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            【中文期刊】 张利香  王智一  《甘肃联合大学学报(自然科学版)》 2010年24卷6期 50-55页

            【摘要】 为了提高在海量的信息中进行多重复模式查找算法的效率,提出了算法Epattern_searcher.该算法运用过滤算法的思想而设计,同时又采用能节省空间占用的后缀数组来实现,从而提高了算法的运行速度.针对英文小说中高频词的查找问题,对算法进行...

            【关键词】 编辑距离过滤模式匹配

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            【中文期刊】 张利香  王素一  《佳木斯大学学报(自然科学版)》 2010年28卷5期 721-724,727页

            【摘要】 要在海量的信息中进行多重复模式的查找,应用一般的查找方法所需O(n2)的复杂度.为了提高模式查找算法的效率,提出了算法Epattern_searcherH.该算法是采用能节省空间占用的后缀数组数据结构来实现,同时又运用过滤算法的思想而设计,...

            【关键词】 汉明距离模式匹配过滤

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            【学位论文】 作者:魏东军 导师:杨晓春   东北大学   计算机科学与技术 计算机技术(硕士) 2015年

            【摘要】 随着基因测序技术的发展,人类每天可以获得大量的生物序列数据。生物信息学中的一个重要课题是对序列片段表现出的模式特征进行识别,通过比对和分析,挖掘隐藏在海量序列数据中的生物学信息,帮助解决生物、医疗等领域的难题。位置特异性得分矩阵作为生物序列...

            【关键词】 生物序列模式匹配

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            【学位论文】 作者:陈熹 导师:刘正春   中南大学   生物医学工程 生物医学工程(硕士) 2014年

            【摘要】 随着人类基因组计划和一些生物全基因组序列测定的完成,微阵列技术飞速发展,基因芯片以其高通量、微型化和自动化等优点成为医学基因诊断的重要工具。芯片探针的设计和筛选是制备高质量基因芯片关键步骤之一。随着生物信息学技术与方法研究的不断深入,为探针...

            【关键词】 肽核酸芯片探针后缀数组

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            【学位论文】 作者:周郴 导师:贺思敏   中国科学院研究生院   中国科学院大学   计算机科学与技术 计算机应用技术(博士) 2011年

            【摘要】 基于串联质谱技术的蛋白质鉴定已经成为蛋白质组学的主流技术,而数据库搜索已经成为鉴定串联质谱数据最常见的方法之一。目前已经有许多数据库搜索软件,如SEQUEST、Mascot和pFind等。但是随着数据库规模在不断增大、翻译后修饰导致计算次数...

            【关键词】 蛋白质鉴定数据库搜索软件

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            【学位论文】 作者:周文鹃 导师:刘自伟   西南科技大学   计算机科学与技术 计算机应用技术(硕士) 2009年

            【摘要】 生物信息学的主要任务是利用信息处理方法揭示海量生物学数据中蕴涵的生物学意义、探索生命活动的奥秘。生物基因组中存在大量的非编码区序列,这些序列中包含许多未知的生物功能或信息,对它的结构进行分析已成为生物信息学研究最重要的课题之一。
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            【关键词】 串联重复序列后缀数组

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            【学位论文】 作者:王学 导师:霍红卫   西安电子科技大学   计算机科学与技术 计算机软件与理论(硕士) 2009年

            【摘要】 最大唯一匹配在基因序列比对中有着重要的作用。它可以从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列,可在各种试验条件下从探测数据中决定物理和基因图存贮,可遍历和比较数据库中的DNA序列来判断两个或多个序列的相似性。
               本文首先简单介绍...

            【关键词】 基因比对匹配搜索

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            【中文期刊】 张欣  赵静  等 《高技术通讯》 2006年16卷10期 1051-1055页

            【摘要】 提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软...

            【关键词】 可变剪接联配搜索算法

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            【学位论文】 作者:赵玉豪 导师:霍红卫   张小宁   西安电子科技大学   计算机科学与技术 计算机技术(硕士) 2015年

            【摘要】 对数据建立索引并提供检索功能是人们面对海量数据时的基本要求,在互联网时代尤为如此。在数据库中检索所需要的记录,在web信息中搜索符合自己要求的网页都需要对数据建立索引结构,对于法律文件,生物信息学中的DNA数据更需要支持全文匹配功能。索引结...

            【关键词】 外存算法全文索引

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            【学位论文】 作者:焦雅 导师:高静   内蒙古农业大学   软件工程 软件工程(硕士) 2015年

            【摘要】 随着基因测序技术的迅猛发展,基因数据库中序列公共数据量呈指数形式增长.对于基因数据最基础但最重要的分析方法为序列比对.本文通过对现今常用的分析算法和分析软件在序列的类型、特点和功能等方面研究和比较,发现序列比对算法的重点是对基因数据结构进行...

            【关键词】 序列比对后缀

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