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          【中文期刊】 杨忠志  刘夏  《北华大学学报(自然科学版)》 2013年4期 403-408页ISTICCA

          【摘要】 在ABEEMσπ/MM浮动电荷模型下,为了防止电荷过度极化,提高力场的准确性,引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用。选取了8个模型小分子二聚体,通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从...

          【关键词】 氢键拟合函数ABEEMσπ/MM从头算

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          【学位论文】 作者:胡端羽 导师:宫利东   辽宁师范大学   化学 物理化学(硕士) 2024年

          【摘要】 尿素是应用最广泛的蛋白质变性剂,其致蛋白质变性的微观机制尚有争议,实验方法难以从原子水平上观测到详尽的微观动态信息,理论模拟方法中传统的非极化力场未充分考虑极化现象,所以发展新的可极化力场方法揭示该机制具有重要意义。本文基于ABEEM/MM...

          【关键词】 非极性氨基酸二肽丙氨酸二肽

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          【学位论文】 作者:苗欢 导师:宫利东   辽宁师范大学   化学 物理化学(硕士) 2024年

          【摘要】 镁离子(Mg2+)在生命过程中是不可或缺的,它广泛参与动物细胞内的离子平衡。为合理描述实验方法和传统非极化力场难以测量的Mg2+与其配位水分子和生物分子间的相互作用,更精确地表示Mg2+的极化和配位效应,Mg2+的电子分布情况。本文基于原子...

          【关键词】 蛋白质镁离子

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          【学位论文】 作者:姜泽华 导师:宫利东   辽宁师范大学   化学 物理化学(硕士) 2024年

          【摘要】 Na+/K+大量存在于生物系统中,在维持生理活动等方面发挥着不可忽视的作用,因此,研究Na+/K+与水分子和生物分子之间的相互作用意义重大。然而现有实验手段和传统的非极化力场方法均难以从原子和分子水平上观测到金属离子与水分子、生物分子之间相...

          【关键词】 蛋白质体系钠离子

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          【学位论文】 作者:卢丽男 导师:杨忠志   辽宁师范大学   化学 物理化学(硕士) 2006年

          【摘要】 多肽分子在许多生物过程中都起着重要的作用,它的气态和在溶液中的构象一直是人们要探究的关键问题之一。通过NMR等实验手段能够为我们提供某些相关的信息,但并不足以满足我们的需求。计算化学的模拟已经成为一个重要的工具,其模拟的结果很大程度上取决于...

          【关键词】 分子力场ABEEM/MM模型

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          【中文期刊】 张强  张霞  《化学学报》 2008年66卷3期 289-294页

          【摘要】 在ABEEM/MM蛋白质浮动电荷力场模型的基础上,加入孤对电子和π电荷位点,从而能够体现多肽和蛋白质分子中一些重要的各向异性极化性质,允许非化学键方向的电子转移和极化.利用从头计算数据拟合模型相关参数.计算得到的小分子团簇结合能、偶极矩、氢...

          【关键词】 原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEMσп/MM)多肽构象各相异性极化

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