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【学位论文】 作者：张梦欢 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物学（博士） 2016年
【摘要】 蛋白质功能网络是高通量数据分析中不可或缺的环节。其中的信号传导网络在生物医学研究中以其重要的功能意义而受到许多关注。激酶开关引起的蛋白质磷酸化修饰的动态改变是信号传导网络中关键的调控因素。磷酸化介导的激酶与底物之间的调控已经受到广泛研究。但...
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【学位论文】 作者：张青 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物工程（硕士） 2016年
【摘要】
蛋白质组学研究的目的在于完整的对生物体内表达的蛋白质进行定性和定量分析，质谱由于其灵敏度、准确性，使其成为蛋白质组学研究中的核心技术平台。
数据非依赖型采集模式，是针对传统的质谱采集模式的弱点所开发的新方法，由于其对于母离子的选择...
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【学位论文】 作者：王珺霞 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物学（硕士） 2015年
【摘要】 细胞色素P450（Cytochrome P450，CYP）酶几乎存在于所有的物种中，它们从共同的祖先通过基因倍增的方式进化而来，以一种“爆炸性”的趋势形成了现如今庞大的超家族，存在进化多样性。作为一种亚铁血红素蛋白酶，其反应过程类似于单加氧...
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【学位论文】 作者：丛珊 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物工程（硕士） 2015年
【摘要】 花生四烯酸是人体内含量最多的不饱和脂肪酸，也是人体内多种重要生物活性物质的前体，比如前列腺素、血栓烷、白细胞三烯、脂氧素以及环氧二十碳三烯等。这些花生四烯酸代谢物对于人体内脂类蛋白的代谢、血液流变学、血管弹性、白细胞功能和血小板激活等具有重...
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【学位论文】 作者：孙博 导师：李亦学 谢鹭 上海交通大学 生物学 生物学（硕士） 2015年
【摘要】 蛋白质翻译后修饰在蛋白质执行功能过程中起到重要的信息传递作用。非同义单核苷酸变异可能对蛋白质翻译后修饰产生影响。本研究对非同义突变数据及蛋白质翻译后修饰进行了一系列特征提取、关联分析；并结合突变与翻译后修饰在不同疾病中的分布，进行了结构和功...
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【学位论文】 作者：卢星宇 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物信息学（硕士） 2015年
【摘要】 近年来，得益于癌症基因组测序和相关分析技术的快速发展，越来越多的癌症相关基因特征被发现，比如驱动基因和乘客基因、原癌基因和抑癌基因。然而，现有的基于群体统计学的分析方法，不仅需要耗费巨大的人力物力，而且忽略了癌症个体间的异质性，也无法区分不...
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【学位论文】 作者：王印 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物学（博士） 2014年
【摘要】 在后基因组时代，处理各个层次的生物数据，是当前生物信息学发展的重要任务。在海量数据中学习并选择有效的信息，来鉴别及分析一系列特定疾病的分子特征与规律，对于疾病的诊断与预后至关重要。更加关键的，从系统生物学的角度去研究疾病的分子机理，建立定量...
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【学位论文】 作者：郑露露 导师：周艳红 李亦学 华中科技大学 生物学 生物信息技术（博士） 2014年
【摘要】 在病原微生物持续危害公众健康与生命的今天，及时有效的检测将显著提高人类监控应对此类风险的能力。当前，微生物检测仍以PCR技术为基础，因此敏感而又特异的PCR引物，将是检测成功与否的关键。本论文基于公共数据库中广泛存在的核酸序列片段，针对常见...
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【学位论文】 作者：俞书浩 导师：李亦学 上海交通大学 生物学 生物学（博士） 2013年
【摘要】 药物研发是一个需要涉及到数学、化学、生物学、计算机科学等各个专业领域的综合过程。新药研发中的关键一环是找到药物的作用靶点和作用机理，人类基因组草图绘制完成后，人们普遍认为，利用大规模高通量的组学技术和生物信息学技术，药物机理的发现会呈现一个...
