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【中文期刊】 何红秋 胡建平  等 《生物化学与生物物理进展》 2009年36卷9期 1146-1153页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 氢键的数量增加,与水之间作用加强,以上变化使INc溶解性提高.分子动力学模拟与实验结果相吻合.为理解蛋白质溶解性和对蛋白质进行可溶性改造提供了一定的理论依据.

【关键词】 HIV-1整合酶； 活性； 溶解性；

【中文期刊】 朱振泰 孙命  等 《生物化学与生物物理进展》 2007年34卷6期 585-594页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 多肽和蛋白质中Xaa-Pro片段肽脯酰胺键顺反异构对其构象与功能有重要影响.设计合成了一系列模型多肽及其磷酸化多肽,并采用核磁共振实验和分子动力学模拟的方法,研究了所合成多肽中肽脯酰胺键的顺反异构化.结果表明,对脯氨酸之前的Xaa残基进行

【关键词】 肽脯酰胺键； 异构化； 磷酸化；

【中文期刊】 陈香 柳树群  等 《生物化学与生物物理进展》 2006年33卷9期 861-868页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 β2肾上腺素受体(β2 adrenergic receptor,β2 AR)是G蛋白耦联受体(G protein coupled receptors,GPCRs)超家族中的一员,也是研究治疗哮喘的关键药物受体靶标.采用进化踪迹(

【关键词】 肾上腺素受体； 组成性活性； 进化踪迹方法；

【中文期刊】 范垚 王进  等 《生物化学与生物物理进展》 2001年28卷1期 86-89页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 通过将凝血酶抑制剂水蛭素的C端20肽片段嫁接到血小板结合蛋白AnnexinV上，可以期望获得既具有抗凝血活性，同时又具有导向性的新型工程蛋白质分子.利用计算机辅助分子设计手段模拟了该融合蛋白的分子结构，并对该融合蛋白对凝血酶的抑制作用进行

【关键词】 融合蛋白； 分子动力学模拟； 凝血酶；

【中文期刊】 徐亦奇 吴彦霖  等 《中国新药杂志》 2018年27卷21期 2564-2571页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的:利用分子动力学(molecular dynamic,MD)模拟方法研究三氯叔丁醇对缩宫素在水溶液中分布行为的影响.方法:以Schrsdinger软件构建不同数量缩宫素和三氯叔丁醇与7 500个水分子的5个体系,以AMBERTOOL

【关键词】 缩宫素； 三氯叔丁醇； 分子动力学模拟；

【中文期刊】 蔡棣 田浤  等 《中国药科大学学报》 2017年48卷2期 227-232页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 建立含有L-对硝基苯丙氨酸(p-nitro-L-phenylalanine,pNO2Phe)蛋白的分子动力学模拟方法,分析了含有pNO2Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系,为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学模拟研究提供参考.使用

【关键词】 纳米分子动力学(NAMD)； 可视化分子动力学(VMD)； 分子动力学模似；

【中文期刊】 朱玉珍 张庆文  《中国组织工程研究》 2017年21卷20期 3224-3233页 ISTICPKUCA

【摘要】 背景:神经元钙传感蛋白的生理功能及其发挥、结构折叠与解折叠的研究多采用实验方法进行研究,并提出蛋白可能的作用机制模型及维持结构稳定的可能因素,但实验手段受到时间和空间分辨的局限以及蛋白结构的复杂性,研究受到一定的限制,导致实验中提出的很多

【关键词】 组织构建； 组织工程； 神经元钙传感蛋白；

【中文期刊】 杜文义 胡建平  等 《中国药科大学学报》 2016年47卷5期 551-559页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用AutoDock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的

【关键词】 羟基异吲哚酮类衍生物； 分子对接； 分子动力学模拟；

【中文期刊】 杜文义 胡建平  等 《中国抗生素杂志》 2016年41卷3期 200-211页 ISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 目的 研究二酮酸类化合物(diketoacids,DKAs)与HIV-1整合酶(integrase,IN)的分子识别机制和二者复合物的构象变化,为预测同类化合物抑制活性提供理论支持.方法 使用AutoDock程序包将10个二酮酸类化合物与

【关键词】 二酮酸类； HIV-1整合酶； 分子对接；

【中文期刊】 李红 刘文平  等 《医用生物力学》 2015年30卷5期 433-439页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 探究血管性血友病因子(von Willebrand factor,VWF)突变体G561S下调VWF-A1与其配体亲和力的分子机制.方法 分别构建2M型突变体G561S-A1(功能减弱型)、WT-A1(野生型)和2B型突变体R543

【关键词】 血管性血友病因子； 亲和力； 分子动力学；