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【中文期刊】 刘岳 徐海松 等 《生物信息学》 2010年8卷1期 1-6页ISTIC
【摘要】 蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容.双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型.选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(prof...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 李晓琴 仁文科 等 《生物信息学》 2010年08卷3期 245-247,253页ISTIC
【摘要】 蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠分类是蛋白质折叠研究的基础.目前的蛋白质折叠类型分类基本上靠专家完成,不同的库分类并不相同,迫切需要一个建立在统一原理基础上的蛋白质折叠类型数据库.本文以ASTRAL-1.65数据库中序列同源性...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 闫金丽 陈治伟 等 《生物化学与生物物理进展》 2011年38卷2期 166-172页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 蛋白质空间结构研究是分子生物学、细胞生物学、生物化学以及药物设计等领域的重要课题.折叠类型反映了蛋白质核心结构的拓扑模式,对折叠类型的识别是蛋白质序列与结构关系研究的重要内容.选取LIFCA数据库中样本量较大的53种折叠类型,应用功能域组分...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 刘雷 胡秀珍 《生物物理学报》 2010年26卷9期 823-832页MEDLINEISTICCA
【摘要】 以序列相似性低于40%的1895条蛋白质序列构建涵盖27个折叠类型的蛋白质折叠子数据库,从蛋白质序列出发,用模体频数值、低频功率谱密度值、氨基酸组分、预测的二级结构信息和自相关函数值构成组合向量表示蛋白质序列信息,采用支持向量机算法,基于整...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 任文科 徐海松 等 《生物化学与生物物理进展》 2008年35卷5期 548-554页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 蛋白质折叠类型识别是蛋白质结构研究的重要内容.以SCOP中的Globin-like折叠为研究对象,选择其中序列同一性小于25%的17个代表性蛋白质为训练集,采用机器和人工结合的办法进行结构比对,产生序列排比,经过训练得到了适合Globin-...
【关键词】 蛋白质；折叠类型识别；Globin-like；
- 概要：
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【中文期刊】 宗立平 李晓琴 《生命科学研究》 2016年20卷5期 381-388页ISTICCA
【摘要】 蛋白质折叠类型识别是蛋白质结构研究的重要内容,折叠类型分类是折叠识别的基础.通过对AS-TRAL-1.65数据库α类蛋白质所属折叠类型进行系统研究,建立蛋白质折叠类型模板数据库,提取反映折叠类型拓扑结构的模板特征参数,根据模板特征参数和TM...
- 概要：
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【中文期刊】 张春城 李晓琴 《生物信息学》 2016年2期 100-107页ISTIC
【摘要】 蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠类型分类是蛋白质折叠研究的基础.构建BRD-like折叠类型模板数据库,建立了基于多模板的综合分类方法,并用于该折叠类型的分类.对实验集的12 117个样本进行检验,结果的敏感性、特异性分别为0...
- 概要：
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【中文期刊】 马帅 王勤 等 《生物信息学》 2014年2期 123-132页ISTIC
【摘要】 蛋白质折叠规律的研究是生命科学重大前沿课题之一，折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。本文基于LIFCA数据库，选取样本量大于2的55种α／β类蛋白质折叠类型为研究对象。结合蛋白质折叠类型的定义及其保守拓扑结构特征，确定了55种蛋白质折叠类型的模...
- 概要：
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【中文期刊】 孔令强 李晓琴 《生物信息学》 2012年10卷2期 125-129页ISTIC
【摘要】 蛋白质折叠类型分类是蛋白质分类研究的重要内容.以SCOP数据库中的PH domain -like barrel折叠类型为研究对象,选择序列相似度小于25％的61个样本为检验集,通过结构特征分析,确定了该折叠类型的模板及其对应的特征参数,利用...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张玮 李晓琴 等 《生物物理学报》 2008年24卷1期 65-71页MEDLINEISTICCA
【摘要】 蛋白质折叠类型识别是一种分析蛋白质结构的重要方法.以序列相似性低于25%的822个全B类蛋白为研究对象,提取核心结构二级结构片段及片段问氢键作用信息为折叠类型特征参数,构建全B类蛋白74种折叠类型模板数据库.定义查询蛋白与折叠类型模板间二级...
- 概要：
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