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【中文期刊】 蔡棣 田浤 等 《中国药科大学学报》 2017年48卷2期 227-232页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 建立含有L-对硝基苯丙氨酸(p-nitro-L-phenylalanine,pNO2Phe)蛋白的分子动力学模拟方法,分析了含有pNO2Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系,为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学模拟研究提供参考.使用CGenFF...
【关键词】 纳米分子动力学(NAMD)； 可视化分子动力学(VMD)； 分子动力学模似；
【中文期刊】 张宏 蔡文生 等 《高等学校化学学报》 2018年39卷6期 1205-1211页
【摘要】 采用分子动力学模拟方法比较了最新版CHARMM和AMBER(包括bsc1和OL15)力场对水溶液中B-DNA到A-DNA转化过程的影响,利用扩展自适应偏置力(eABF)方法计算了转化过程的自由能变化.研究结果表明,在不同力场下,水环境中的D...
【外文期刊】 Karmakar, Sharmistha ; Klauda, Jeffery B. ; 2022年121卷8期 1560-1575页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; CHARMM; GUI;
【外文期刊】 Sarkar, Aurijit ; Yu, Wenbo ; 等 《Glycobiology》 2016年26卷10期 1041-1047页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 CHARMM; desolvation; free-energy perturbation;
【外文期刊】 Cao, Wenpeng ; Dong, Chuqiao ; 等 2021年120卷6期 1011-1019页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS; FORCE SPECTROSCOPY; GLYCAN READER;
【外文期刊】 Patel S ; Brooks CL ; 《Molecular simulation》 2006年32卷3/4期 231-249页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 polarizable force field; biomolecules; fluctuating charge;
【外文期刊】 Lee, Kyung-Hoon ; Kuczera, Krzysztof ; 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2023年41卷7/8期 2619-2629页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Alanine scanning; amyloidosis; free energy calculation;
【外文期刊】 Heinrich, Frank ; Van, Que N. ; 等 2021年120卷18期 4055-4066页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 PARAMAGNETIC RELAXATION ENHANCEMENT; MOLECULAR-DYNAMICS; PLASMA-MEMBRANE;
【外文期刊】 Sinelnikova, Anna ; van der Spoel, David ; 《Journal of Biomolecular NMR》 2021年75卷4/5期 143-149页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Python; NMR-STAR; Force Field;
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