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【中文期刊】 王静 封洲燕 《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷5期 641-647页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 大脑神经元胞外单细胞动作电位(即锋电位)的检测和分类是提取神经元脉冲序列、研究神经系统信息处理机制的关键.为了提高锋电位的检出率和分类的正确性,设计了一种处理多通道锋电位记录信号的算法,用于分析微电极阵列记录的大鼠海马神经元锋电位信号,电极...
【中文期刊】 赵英杰 王正志 《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷9期 1222-1228页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 多序列比对是计算分子生物学的经典问题,也是许多生物学研究的重要基础步骤.RNA作为生物大分子的一种,不同于蛋白质和DNA,其二级结构在进化过程中比初级序列更保守,因此要求在RNA序列比对中不仅要考虑序列信息,更要着重考虑二级结构信息.提出了...
【中文期刊】 吴一波 伯晓晨 等 《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷8期 1025-1034页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 随着16 SrRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能.现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求.很多组特...
【中文期刊】 陈翔 卜东波 等 《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷1期 115-121页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 RNA的二级结构预测是生物信息学中一个已经有30多年历史的经典问题,基于最小自由能模型(MFE)的优化算法是使用最为广泛的方法.但RNA结构中假结的存在使MFE问题理论上成为一个NP-bard问题,即使采用动态规划等优化算法也会面临时间复杂...
【中文期刊】 邱浪波 王广云 等 《生物化学与生物物理进展》 2006年33卷6期 556-561页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 多芯片对比实验中,由于多方面的变异因素,使得芯片间存在明显的系统偏移.因此,芯片表达谱数据的校正处理是关键的数据预处理步骤.当前,已经提出了很多校正算法,比如:比例常数校正、非线性校正、分位数校正等.提出了一种新的校正算法.在选择的最小秩差...
【关键词】 高密度寡聚核苷酸芯片； 系统偏移； 校正；
【中文期刊】 吕军 罗辽复 等 《生物化学与生物物理进展》 2006年33卷11期 1044-1050页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 通过对TRANSFAC数据库中转录因子结合位点(TFBS)所包含核苷k联体(k-mer)在人类和小鼠基因组启动子区中分布的比较分析,提出一种在人类全基因组启动子区搜索转录调节k-mer模体(transcription regulatory ...
【关键词】 转录调节模体； 非联配途径； 基于距离的保守k-mer搜索算法；
【中文期刊】 吕军 罗辽复 《生物化学与生物物理进展》 2005年32卷12期 1185-1191页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 依据基因启动子区和非启动子区碱基分布的特征,应用基于多样性增量的二次判别分析(IDQD),对人类polⅡ启动子进行识别,识别精度达到90%以上的水平,优于其他已发表的(包括SVM分类器等)识别算法.使用IDQD算法也能对转录起始位点(TSS...
【中文期刊】 冯秀程 钱敏平 等 《生物化学与生物物理进展》 2004年31卷5期 455-458页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 新近的基因识别软件比先前的软件有着显著的提高,但是在外显子水平上的敏感性和特异性仍然不十分令人满意.这是因为已有软件对于剪接位点,翻译起始等生物信号位点的识别还不够有效.如果能够分别提高这些生物信号位点的识别效果,就能够提高整体的基因识别效...
【关键词】 隐半马氏模型； 剪接； 真核生物基因结构预测；
【中文期刊】 屠康 喻辉 等 《生物化学与生物物理进展》 2004年31卷8期 705-711页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 针对基因功能分类体系Gene Ontology的层次结构特点,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发"挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合"软件(RuleGO).RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入,输出...
【中文期刊】 张凤月 殷志祥 等 《生物化学与生物物理进展》 2003年30卷3期 412-415页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 生物芯片技术和DNA计算分别是近年来生命科学与信息科学的新兴研究领域,对信息高度并行的获取与处理是二者的本质特性.而0-1规划问题作为运筹学中一个重要的问题,到目前为止还没有好的算法.在DNA计算和DNA芯片基础上,提出了基于DNA芯片解决...
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