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【中文期刊】 万晓耕 《生物信息学》 2021年19卷1期 35-46页 ISTIC
【摘要】 蛋白质的序列、结构和功能多种多样.大量研究表明蛋白质的结构与其氨基酸序列的排序有关,并且局部的氨基酸序列环境对蛋白质的结构具有一定的影响.本文提出一种新的基于5-mer氨基酸扭转角统计偏好的蛋白质结构类型预测方法,在该方法通过PDB数据库中...
【中文期刊】 郑斌 厉力华 《中国生物医学工程学报》 2013年32卷5期 580-587页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 蛋白质序列特征表示和机器学习算法是影响蛋白质结构类预测效果好坏的两个重要方面.本研究基于k-字统计频率和k-片段位置分布两种特征提取方法,将分别提取到的氨基酸序列信息和物理化学性质信息同蛋白质二级结构信息进行融合,建立17维和57维的特征信...
【关键词】 蛋白质结构类预测； 特征信息集； Ma-Ada多分类器融合；
【中文期刊】 张同亮 丁永生 《生物医学工程学杂志》 2008年25卷4期 921-924页 MEDLINEISTICPKUCA
【摘要】 提出了一种基于二叉树支持向量机(BT-SVM)的蛋白质结构类多类预测新方法.采用26维的向量来表示蛋白质序列的特征.BT-SVM多类分类方法能消除SVM在多分类问题中存在的不可分数据问题.采用两个经典数据集作为测试数据,通过自身一致性和n折...
【中文期刊】 方慧生 王旻 等 《中国药科大学学报》 2006年37卷1期 77-82页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 在蛋白质天然构象预测中,折叠识别法中一致性预测Pcons2和从头预测法中的Rosetta在CASP5中获得了很大的成功.在Rosetta法中,先用Monte Carlo搜索法产生大量低能量的预测模型,然后依据模型之间相似性分数,用聚类分析法...
【中文期刊】 杨惠云 石鸥燕 等 《国际生物医学工程杂志》 2012年35卷6期 350-352,372页 ISTICCA
【摘要】 目的 准确预测蛋白质结构类,为研究其空间结构及生物功能打下基础.方法 应用隐马尔可夫模型(HMM)预测蛋白质结构类,分别构建3-状态HMM和8-状态HMM.数据来源于Chou和Zhou构建的蛋白质数据集,分别包含有204条蛋白质序列和498...
【中文期刊】 李楠 李春 《生物信息学》 2012年10卷4期 238-240页 ISTIC
【摘要】 基于氨基酸的16种分类模型,给出蛋白质序列的派生序列,进而结合加权拟熵和LZ复杂度构造出34维特征向量来表示蛋白质序列.借助于贝叶斯分类器对同源性不超过25％的640数据集进行蛋白质结构类预测,准确度达到71.28％.
【中文期刊】 姜小莹 朱俊东 等 《生物物理学报》 2008年24卷1期 43-48页 MEDLINEISTICCA
【摘要】 蛋白质结构类预测是生物信息和蛋白质科学中重要的研究领域.基于Chou提出的伪氨基酸离散模型框架,从蛋白质序列出发,设计一种新的伪氨基酸组成方法表示蛋白质序列样本.抽取氨基酸组合(10-D)在序列中出现的频率和疏水氨基酸模式(6-D)表示蛋白...
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