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【中文期刊】 龚道雄 阮晓钢 《中国生物医学工程学报》 2004年23卷1期 73-78页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 提出了一种基于遗传算法和模拟退火算法的DNA多序列比对算法.针对多序列比对的具体特点,指出交叉操作是导致比对计算复杂度提高的原因之一,因而在本研究所提出的多序列比对算法中,取消了遗传算法中通常采用的交叉操作算子,设计了适合多序列比对特点的插...
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【中文期刊】 王占昌 张敏 等 《生物数学学报》 2005年20卷3期 279-285页ISTIC
【摘要】 多序列比对是生物信息学中基础而又重要的序列分析方法.本文提出一种新的多序列比对算法,该算法综合了渐进比对方法和迭代策略,采用加权函数以调整序列的有偏分布,用neighbor-joining方法构建指导树以确定渐进比对的顺序.通过对BAlib...
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【中文期刊】 张津 郭茂祖 等 《生物信息学》 2005年3卷4期 171-174页ISTIC
【摘要】 在生物信息学研究中,生物序列比对问题占有重要的地位.多序列比对问题是一个NPC问题,由于时间和空间的限制不能够求出精确解.文中简要介绍了Feng和Doolittle提出的多序列比对算法的基本思想,并改进了该算法使之具有更好的比对精度.实验结...
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【中文期刊】 李成渊 龙海侠 等 《食品与生物技术学报》 2010年29卷4期 634-640页
【摘要】 多序列比对被称为NP完全问题,是生物信息中最基本的问题之一.目前,广泛使用剖面隐马尔可夫模型解决多序列比对问题.作者在粒子群优化算法的基础上,提出了将量子粒子群优化算法用于剖面隐马尔可夫模型的训练过程,进而构建了一种基于剖面隐马氏模型和量子...
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【中文期刊】 李大鹏 鞠颖 等 《癌症进展》 2016年14卷6期 510-513页ISTIC
【摘要】 序列比对是生物信息学的基础,通过多条序列比对可以挖掘出生物序列中的各种重要信息。大规模的基因序列比对方法对运算能力要求较高,基于Map Reduce框架的多序列比对方法在多序列星比对算法的基础上利用分布式并行计算来处理大规模数据。实验结果表...
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【中文期刊】 张涛涛 郭茂祖 等 《生物信息学》 2008年6卷2期 65-67,84页ISTIC
【摘要】 序列比对是生物信息学中的一项重要任务,通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息.序列比对结果的生物学意义与所选择的匹配、不匹配、插入和删除以及空隙的罚分函数密切相关.现介绍一种参数序列比对方法,该方法把最佳比对作为权值和罚分的...
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【中文期刊】 景军 何瑶 等 《北京生物医学工程》 2007年26卷4期 377-380页ISTIC
【摘要】 免疫算法(IA)是一种新的基于生物免疫系统的寻优算法.虽然以往的免疫算法有许多优良的计算特性,但在DNA多序列比对(MSA)中已知的免疫算法模型仍有许多不足.本文对已有的免疫算法通过加入免疫算子等进行改进,在保证群体的多样性性能的同时,加入...
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【中文期刊】 陈金灿 向来生 等 《信息技术与信息化》 2012年2期 47-50页
【摘要】 针对生物信息学中DNA多序列比对问题,提出了一种基于遗传算法和模拟退火算法相结合的求解算法:在遗传模拟退火算法中,利用模拟退火算法针对遗传算子进行改进来提高算法的效率,由遗传算法进行全局搜索,模拟退火算法用于局部寻优,防止遗传算法的早熟收敛...
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