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【学位论文】 作者：崔鹏 导师：李亦学 谢鹭 上海交通大学 生物学 生物信息学（硕士） 2013年
【摘要】 DNA酶I超敏感位点是对于DNA酶I的水解异常敏感的染色质区域,这些区域大多位于有活性的基因和顺式调节元件上。传统上,这些区域被认为是开放染色质,而且对于很多重要的生物学活动,比如基因转录, DNA复制,细胞分化等,都有很重要的生物学作用。...
【关键词】 DNA酶I超敏感位点 ； 染色质开放性 ；
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【学位论文】 作者：平捷 导师：李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程(生物信息学)（博士） 2012年
【摘要】 高通量测序技术对于生物学研究来说是一次飞跃性的提高，它对于传统医学和疾病研究而言更是一次革命性的改变，特别是对未来个性化医疗的普及和发展起着非常关键的作用。本文从多个方面对高通量测序技术进行了介绍，通过比较高通量测序技术与其它技术在组织表达...
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【学位论文】 作者：袁力赟 导师：李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程（博士） 2012年
【摘要】 肿瘤、代谢疾病、心脑血管疾病等绝大多数复杂性疾病的的流行和发展不仅给人类带来了漫长的痛苦和折磨，也给世界各国带来了沉重的负担，广泛且深入地研究复杂疾病的发病机理成为现下最迫切的医学难题。然而复杂疾病的诊断与研究与传统的单基因遗传疾病不同，需...
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【学位论文】 作者：王亚俊 导师：李亦学 邵志峰 上海交通大学 生物学 生物化学与分子生物学（博士） 2012年
【摘要】 全基因组研究是分析细菌的遗传特性、菌株的亲缘关系和毒性特征的重要方法。本文主要基于屎肠球菌基因组信息，来系统的分析其相关特性。屎肠球菌在自然界通常扮演两种角色，共生于人肠道的细菌及重要的医院病原菌，后者常伴随有多种抗生素耐药性。然而，分离于...
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【学位论文】 作者：许涛 导师：李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程（硕士） 2011年
【摘要】 微生物是自然界中一大类生物的总称，它们通常是单细胞或多细胞聚集生活。它们的活动广泛而密切地与人类生活关联着。通过寄生或共生的方式，微生物给人类带来了有益或者有害的影响。肠道微生物在人体营养物质的摄取、免疫以及药物代谢等方面起非常重要的作用。...
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【学位论文】 作者：张涛 导师：李亦学 魏冬青 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程（博士） 2011年
【摘要】 细胞色素P450酶家族是人体中重要的一类单氧化酶，在体内发挥着许多功能，特别在药物代谢过程中具有重要作用，是人体内主要的药物代谢酶。同时此类酶的另一特性是在基因水平上具有广泛的遗传多样性，可以引起不同个体之间药物代谢能力的明显差异。因此对于...
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【学位论文】 作者：余中皓 导师：李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程（硕士） 2009年
【摘要】 随着人类基因组测序工作的完成，以及越来越多的原核及真核生物的全基因组序列数据的累积，对基因组的研究已经步入了后基因组（post-genomics）时代，在后基因组时代，基因组研究的重心将转向基因功能（functional genomics）...
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【学位论文】 作者：盛嘉 导师：李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程（硕士） 2009年
【摘要】 我国是肝炎发病大国，乙肝病毒携带者占总人数的10％左右，每年新发病人约900万人。根据中国乙肝防治计划，乙肝病人治疗应首选抗病毒治疗，但随着抗病毒药物治疗的广泛开展，病毒变异和耐药株正在不断出现，对一个药物的耐药甚至可引起多种药物的交叉耐药...
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【学位论文】 作者：赵静 导师：骆建华 李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程（博士） 2008年
【摘要】 细胞代谢是维持生命所必不可少的过程。在代谢过程中，通过特定的生物化学反应，一些物质被分解，从而为基本的生命过程提供能量，同时合成另一些生命所必需的物质。发生在某物种的活细胞内所有代谢反应构成了此物种的代谢网络。尽管在不同的物种中有大量的代谢...
