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【中文期刊】 王浩 徐利楠 等 《生物信息学》 2013年11卷3期 167-171页ISTIC
【摘要】 分子伴侣Hsp40是一种以二聚体的形式调控非天然多肽折叠的热激蛋白.本文通过拉伸分子动力学研究了酵母Hsp40家族成员Ydj1p二聚体中β14～β15与domain-Ⅲ的分离过程,深入探讨了影响Ydj1p二聚体稳定性的重要残基和相互作用力....
- 概要：
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【中文期刊】 张心苑 毛雪石 《智慧健康》 2018年4卷7期 74-76页
【摘要】 Discovery Studio是BIOVIA公司研发的一款药物发现计算模拟平台.在Discovery Studio 2017中新增拉伸分子动力学模块,拉伸分子动力学模块的功能包括研究配体(药物分子)与受体的结合方式、蛋白质的去折叠构象变化...
【关键词】 Discovery Studio；分子模拟；药物设计；
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【中文期刊】 于涛 胡雄飞 等 《济南大学学报（自然科学版）》 2022年36卷6期 718-722,731页
【摘要】 为了方便、直观地研究氯离子通道膜蛋白内部氯离子输运过程的动力学性质,利用全原子分子动力学模拟方法对大肠杆菌氯离子通道膜蛋白的蛋白质-膜-水溶液系统进行能量最小化和平衡模拟,并对氯离子在通道中输运过程的受力进行拉伸分子动力学模拟计算.结果表明...
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【中文期刊】 齐人睿 李明昊 等 《高等学校化学学报》 2021年42卷3期 758-766页
【摘要】 采用拉伸分子动力学模拟的方法研究了黄嘌呤氧化酶(Xanthine oxidase,XO)抑制剂别嘌呤醇(Allopuri-nol)和葛根素(Puerarin)从XO离去通道解离的动态过程.分子对接结果表明,别嘌呤醇和葛根素均结合在XO的钼蝶...
- 概要：
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【中文期刊】 余晨 李苗 等 《化学与生物工程》 2019年36卷8期 49-53页
【摘要】 新型离子型的含能材料1,1'-二羟基-5,5'-联四唑二羟胺盐(TKX-50)具有高储能、高爆轰速度、低感度和低毒性等优异性能,在军事和民用领域发展前景广阔.对TKX-50Ⅰ(8×4×7)和TKX-50Ⅱ(24×4×7)超晶胞模型进行分子动...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 朱镜璇 于正飞 等 《高等学校化学学报》 2019年40卷1期 138-146页
【摘要】 采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W26...
【关键词】 嗜热类磷酸三酯酶样内酯酶；分子动力学模拟；拉伸分子动力学模拟；
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【中文期刊】 周雷 徐利楠 等 《生物信息学》 2014年2期 110-116页ISTIC
【摘要】 Hsc70与auxilin蛋白组成的系统是Hsp70／Hsp40分子伴侣系统家族的一员，在热休克反应中发挥重要作用。本文为得出auxilin蛋白J结构域的关键氨基酸，首先采用由二硫键交联的Hsc70 R171C与auxilin D876C的...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 司原琦 金宏威 等 《中国药物化学杂志》 2011年21卷2期 114-119页ISTICCA
【摘要】 目的 研究cADPR从CD38活性口袋解离的过程中配体和受体间的相互作用,并寻找接近真实条件的蛋白结构模型.方法 采用拉伸分子动力学的方法模拟cADPR从CD38活性口袋解离的过程.在cGDPR和CD38晶体复合物基础上进行修改,得到cAD...
- 概要：
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【中文期刊】 赵晓西 李军华 等 《中国科学技术大学学报》 2014年44卷3期 238-243页
【摘要】 采用Tersoff势对硅掺杂石墨烯薄膜的拉伸过程进行了分子动力学模拟,研究了不同硅掺杂比对扶手椅型和锯齿型石墨烯薄膜拉伸力学性能的影响,得到了相应的应力-应变关系以及拉伸破坏形态.研究结果表明,硅原子的替换掺杂对石墨烯薄膜杨氏模量的影响明显...
- 概要：
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【中文期刊】 许叶春 沈建华 等 《中国科学B辑》 2004年34卷3期 177-187页
【摘要】 配体和受体之间的相互作用研究有助于阐明配体的作用机理,为合理药物设计提供线索.新发展的拉伸分子动力学模拟使原来在微秒至秒时间范围内发生的生物化学过程可以在纳秒尺度内进行模拟,从而动态再现目前实验所无法提供的配体与受体的结合或解离过程.文中通...
【关键词】 分子动力学；拉伸分子动力学；配体和受体相互作用研究；
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