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【中文期刊】 杨科利 许强 《生命科学研究》 2009年13卷5期 403-407页ISTICCA
【摘要】 基于已知的人类Pol Ⅱ启动子序列数据,综合选取启动子序列内容和序列信号特征,构建启动子的支持向量机分类器.分别以启动子序列的6-mer频数作为离散源参数构建序列内容特征,同时选取24个位点的3-mer频数作为序列信号特征构建PWM,将所得...
【关键词】 启动子；离散增量；位置权重矩阵(PWM)；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 杨科利 许强 《生物技术》 2008年18卷2期 39-42页ISTICCA
【摘要】 目的:改进真核生物启动子的理论预测方法.方法:基于启动子序列的信号特征和内容特征,构建6个标准离散源,计算每条序列相对于标准离散源的离散增量;构建信号特征的启动子位置权重矩阵,计算其对应位置的位置权重打分函数,将所得到的两类参数输入支持向量...
【关键词】 启动子；位置权重矩阵(PWM)；支持向量机；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨科利 许强 《生命科学研究》 2008年12卷2期 115-120页ISTICCA
【摘要】 基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cro...
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨科利 李前忠 等 《生物技术》 2007年17卷1期 14-17页ISTICCA
【摘要】 目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法.方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测.结果:利用self-consi...
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨科利 李前忠 等 《生物信息学》 2007年5卷3期 117-120页ISTIC
【摘要】 基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation...
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
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