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【中文期刊】 孙雨楠 叶川 等 《生理科学进展》 2025年56卷3期 202-209页ISTICPKUCA
【摘要】 蛋白质是生命活动的物质基础.蛋白质的功能取决于其空间结构,因此解析蛋白质的空间结构对于理解其功能至关重要.人工智能(artificial intelligence,AI)模型的利用极大地推进了蛋白质空间结构预测算法的开发,AlphaFold...
【关键词】 蛋白质结构预测；AlphaFold2；蛋白质语言模型；
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【中文期刊】 高正 高向东 等 《中国药科大学学报》 2025年56卷3期 368-375页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为解决抗原肽与特定MHC-II类分子的结合亲和力预测模型性能较低,无法满足临床需求的现状,提出一种基于深度学习的MHC-II类分子与多肽亲和力的预测模型T5MHCII.该模型通过迁移学习的方法,利用蛋白质语言模型ProtT5已学习到的知识对...
【关键词】 主要组织相容性复合体；亲和力预测；深度学习；
- 概要：
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【中文期刊】 李明辰 钟博子韬 等 《合成生物学》 2025年6卷3期 636-650页
【摘要】 2025年年初,杭州深度求索人工智能基础技术研究有限公司发布并开源了其自主研发的DeepSeek-R1对话大模型.该模型具备极低的推理成本和出色的思维链推理能力,在多种任务上能够媲美甚至超越闭源的GPT-4o和o1模型,引发了国际社会的高度...
【关键词】 大语言模型；AI蛋白质；深度自注意力变换网络；
- 概要：
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【中文期刊】 张锦雄 孟雪莉 等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷8期 1303-1320页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 在蛋白质设计领域,人工智能技术的应用已经催生了一些大模型.蛋白质的计算设计是指利用计算机技术辅助确定蛋白质的氨基酸序列,实现预设的结构和功能的过程.基于计算的蛋白质设计可进行改造设计或从头设计.特定功能的蛋白质快速生成,对生物医学研究、药物...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 任鹏 段乐乐 《软件》 2024年45卷4期 24-28页
【摘要】 在新药研发中,药物与靶标的结合亲和力是一个关键指标,对于它的准确预测对加速药物筛选至关重要.近年来,随着深度学习技术的应用,药物与靶标的结合亲和力预测取得了显著进步,受到了广泛关注.然而,现有方法大多忽略药物的结构信息,且缺乏学习蛋白质的序...
- 概要：
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【中文期刊】 罗江毅 姚音 《河南科学》 2023年41卷8期 1093-1101页
【摘要】 依赖于临床标签的氨基酸致病突变预测方法通常由于标签存在跨基因的偏差、稀疏噪声等因素,出现性能膨胀的情况.为解决此问题,创新地在不需要标签的情况下,利用预训练蛋白质语言模型计算ClinVar数据库中突变位点的氨基酸概率分布,并基于此分布构造突...
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【中文期刊】 张良 谈攀 等 《生物工程学报》 2025年41卷3期 934-948页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 蛋白质突变效应预测是生物信息学和蛋白质工程领域的一个关键挑战.近年来,深度学习,特别是蛋白质语言模型的发展为该领域带来了新的机遇.本文综述了蛋白质语言模型在蛋白质突变效应预测中的应用,重点讨论了 3类主要模型:基于序列的模型、基于结构的模型...
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【中文期刊】 刘奕彤 陈文欣 等 《生物工程学报》 2025年41卷8期 3252-3261页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 癌症是严重的全球健康问题,是导致人类死亡的重要原因之一.传统的癌症治疗往往有损害重要器官功能的风险.抗癌肽(anticancer peptides,ACPs)因其体积小、特异性高和毒性低被认为是对抗人类常见癌症最有前景的治疗剂之一.但抗癌肽...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 徐小放 杨春德 等 《生物工程学报》 2023年39卷4期 1815-1824页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 抗菌肽(antimicrobial peptides,AMPs)广泛存在于生命体中,是一种具有广谱抗菌活性、免疫调节功能的小分子多肽.抗菌肽不易产生耐药性,适用范围广,具有极大的临床价值,是传统抗生素的有力竞争者.识别抗菌肽是抗菌肽研究领域...
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【外文期刊】 Frickey T ; Lupas A ; 《Bioinformatics》 2004年20卷18期 3702-3704页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Models;Molecular;Programming Languages;
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