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【中文期刊】 张宏 蔡文生  等 《高等学校化学学报》 2018年39卷6期 1205-1211页

【摘要】 采用分子动力学模拟方法比较了最新版CHARMM和AMBER(包括bsc1和OL15)力场对水溶液中B-DNA到A-DNA转化过程的影响,利用扩展自适应偏置力(eABF)方法计算了转化过程的自由能变化.研究结果表明,在不同力场下,水环境中的D...

【关键词】 B-DNA； A-DNA； 构型转变；

【外文期刊】 Marsan, Eric S. ; Dreab, Ana ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2023年41卷11/12期 4819-4829页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Iodothyronine deiodinases; molecular dynamics; sequence alignment;

【外文期刊】 Liang, Lijun ; Zhang, Zhisen ; 等 2021年188卷 369-374页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Ion channel; Ion permeation; Molecular dynamics simulation;

【外文期刊】 Chen, Ke ; Pan, Juanli ; 等 2021年188卷 137-146页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Papain-like protease; Tanshinone IIA sulfonate sodium; Chloroxine;

【外文期刊】 Galindo-Murillo, Rodrigo ; Cheatham, Thomas E., III ; 《Nucleic Acids Research》 2021年49卷7期 3735-3747页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 NUCLEIC ACID INTERACTIONS; MONOPHOSPHATE CRYSTALLINE COMPLEX; AMBER FORCE-FIELD;

【外文期刊】 Sinelnikova, Anna ; van der Spoel, David ; 《Journal of Biomolecular NMR》 2021年75卷4/5期 143-149页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Python; NMR-STAR; Force Field;

【外文期刊】 Sixto-López ; Y. ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2019年37卷3/4期 584-610页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 3Dthree-dimensional; docking; GAFFGeneralized Amber Force Field;

【外文期刊】 Gieldon A ; Lopez JJ ; 等 《Chembiochem: A European journal of chemical biology》 2008年9卷15期 2487-2497页

【关键词】 amber force field; bradykinin; GPCR;

【外文期刊】 Shang, Jinzhao ; Yue, Shuohao ; 等 2022年44卷1期 101-112页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Diaphorase; Expression and purification; Enzymatic properties;

【外文期刊】 Bisetty K ; Govender P ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2006年81卷5期 339-349页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 unnatural amino acids; trishomocubane; cage dipeptide;