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            【中文期刊】 侯琳  钱敏平  等 《遗传》 2009年31卷4期 365-373页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP

            【摘要】 转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程.确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题.随着高通量实...

            【关键词】 转录因子结合位点生物信息学ChIP-chip

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            【中文期刊】 匡斌  饶妮妮  等 《中国生物医学工程学报》 2008年27卷4期 537-542页ISTICPKUCSCDCA

            【摘要】 当前有许多用于预测模体的算法,但没有一种算法能有效地应用在所有场合.依据位置权重矩阵的模体模型,提出一种改进的吉布斯采样算法来识别模体.该算法有效地克服了吉布斯采样算法的局部收敛性,并且可以直观地控制预测模体的保守度.同时引入了模体库的概念...

            【关键词】 吉布斯采样模体位置权重矩阵

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            【中文期刊】 岁品品  邢旭东  等 《生物信息学》 2016年14卷1期 1-6页ISTIC

            【摘要】 为研究高通量的人类CD4+T细胞的核小体定位模式,使用迭代算法对核小体定位模式进行分类,并利用位置权重矩阵方法分别构建稳定核小体定位序列、动态核小体定位序列和连接区序列模型,通过十倍交叉验证评估模型性能,并与Segal方法与弯曲度方法进行比...

            【关键词】 核小体定位位置权重矩阵基因功能富集分析

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            【中文期刊】 张文燕  武栓虎  等 《生物信息学》 2012年10卷3期 211-216页ISTIC

            【摘要】 基于启动子的以下特点:(1)启动子区域有一些一致序列,但对于不同的启动子,一致序列在个别碱基上会有所改变,具有多样性;(2)一致序列的位置并不固定,总是在某个范围内波动;(3)大部分的真核生物启动子都和CpG岛有关.提出了一个新的启动子预测...

            【关键词】 启动子预测真核生物CpG岛

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            【中文期刊】 杨科利  许强  《生命科学研究》 2009年13卷5期 403-407页ISTICCA

            【摘要】 基于已知的人类Pol Ⅱ启动子序列数据,综合选取启动子序列内容和序列信号特征,构建启动子的支持向量机分类器.分别以启动子序列的6-mer频数作为离散源参数构建序列内容特征,同时选取24个位点的3-mer频数作为序列信号特征构建PWM,将所得...

            【关键词】 启动子离散增量位置权重矩阵(PWM)

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            【中文期刊】 杨科利  许强  《生物技术》 2008年18卷2期 39-42页ISTICCA

            【摘要】 目的:改进真核生物启动子的理论预测方法.方法:基于启动子序列的信号特征和内容特征,构建6个标准离散源,计算每条序列相对于标准离散源的离散增量;构建信号特征的启动子位置权重矩阵,计算其对应位置的位置权重打分函数,将所得到的两类参数输入支持向量...

            【关键词】 启动子位置权重矩阵(PWM)支持向量机

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            【中文期刊】 杨科利  许强  《生命科学研究》 2008年12卷2期 115-120页ISTICCA

            【摘要】 基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cro...

            【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)位置权重矩阵(PWM)碱基保守性

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            【中文期刊】 杨科利  李前忠  等 《生物技术》 2007年17卷1期 14-17页ISTICCA

            【摘要】 目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法.方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测.结果:利用self-consi...

            【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)位置权重矩阵(PWM)碱基保守性

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            【中文期刊】 杜胜军  甄一松  等 《中国分子心脏病学杂志》 2007年7卷3期 129-134页ISTICCA

            【摘要】 在人类基因组上正确识别转录调控信号仍然是分子生物学界面临的重要挑战,目前计算的手段仍然是寻找转录调控元件的主要方法.然而这些方法普遍存在假阳性率过高的问题,而降低假阳性率的方法之一就是参数的优化选择.这些预测算法都普遍需要一个背景序列集作为...

            【关键词】 顺式调控模块背景序列集GC含量

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            【中文期刊】 杨科利  李前忠  等 《生物信息学》 2007年5卷3期 117-120页ISTIC

            【摘要】 基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation...

            【关键词】 转录因子结合位点(TFBS)位置权重矩阵(PWM)碱基保守性

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