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【学位论文】 作者：颜兴起 导师：袁建刚 李亦学 北京协和医学院;中国医学科学院 清华大学医学部 生物学 生物化学与分子生物学（博士） 2008年
【摘要】 miRNA(microRNA)是一类重要的非编码RNA，通过在转录后水平上抑制靶基因的mRNA翻译或降解靶基因mRNA来发挥作用。根据miRBase数据库，到目前为止，已经发现了678个人类的microRNA基因，并且有证据表明在人类中尚有...
【关键词】 MicroRNA基因 ； 生物信息学 ；
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【学位论文】 作者：王峰 导师：李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程（硕士） 2007年
【摘要】 Affymetrix 基因芯片在生物研究中的广泛应用已经使其探针集注释成为一个关键问题。标准的探针集注释是以基因为中心，也就是将探针集与特定的基因关联起来，而且探针集的表达谱最终会被翻译成基因表达谱。不断增加的基因序列信息使人们发现了更多的...
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【学位论文】 作者：王卓 导师：陈亚珠 李亦学 上海交通大学 生物医学工程 生物医学工程（博士） 2006年
【摘要】 叶绿体是植物进行光合作用的细胞器,“内共生学说”认为叶绿体起源于蓝藻类的原核生物。在漫长的进化过程中,蓝藻类的原核生物被原始的真核细胞吞噬入胞内,与宿主细胞长期共生,逐渐演化为叶绿体。 虽然由于失去或向核内转移一些基因而与蓝藻形成...
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【学位论文】 作者：俞晓晶 导师：李亦学 中国科学院上海生命科学研究院 生物学 生物信息学（博士） 2006年
【摘要】 运用计算手段对蛋白质功能进行分类预测是当前生物信息学的研究热点之一，本文针对包含蛋白质功能信息的两大载体：蛋白质序列和生物医学文献，运用机器学习和自然语言处理技术进行挖掘分析。 在蛋白质序列分析方面，采用了经典氨基酸组成、基于氨基...
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【学位论文】 作者：方焯 导师：骆清铭 李亦学 华中科技大学 生物医学工程 生物医学工程（博士） 2006年
【摘要】 20世纪的最后十年中，一项重大的生物学技术问世，这就是生物芯片技术。生物芯片技术能同时并行地检测大量基因的表达水平，从而提供了研究蛋白质合成的高通量手段。现在生物芯片实验一般都在各物种全基因组水平上进行，由此产生的海量数据给芯片表达谱数据分...
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【学位论文】 作者：罗若愚 导师：骆清铭 李亦学 华中科技大学 生物医学工程 生物医学工程（博士） 2006年
【摘要】 家族性肥大型心肌病是一种由于基因突变引发的猝死率很高的心脏疾病，采用系统生物学的观点和方法对其进行研究，探讨其机理是十分重要的。系统生物学兴起于上世纪90年代末，作为生命科学的一个重要新兴学科分支，系统生物学承担了生命科学承前启后的重要任务...
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【学位论文】 作者：张升蓉 导师：李亦学 华中科技大学 生物医学工程 生物医学工程（硕士） 2006年
【摘要】 随着系统生物学的兴起，流平衡分析方法在发展以来的代谢网络模拟方法中表现出了明显的优势，它是在整合所有网络信息的基础上从系统的水平上来全面考察生物体，特别是它具有不依赖于生化反应的信息详细的优点。目前代谢网络的模拟都是在单机上执行的，然而代谢...
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【学位论文】 作者：孙景春 导师：徐晋麟 李亦学 上海交通大学 生物学 生物化学与分子生物学（博士） 2005年
【摘要】 随着人类基因组测序工作的初步完成，基因组学(genomics)的研究重点逐渐测序基因组学转向功能基因组学(functionalgenomics)。作为功能基因组学的重要研究领域之一的蛋白质组学(proteomics)已成为当今生命科学研究的...
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