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【中文期刊】 张锦雄 孟雪莉  等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷8期 1303-1320页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 在蛋白质设计领域,人工智能技术的应用已经催生了一些大模型.蛋白质的计算设计是指利用计算机技术辅助确定蛋白质的氨基酸序列,实现预设的结构和功能的过程.基于计算的蛋白质设计可进行改造设计或从头设计.特定功能的蛋白质快速生成,对生物医学研究、药物...

【关键词】 蛋白质序列； 蛋白质结构； 大语言模型；

【中文期刊】 任鹏 段乐乐  《软件》 2024年45卷4期 24-28页

【摘要】 在新药研发中,药物与靶标的结合亲和力是一个关键指标,对于它的准确预测对加速药物筛选至关重要.近年来,随着深度学习技术的应用,药物与靶标的结合亲和力预测取得了显著进步,受到了广泛关注.然而,现有方法大多忽略药物的结构信息,且缺乏学习蛋白质的序...

【关键词】 图注意力网络； 蛋白质语言模型； 药物靶标亲和力；

【中文期刊】 罗江毅 姚音  《河南科学》 2023年41卷8期 1093-1101页

【摘要】 依赖于临床标签的氨基酸致病突变预测方法通常由于标签存在跨基因的偏差、稀疏噪声等因素,出现性能膨胀的情况.为解决此问题,创新地在不需要标签的情况下,利用预训练蛋白质语言模型计算ClinVar数据库中突变位点的氨基酸概率分布,并基于此分布构造突...

【关键词】 氨基酸致病突变； 蛋白质语言模型； 无监督学习；

【中文期刊】 徐小放 杨春德  等 《生物工程学报》 2023年39卷4期 1815-1824页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 抗菌肽(antimicrobial peptides,AMPs)广泛存在于生命体中,是一种具有广谱抗菌活性、免疫调节功能的小分子多肽.抗菌肽不易产生耐药性,适用范围广,具有极大的临床价值,是传统抗生素的有力竞争者.识别抗菌肽是抗菌肽研究领域...

【关键词】 蛋白质； 抗菌肽； 语言模型；

【学位论文】 作者： 李沅峰 导师：王健  吉林大学  生物学 农业生物环境与能源工程（硕士） 2024年

【摘要】 在生物医药领域中，使用传统实验验证的方法设计和测试新药物工程复杂，需要投入大量的时间和人力，且具有实验操作等干扰因素。为了提高药物研发效率，减少成本，我们主要利用数据分析方法进行药物虚拟筛选，并对合格的药物做进一步的性能优化，设计出既能保证...

【关键词】 药物靶点结合预测； 药物分子；

【学位论文】 作者： 夏德菲 导师：杨润涛  山东大学  其他 电子信息（硕士） 2023年

【摘要】 长非编码核糖核酸(Longnon-codingRibonucleicAcids,LncRNAs)不编码蛋白质,其长度超过200个核苷酸且相对分子量较大。LncRNA与蛋白质结合影响染色体结构和基因转录，参与信号转导、染色体复制、物质转运、有...

【关键词】 自然语言处理； 深度学习；

【学位论文】 作者： 汪乾梁 导师：张贵军  浙江工业大学  其他 电子信息（硕士） 2023年

【摘要】 结构域是蛋白质在进化、折叠和功能上的最小独立单元。蛋白质结构域信息对于实验解析和计算方法获取蛋白质三维结构都具有重要意义。从实验解析蛋白质结构来说，结构域的缺失可以降低蛋白质的灵活性，从而提高蛋白质的溶解度，因此如果能够确定结构域的话，更容...

【关键词】 蛋白质结构域； 边界预测算法；

【学位论文】 作者： 李美扬 导师：魏小梅  华中农业大学  药学 生物与医药（硕士） 2022年

【摘要】 大量的化合物-蛋白质互作（Chemical-proteininteraction,CPI）关系隐藏在生物医学文献中，这些生物实体之间的关系对药物发现、临床医学和结构化生物医学数据库的构建起到重要作用。然而手工提取CPI既昂贵又费时，因此应用...

【关键词】 化合物-蛋白质互作； 预训练语言模型；

【学位论文】 作者： 张微 导师：郭菲 王丹  天津大学  计算机科学与技术 计算机技术（硕士） 2021年

【摘要】 蛋白质通过相互作用，来发挥相应的活性和生物学功能，从而维持生命体中细胞的功能秩序。相互作用位点在三维空间中的结构信息构成了蛋白质间相互作用界面。由于相互作用后形成的复合物结构决定了它们的功能，所以只有确定并了解相互作用界面的结构信息，才能在...

【关键词】 深度学习； 蛋白质间残基接触；

【学位论文】 作者： 俞欢 导师：钱敏平  北京大学  数学 概率论与数理统计（博士） 2007年

【摘要】 在后基因组时代，对于蛋白质功能位点和相互作用位点的预测是一个重要的研究课题。这些位点的识别对于认识蛋白质功能机制有着重大的意义。 我们设计并实现了基于分层随机语言模型的算法，从序列数据出发对激酶这种特殊的蛋白质的功能位点进行预测。...

【关键词】 蛋白质； 蛋白质功能位点；