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【中文期刊】 陈子睿 杨博然 等 《生物信息学》 2025年23卷1期 40-49页 ISTIC
【摘要】 空间转录组(Spatial transcriptomics,ST)测序技术可以捕获多个细胞的空间位置信息,但无法达到单细胞分辨率,阻碍了对细胞类型异质性空间模式和基因表达特异性的解析.针对ST数据,本文提出了基于DenseNet网络结构和C...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 杨品 任振华 等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷7期 1196-1213页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合.本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供有益参考.使用6个联合...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 任丽萍 潘贤润 等 《电子科技大学学报》 2023年52卷5期 667-674页
【摘要】 基于配体-受体(L-R)互作的细胞间通信是细胞相互协同完成复杂生命活动的重要方式.随着单细胞测序技术的快速发展,在单细胞水平上系统地解析细胞间通信网络及功能迅速成为细胞生物学研究的热点.生物信息学家已开发了大量细胞间信号通信预测的方法及平台...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者： 霍玉莹 导师：李翔宇 北京交通大学 软件工程 软件工程（硕士） 2024年
【摘要】 空间转录组测序技术的迅速发展，为深入理解复杂组织的空间结构提供了前所未有的机会。作为单细胞测序技术的扩展，空间转录组测序技术能够在获得基因表达谱的同时保留空间环境信息。这些来自空间环境的信息在理解细胞生物学、发育生物学、神经生物学以及肿瘤生...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者： 陈常田 导师：朱晓姝 广西师范大学 软件工程 软件工程（硕士） 2024年
【摘要】 单细胞转录组测序技术的快速发展，为深入研究细胞的多样性提供了强大的工具。然而，单细胞转录组测序技术通过酶解获取单个细胞，导致丢失细胞在组织中的空间位置信息，限制了对细胞在组织中空间分布和邻近关系的理解，降低了细胞类型识别的准确度。空间转录组...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者： 贾峰 导师：孙磊 高海东 扬州大学 其他 电子信息（硕士） 2023年
【摘要】 通过对组织或器官内细胞群体在时间和空间上的分析(简称细胞群时空分析)，能够深入地了解组织和器官内部不同细胞群的异质性、分化状态及相互作用，进而揭示生命现象背后的机制和规律。转录组测序技术是细胞群时空分析的重要方法，而单细胞RNA测序(sin...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者： 王璐 导师：郑小琪 上海师范大学 统计学 应用统计（硕士） 2023年
【摘要】 随着空间转录组测序技术的日益发展，阐明细胞异质性和描绘组织以及器官的精准空间结构已然可能。然而，空间转录组数据中存在的大量混杂噪声对数据分析构成了挑战。这里，我们开发了一个基于图约束的拟线性可解释模型——GraphPCA。GraphPCA结...
- 概要：
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【学位论文】 作者： 李永平 导师：刘龙奇 卓敏 华南理工大学 药学 生物与医药（硕士） 2023年
【摘要】 近年来，空间转录组学发展十分迅速。在传统转录组测序的基础上，空间组学赋予细胞空间位置信息，揭示不同细胞类型之间的相互作用，广泛应用于在物种发育、脑科学和肿瘤药物研究等方面。在空间组学下游生物学功能分析之前，结合坐标信息和基因表达量来对组学数...
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