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【中文期刊】 林昊 杨科利 《生物信息学》 2009年7卷2期 117-119,127页ISTIC
【摘要】 通过选取人类启动子与非启动子序列中不同的k-mer作为预测算法的基础特征,分别以三个区域(-249～-1;0～+50;-30～+30)的6-mer频数作为离散源参数构建离散增量,同时选取24个位点(-31～-21;-4～+2;+25～+29...
- 概要：
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【中文期刊】 杨科利 许强 《生命科学研究》 2009年13卷5期 403-407页ISTICCA
【摘要】 基于已知的人类Pol Ⅱ启动子序列数据,综合选取启动子序列内容和序列信号特征,构建启动子的支持向量机分类器.分别以启动子序列的6-mer频数作为离散源参数构建序列内容特征,同时选取24个位点的3-mer频数作为序列信号特征构建PWM,将所得...
【关键词】 启动子；离散增量；位置权重矩阵(PWM)；
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- 方法：
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【中文期刊】 杨科利 许强 《生物技术》 2008年18卷2期 39-42页ISTICCA
【摘要】 目的:改进真核生物启动子的理论预测方法.方法:基于启动子序列的信号特征和内容特征,构建6个标准离散源,计算每条序列相对于标准离散源的离散增量;构建信号特征的启动子位置权重矩阵,计算其对应位置的位置权重打分函数,将所得到的两类参数输入支持向量...
【关键词】 启动子；位置权重矩阵(PWM)；支持向量机；
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【中文期刊】 杨科利 许强 《生命科学研究》 2008年12卷2期 115-120页ISTICCA
【摘要】 基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cro...
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性；
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【中文期刊】 杨科利 李前忠 等 《生物技术》 2007年17卷1期 14-17页ISTICCA
【摘要】 目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法.方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测.结果:利用self-consi...
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性；
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【中文期刊】 杨科利 李前忠 等 《生物信息学》 2007年5卷3期 117-120页ISTIC
【摘要】 基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation...
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性；
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【中文期刊】 陈颖丽 李前忠 等 《生物物理学报》 2007年23卷3期 192-198页MEDLINEISTICCA
【摘要】 根据凋亡蛋白的亚细胞位置主要决定于它的氨基酸序列这一观点,基于局部氨基酸序列的n肽组分和序列的亲疏水性分布信息,采用离散增量结合支持向量机(ID_SVM)算法,对六类细胞凋亡蛋白的亚细胞位置进行预测.结果表明,在Re-substitutio...
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【学位论文】 作者：杨科利 导师：李前忠 内蒙古大学 生物学 生物物理学（硕士） 2007年
【摘要】 基因转录调控一直是生物信息学研究的一个重要内容，转录因子结合位点和启动子的识别是研究基因转录调控的重要环节，是构建基因调控网络的一个核心问题。本文基于已知的转录因子结合位点和启动子序列数据，从序列信息出发，提出了整合位点保守型参量和位置权重...
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【会议论文】杨科利 第十次中国生物物理学术大会 2006年
【摘要】 通过对五种实验验证的酵母转录因子结合位点序列的单碱基保守性的统计分析,以单碱基位点保守性为参数(图1),提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法.为了尽可能的减少预测出来的假阳性(FP)结合位点序列,将已知的转录因子结合位点序列...
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