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【中文期刊】 王存新 宋伟  等 《生物化学与生物物理进展》 2003年30卷1期 143-146页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法.通过分子转换法,使蛋白质分子(包括水分子)与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强)至完全消失(或完全出现). 运用体约束方法,计算了配体与受体结合后平...

【关键词】 分子转换法； 热力学积分法； 蛋白质-配体复合物；

【中文期刊】 甘雨满 刘永宏  等 《广西科学》 2020年27卷5期 493-502页

【摘要】 以分子动力学为基础的泊松-玻尔兹曼(或广义玻恩)分子表面法(Molecular Mechanics/Poisson-Boltz-mann(or Generalized Born)Surface Area,MM/PB(GB)SA)在药物研发过...

【关键词】 分子动力学模拟； 自由能计算； 微扰积分法；

【学位论文】 作者： 宋伟 导师：王存新 陈慰祖  北京工业大学  力学 流体力学（硕士） 2002年

【摘要】 分子识别是分子间专一性的结合过程,抗体与抗原、受体与配体、酶与底物是人们所熟悉的生物体内的分子识别的三个模型.这些识别过程具有高度的专一性,体现出某种“智能化”的特点.研究生物体内的分子识别过程,已成为国际学术界异常活跃的研究热点,具有重要...

【关键词】 分子识别； 自由能计算；

【学位论文】 作者： 黄琴 导师：张世忠  中山医科大学 中山大学中山医学院;中山大学  基础医学 法医学（硕士） 1999年

【摘要】 该课题旨在解决的问题:(1)编写计算保留时间的计算机程序.(2)采用零碳原子死时间,考察其对计算大温度区间程序升温保留时间准确性的影响.(3)讨论用不同条件分析药毒物,计算保留时间时热力学参数是否该校正、如何校正.(4)找出将"共用恒温保留...

【关键词】 程序升温； 保留时间；

【中文期刊】 廖波 王天明  《生物数学学报》 2003年18卷3期 364-368页 ISTIC

【摘要】 RNA(即tRNA,rRNA,mRNA和SnRNA)有两大主要功能:一是某些病毒的遗传物质;二是参与蛋白质的合成.这些与细胞分化、代谢、记忆的储存等有重要关系.这些功能与RNA二级结构的稳定性,自由能密切相关.常用的计算自由能的方法有热力学...

【关键词】 RNA二级结构； 最小自由能； 算法；

【中文期刊】 马爱静 扈国栋  等 《德州学院学报》 2016年32卷4期 15-21页

【摘要】 鸟嘌呤核糖开关是一类位于m RN A 的非翻译区，可直接结合有机代谢物，通过调整自身构象变化从而调控基因表达的m RN A元件。鸟嘌呤核糖开关识别配体具有高度特异性和选择性。用动力学模拟的方法，研究鸟嘌呤核糖开关特异识别配体小分子的本质和用...

【关键词】 鸟嘌呤核糖开关； 配体； 分子动力学模拟；

【中文期刊】 李志锋 李红玉  等 《天水师范学院学报》 2009年29卷2期 59-61页

【摘要】 在b31yp/6-311g(d,p)水平上运用经Wigner校正的Eyring过渡态理论和统计热力学方法,对CCl2与CH3MH(M=O,S)中C-H键、M-H键插入反应的热力学与动力学性质及其拓扑积分性质进行了研究.计算结果表明,在250...

【关键词】 卡宾； 醇； 插入；

【中文期刊】 魏志勇 臧黎慧  等 《物理学报》 2005年54卷10期 4955-4960页

【摘要】 辐射过程引起的生物细胞的DNA双链断裂是一种很重要的细胞损伤过程.射线在细胞中能量沉积比较大时,DNA双链断裂的碎片分布会偏离随机断裂模型给出的结果,为此发展了新的模型分析方法-统计碎裂模型.根据统计物理学的原理和方法,放射性射线照射细胞后...

【关键词】 熵； 统计碎裂模型； DNA双链断裂；

【中文期刊】 杜奇石 魏冬青  《化学学报》 2004年62卷2期 120-126页

【摘要】 把氢-桥函数和氧-桥函数应用于统计力学积分方程理论的三维的参考作用点-超链模型(3d-RISM-HNC)中,用以改进极性和非极性溶质的水溶液的热力学性质的计算.用三维和二维图形考察了溶剂水分子的氢原子和氧原子的桥函数在改进溶剂作用点的平均密...

【关键词】 统计力学； 积分方程理论； 溶剂化自由能；