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【中文期刊】 张光亚 李红春 等 《生物工程学报》 2008年24卷8期 1439-1445页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 从序列出发快速确定氧化还原酶的辅酶依赖类型对于了解其结构和功能、催化机制及构建辅酶再生体系具有重要指导作用.对Chou提出的伪氨基酸组成方法进行了修正并用于提取氧化还原酶序列特征值,采用k-近邻算法预测其辅酶依赖类型.当L=48,w=0.1...
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【中文期刊】 张光亚 李红春 等 《生物工程学报》 2008年24卷11期 1968-1974页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 从序列出发预测某蛋白质是否为脂肪酶以及属于哪种脂肪酶具有重要的理论和应用价值.提出了基于Z标度和T标度的伪氨基酸组成方法提取序列特征值,采用了k-近邻算法回答上述问题.经参数选择后,三种方法在各自最优运行参数下,其1倍交叉验证的结果为:对脂...
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【中文期刊】 胡睿 史小红 等 《生物信息学》 2013年11卷2期 86-90页ISTIC
【摘要】 蛋白质折叠速率的正确预测对理解蛋白质的折叠机理非常重要.本文从伪氨基酸组成的方法出发,提出利用序列疏水值震荡的方法来提取蛋白质氨基酸的序列顺序信息,建立线性回归模进行折叠速率预测.该方法不需要蛋白质的任何二级结构、三级结构信息或结构类信息,...
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【中文期刊】 张同亮 丁永生 等 《生物物理学报》 2008年24卷3期 239-244页MEDLINEISTICCA
【摘要】 了解真核细胞中细胞核内蛋白质的定位情况对于新发现蛋白质的功能注释具有重要意义.随着蛋白质数据库中蛋白质序列数量的急速增加,采用计算方法来预测蛋白质亚核定位已经成为蛋白质科学领域研究的热点.根据Chou提出的伪氨基酸组成离散模型,提出了一种新...
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【中文期刊】 杨会芳 程咏梅 等 《生物物理学报》 2008年24卷3期 232-238页MEDLINEISTICCA
【摘要】 蛋白质的亚细胞定位与蛋白质的功能密切相关,其定位预测有助于人们了解蛋白质功能.文章提出一种分段伪氨基酸组成成分特征提取方法,采用支持向量机算法对Chou构建的两个蛋白质亚细胞定位数据集(C2129,CS2423)进行了分类研究,并采用总分类...
【关键词】 分段伪氨基酸组成成分；支持向量机；特征提取；
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【中文期刊】 姜小莹 朱俊东 等 《生物物理学报》 2008年24卷1期 43-48页MEDLINEISTICCA
【摘要】 蛋白质结构类预测是生物信息和蛋白质科学中重要的研究领域.基于Chou提出的伪氨基酸离散模型框架,从蛋白质序列出发,设计一种新的伪氨基酸组成方法表示蛋白质序列样本.抽取氨基酸组合(10-D)在序列中出现的频率和疏水氨基酸模式(6-D)表示蛋白...
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【中文期刊】 郭建秀 饶妮妮 等 《生物化学与生物物理进展》 2010年37卷12期 1331-1338页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一.近年来,许多科研工作者开展了大量的研究工作来探索折叠速率的决定因素,许多参数和方法被相继提出.但氨基酸残基间的相互作用、氨基酸的序列顺序等信息对折叠速率的影响从未被提及.采用伪氨基酸组...
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【中文期刊】 顾全 丁永生 等 《生物医学工程学杂志》 2010年27卷3期 500-504页MEDLINEISTICPKUCA
【摘要】 G蛋白偶联受体(GPCRs)是人体内最大的蛋白质受体家族,在制药业中起到很大作用.G蛋白偶联受体的功能和其超家族、子家族的分类密切相关,然而目前其空间结构却很难用实验方法获得.因此,如何用计算的方法预测G蛋白偶联受体的家族和超家族是生物信息...
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【学位论文】 作者：查永亮 导师：张燕平 安徽大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2015年
【摘要】 人类基因组计划的顺利完成，新的高效的实验技术的广泛应用，产生了海量的基因序列信息，生命科学方面的研究也正式步入了后基因组时代。蛋白质参与到生命活动的方方面面，蛋白质研究方面主要着重基于蛋白质的序列来分析蛋白质的结构和功能。蛋白质的结构与其功...
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【学位论文】 作者：许景皓 导师：刘滨 哈尔滨工业大学 计算机科学与技术 计算机科学与技术（硕士） 2014年
【摘要】 随着生物测序技术的研究不断深入，蛋白质序列数据呈爆炸性的增长，然而与之相比，蛋白质功能和结构数据增长缓慢。因此有必要利用蛋白质的一级结构预测蛋白质的功能和结构。本文对蛋白质功能和结构预测领域中的两个重要问题进行了深入的研究，包括DNA结合蛋...
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