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【中文期刊】 史小红  《生物信息学》 2016年2期 112-116页 ISTIC

【摘要】 基于蛋白质二维HP模型提出改进的遗传算法对真实蛋白质进行计算机折叠模拟.结果显示疏水能量函数最小值的蛋白质构象对应含疏水核心的稳定结构,疏水作用在蛋白质折叠中起主要作用.研究表明二维HP模型在蛋白质折叠研究中是可行的和有效的并为进一步揭示蛋...

【关键词】 蛋白质折叠模拟； HP模型； 遗传算法；

【中文期刊】 苏计国 王韦卜  等 《北京工业大学学报》 2017年43卷12期 1818-1827页

【摘要】 蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Go模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应...

【关键词】 蛋白质折叠； 分子动力学模拟； Go模型；

【会议论文】 第十七届国际生物物理大会;第十二届中国生物物理大会 2011年

【摘要】 The fly-casting mechanism for binding process of proteins has attracted more and more attentions.This mechanism suggests...

【关键词】 Protein binding； Fly-casting Mechanism； Folding-coupled Binding；

【会议论文】 第十七届国际生物物理大会;第十二届中国生物物理大会 2011年

【摘要】 Free energy calculation for a high dimensional system,like peptides or proteins,always suffers from serious sampling pro...

【关键词】 Protein folding； Constrained simulation； Restained simulation；

【外文期刊】 Nakajima N. ; Kidera A. ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2000年296卷1期 197-216页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Beta-turns; Free energy landscape; Hydration energy;

【外文期刊】 Sakae, Y. ; Okamoto, Y. ; 《Molecular simulation》 2010年36卷13/15期 1148-1156页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 folding simulation; force field; optimisation;

【外文期刊】 Patel S ; Balaji PV ; 等 《Journal of peptide science: An official publication of the European Peptide Society》 2007年13卷5期 314-326页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 helix to hairpin transition; bend; turn;

【外文期刊】 Batchelor, Matthew ; Papachristos, Kostas ; 等 《Biochimica et Biophysica Acta. General Subjects》 2020年1864卷8期 SCISCIE

【关键词】 Protein mechanics; Protein folding; Computer simulation;

【外文期刊】 Jemth P ; Day R ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2005年350卷2期 363-378页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 protein folding; phi-value analysis; FF domain;

【外文期刊】 Huang ES. ; Tsai J. ; 等 《Journal of Molecular Biology》 1996年257卷3期 716-725页 SCISCIEMEDLINE

【关键词】 Protein folding; Hydrophobic interaction; Fold recognition;