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【中文期刊】 刘哲 李凤敏  《生物信息学》 2024年22卷2期 140-147页 ISTIC

【摘要】 转录作为遗传信息传递的第一步,会受到多种转录因子的调控.转录因子(Transcription Factors,TF),是指能够在基因上游的特异核苷酸位点结合从而影响转录过程的蛋白质因子,锌指蛋白是数量最多的一类转录因子.由于锌指基序大多是不...

【关键词】 转录因子； 锌指蛋白； 特征信息；

【中文期刊】 苏文霞 吕晓桂  等 《生物信息学》 2024年22卷2期 134-139页 ISTIC

【摘要】 选用人类胚胎干细胞系和由人类胚胎干细胞系分化来的神经干细胞系为研究对象,分析组蛋白修饰对胚胎干细胞分化过程的调控作用.得到了两种细胞系差异表达基因转录起始位点侧翼区域内八种组蛋白修饰的分布模式,以及组蛋白修饰功能簇.研究表明在两类细胞系中,...

【关键词】 胚胎干细胞； 神经干细胞； 分化；

【中文期刊】 闫婷 李凤敏  《生物信息学》 2023年21卷1期 45-50页 ISTIC

【摘要】 研究表明,许多神经退行性疾病都与蛋白质在高尔基体中的定位有关,因此,正确识别亚高尔基体蛋白质对相关疾病药物的研制有一定帮助,本文建立了两类亚高尔基体蛋白质数据集,提取了氨基酸组分信息、联合三联体信息、平均化学位移、基因本体注释信息等特征信息...

【关键词】 亚高尔基体； 蛋白质； 氨基酸组分；

【中文期刊】 张琦菓 刘国庆  《生物信息学》 2023年21卷3期 195-205页 ISTIC

【摘要】 减数分裂重组通过基因转变、碱基替换等方式影响基因组进化.紧邻碱基对突变偏好性有很强的影响,但该"紧邻碱基效应"如何随重组率变化有待深入研究.本文提出基于条件互信息(Conditional mutual information)量化突变对紧邻...

【关键词】 减数分裂重组； 突变对紧邻碱基的依赖性； 条件互信息；

【中文期刊】 陈伟 罗辽复  等 《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷8期 1035-1040页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 根据核小体定位序列和缺失序列的碱基分布特征,应用多样性增量二次判别方法(IDQD)构建模犁对这两类序列进行了区分,受试者操作特性曲线下的面积达到了0.958.应用这一模型研究了核小体在人类基因组剪接位点(GT/AG)邻近序列中的分布方式,发...

【关键词】 多样性增量二次判别方法； 核小体定位； 剪接位点；

【中文期刊】 孙汉昌 李栋  等 《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷12期 1613-1616页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmorger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络...

【关键词】 系统生物学； 生物学通路； 蛋白质；

【中文期刊】 左永春 李前忠  《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷7期 863-871页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 分析启动子区域内调控元件是阐明基因转录起始机制的重要前提.利用从PlanPromDB数据库下载的植物Pol-ⅡTATA和TATA-less启动子数据,深入分析了两类启动子GC偏好、位点结构保守性、序列碱基组分、保守模体分布、TATA box...

【关键词】 植物Pol-Ⅱ启动子； 序列组成偏好特征； TATA和TATA-less启动子；

【中文期刊】 吴一波 伯晓晨  等 《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷8期 1025-1034页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 随着16 SrRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能.现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求.很多组特...

【关键词】 16SrRNA； 基因芯片； 组特异性探针；

【中文期刊】 张利绒 罗辽复  等 《生物化学与生物物理进展》 2008年35卷10期 1188-1194页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 根据剪接位点的核酸序列保守特征,以及邻近位点的碱基组成和关联特性,结合一对可变剪接位点之问的距离参数和受体端剪接位点前30位碱基的GC和TC含量,利用结合多样性指标的二次判别方法(IDQD),预测了人类基因组中可变和组成性内含子的供体端和受...

【关键词】 可变剪接； 组成性剪接； 二次判别方法；

【中文期刊】 胡钢清 刘永初  等 《生物化学与生物物理进展》 2008年35卷11期 1254-1262页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 翻译起始位点(TIS,即基因5′端)的精确定位是原核生物基因预测的一个关键问题,而基因组GC含量和翻译起始机制的多样性是影响当前TIS预测水平的重要因素.结合基因组结构的复杂信息(包括GC含量、TIS邻近序列及上游调控信号、序列编码潜能、操...

【关键词】 原核生物； 基因预测； 翻译起始位点；