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【中文期刊】 赵言龙 郑浩然  《中国医学物理学杂志》 2023年40卷11期 1433-1440页 ISTICCSCD

【摘要】 提出一种基于代谢分析的抑制SARS-CoV-2复制的药物靶点预测方法.使用5组基因表达综合数据库(GEO)的人类肺部组织细胞的转录组学数据,提取出SARS-CoV-2入侵宿主细胞后显著高表达的基因,进而重构出病毒入侵肺部组织细胞后的代谢网络...

【关键词】 SARS-CoV-2； 药物靶点； 代谢网络模型；

【中文期刊】 刘立明 刘婷  等 《生物加工过程》 2012年10卷6期 70-77页 ISTICCABP

【摘要】 工业微生物是微生物制造的核心,而微生物制造过程中微生物的生产性能是提高微生物制造过程效率的关键.结合基于约束条件的优化算法的基因组规模代谢网络模型是全局规模上认识、调控和优化工业微生物生理功能的重要平台.本文在简述基因组规模代谢网络模型构建...

【关键词】 基因组规模代谢网络模型； 基于约束的算法； 工业微生物；

【中文期刊】 张成燕 郜培  等 《食品与生物技术学报》 2005年24卷4期 31-37,41页

【摘要】 在好氧型的谷氨酸发酵实验中发现,溶解氧(DO)对发酵性能有很大的影响,谷氨酸的生成方式也因此有很大不同:较低的DO水平能够延长产酸期、提高谷氨酸的最终浓度,但是代谢副产物--乳酸也有较大程度的积蓄;而DO水平过高,虽然代谢副产物不会生成积蓄...

【关键词】 代谢网络； 谷氨酸发酵； 数学模型；

【中文期刊】 赵欣 杨雪  等 《生物工程学报》 2019年35卷10期 1914-1924页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 基因组尺度代谢网络模型已经成功地应用于指导代谢工程改造,但由于传统通量平衡分析法仅考虑化学计量学和反应方向约束,模拟得到的是理论最优结果,对一些现象如代谢溢流、底物层级利用等无法准确描述.近年来人们通过在代谢网络模型中引入新的蛋白量、热力学...

【关键词】 酶约束； 代谢网络模型； 代谢工程；

【中文期刊】 叶超 徐楠  等 《生物工程学报》 2019年35卷10期 1901-1913页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 为了快速、高效地理解工业微生物胞内代谢特征,寻找潜在的代谢工程改造靶点,基因组规模代谢网络模型(GSMM)作为一种系统生物学工具越来越受到人们的关注.文中在回顾GSMM 20年发展历程的基础上,分析了当前GSMM的研究现状,总结了GSMM的...

【关键词】 微生物胞内代谢； 生产性能； 基因组规模代谢网络模型；

【中文期刊】 周冒达 邹伟  等 《微生物学报》 2012年52卷4期 457-465页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 [目的]通过挖掘实验性文献,建立巨大芽胞杆菌事实型代谢网络模型,以详尽解析生理特性,优化其生理功能.[方法]从PubMed、Derwent Innovations Index、中国知网等公共文献(专利)数据库中获取与巨大芽胞杆菌(Bacil...

【关键词】 巨大芽胞杆菌； 文献挖掘； 代谢网络模型；

【中文期刊】 毕浩然 张洋  等 《化工学报》 2023年74卷1期 1-13页

【摘要】 微生物制造利用生物质和二氧化碳等可再生原料进行化学品的绿色生产,显示出了巨大的二氧化碳减排潜力,是促进实现"碳中和"目标的重要途径,其核心内容之一是高效微生物细胞工厂的设计与构建.综述了基于基因组规模代谢网络模型的代谢流分析和代谢途径预测研...

【关键词】 微生物制造； 代谢网络模型； 基因组编辑；

【中文期刊】 冯昌奇 郑浩然  《北京生物医学工程》 2022年41卷4期 331-337页 ISTIC

【摘要】 目的 不同类型的癌症之间,甚至是同一癌症类型的不同患者个体之间,在代谢重编程的精确表现上都具有异质性,因此导致相同的药物在不同的癌症患者体内会产生不同的结果,以致于很难找到一种通用的治疗方案.为了探究癌症的这种异质性,本文提出了一种分析癌症...

【关键词】 癌症代谢； 代谢网络模型； 个性化；

【中文期刊】 张彦位 杨玲  等 《食品工业科技》 2022年43卷15期 444-450页

【摘要】 乳酸菌在自然界中广泛存在,具有丰富的物种多样性,在食品、饲料和医药等领域广泛应用,目前市场上绝大多数的益生菌都是乳酸菌.近年来,全基因组测序技术蓬勃发展,大大促进了乳酸菌资源的开发与应用.基于乳酸菌的全基因组信息可以系统且全面地了解菌株的代...

【关键词】 乳酸菌； 基因组学； 安全性；

【中文期刊】 艾连中 侯成杰  《食品科学技术学报》 2021年39卷3期 1-10页

【摘要】 基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域.微生物基因组代谢网络模型是基于...

【关键词】 基因组代谢网络模型； 乳酸菌； 代谢规律；