能之间的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：董潇 导师：李亦学 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2013年
【摘要】 近几年来全基因组关联分析成为在组学水平研究人类疾病或其他表型遗传的重要方法，本文中论述的第一个部分就是其在中国汉族人群二型糖尿病遗传研究中的应用，在本研究中发现了两个二型糖尿病相关位点，分别位于基因GRK5和RASGRP1上。尽管全基因组关...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：钟庭艳 导师：李亦学 中国科学院研究生院 中国科学院大学 药学 生物技术与医药（硕士） 2012年
【摘要】 全基因组关联分析(GWAS)是当下研究复杂疾病最重要也最有效的一种方法。在典型的全基因组关联分析研究中，常利用高密度覆盖整个基因组的SNP做为遗传标记，基于LD的疾病与遗传标记之间的连锁信息，这种方法能够找到潜在的新的疾病相关基因。因此，准...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：牛申 导师：李亦学 中国科学院研究生院 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2012年
【摘要】 蛋白质翻译后修饰(PTMs)是对蛋白质中的一个或几个氨基酸残基加上修饰基团或通过蛋白质水解剪切改变蛋白质的性质。蛋白质翻译后修饰在生物学过程中发挥重要作用，且和多种疾病相关。目前研究蛋白质翻译后修饰的实验方法主要有突变筛选、蛋白质印记和放射...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：平捷 导师：李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程(生物信息学)（博士） 2012年
【摘要】 高通量测序技术对于生物学研究来说是一次飞跃性的提高，它对于传统医学和疾病研究而言更是一次革命性的改变，特别是对未来个性化医疗的普及和发展起着非常关键的作用。本文从多个方面对高通量测序技术进行了介绍，通过比较高通量测序技术与其它技术在组织表达...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：袁力赟 导师：李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程（博士） 2012年
【摘要】 肿瘤、代谢疾病、心脑血管疾病等绝大多数复杂性疾病的的流行和发展不仅给人类带来了漫长的痛苦和折磨，也给世界各国带来了沉重的负担，广泛且深入地研究复杂疾病的发病机理成为现下最迫切的医学难题。然而复杂疾病的诊断与研究与传统的单基因遗传疾病不同，需...
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