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【中文期刊】 谢腾宇 周晓根 等 《计算机科学》 2020年47卷1期 59-65页
【摘要】 从头预测是蛋白质结构建模的一种重要方法,该方法的研究有助于人类理解蛋白质功能,从而进行药物设计和疾病治疗.为了提高预测精度,文中提出了基于接触图残基对距离约束的蛋白质结构预测算法(CDPSP).基于进化算法框架,CDP-SP将构象空间采样分...
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【中文期刊】 李章维 余宝昆 等 《小型微型计算机系统》 2020年41卷3期 491-496页
【摘要】 蛋白质的三维结构是研究其生物功能及活性机理的基础.为了提高蛋白质结构的预测精度,在进化计算的框架下,提出一种接触图辅助的过程重采样蛋白质构象空间优化算法(Contact Map-assistedProcess Resampling Prot...
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【中文期刊】 王小奇 周晓根 等 《小型微型计算机系统》 2019年40卷12期 2494-2499页
【摘要】 预测蛋白质结构对药物设计和疾病诊断有着重要的科学意义.针对蛋白质结构从头预测问题,在进化算法框架下,提出一种距离和疏水模型辅助的蛋白质结构预测方法( Distance and Hydrophobic Model-assisted Prote...
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【中文期刊】 李明 苏显中 等 《生物技术》 2009年19卷3期 87-90页ISTICCA
【摘要】 蛋白质结构预测是生物信息学当前的主要挑战之一.按照蛋白质结构预测对PDB数据 库信息的依赖程度,可以将其划分成两类:模板依赖模型和从头预测方法.其中模板依赖模 型又可以分为同源模型与穿线法.本文介绍了各种预测方法主要步骤,分析了制约各种方法...
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【学位论文】 作者：黄宁桥 导师：欧阳建权 湘潭大学 计算机科学与技术 计算机科学与技术（硕士） 2020年
【摘要】 蛋白质是一种重要的生物学分子，根据蛋白质的氨基酸序列预测其三级结构是一个富有挑战的问题。其研究成果在理解蛋白质的功能，研发新型药物等方面都可以发挥巨大的作用。随着人类基因组计划的完成，基因组测序技术测出了越来越多的氨基酸序列。与此同行，经过...
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【学位论文】 作者：谢腾宇 导师：张贵军 浙江工业大学 控制科学与工程 控制科学与工程（硕士） 2019年
【摘要】 蛋白质是生物体内的大分子，是生命活动的主要承担者。遗传密码揭示了DNA转译为氨基酸序列的机制，而氨基酸序列如何折叠为蛋白质特定空间结构仍是未解之谜。蛋白质只有折叠为特定空间结构后才能发挥特定的生物学功能。因此，研究蛋白质空间结构对理解氨基酸...
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【学位论文】 作者：黄旭 导师：钱培德 吕强 苏州大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（博士） 2011年
【摘要】
蛋白质因其具有特定结构而成为具体生命功能的执行者。蛋白质结构预测在基因数据高速膨胀，而结构解析成本高、效率低的情况下显得尤为重要。从头预测蛋白质结构不依赖于已知的结构模板，是蛋白质结构预测领域中一项技术难度高、现实意义深远的研究内容。
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【学位论文】 作者：吴进珍 导师：吕强 苏州大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（硕士） 2010年
【摘要】 蛋白质三维结构对于生物学和医学来说意义重大,利用生化手段测定蛋白质结构代价高,耗时长,因此利用计算手段预测蛋白质三维结构逐渐成为计算生物学的重要课题。在巨大的构象空间中如何有效的搜索,是该课题的重大挑战之一。本文研究将并行蚁群优化技术应用于...
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【中文期刊】 方慧生 王旻 等 《中国药科大学学报》 2006年37卷1期 77-82页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 在蛋白质天然构象预测中,折叠识别法中一致性预测Pcons2和从头预测法中的Rosetta在CASP5中获得了很大的成功.在Rosetta法中,先用Monte Carlo搜索法产生大量低能量的预测模型,然后依据模型之间相似性分数,用聚类分析法...
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【中文期刊】 周建红 艾观华 等 《生物信息学》 2011年09卷1期 1-5页ISTIC
【摘要】 蛋白质结构从头预测是不依赖模板仅从氨基酸序列信息得到天然结构.它的关键是正确定义能量函数、精确选用计算机搜索算法来寻找能量最低值.基于此,本文系统介绍了能量函数和构象搜索策略,并列举了几种比较成功的从头预测方法,通过比较得出结论:基于统计学...
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