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【中文期刊】 Bo Yu Yao Lu 等 《定量生物学（英文版）》 2020年8卷2期 109-118页
【摘要】 Background: RNA structure is the crucial basis for RNA function in various cellular processes.Over the last decade,high ...
【关键词】 RNA secondary structure；prediction；differential analysis；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 刘伟 黄伊子 等 《生物信息学》 2015年1期 35-39页ISTIC
【摘要】 随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展，RNA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键，因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件，先基于PDB数据库收录的...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 赵英杰 倪青山 等 《中国生物医学工程学报》 2010年29卷1期 86-92,99页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 RNA二级结构预测方法可视为一个分类问题,即根据单条序列或多条序列给出的信息,判断任意两个位点能否构成碱基对.现有各种预测方法对所用计算特征的选择都是基于定性分析,没有统一的标准.在总结现有RNA结构预测方法中采用的各类计算特征的基础上,利...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 孙迎 陆宏伟 等 《生物医学工程学杂志》 2014年31卷5期 1065-1069页MEDLINEISTICPKUCA
【摘要】 本文提出一种结合多序列比较,基于碱基对思想将RNA序列进行预处理,并利用动态规划法寻找特征值进行子序列划分,运用最小自由能原理进行结构预测的新方法.本文从公共数据库选取数据,对算法的准确性进行验证,用碱基对距离、爬山距离及形态学距离对新方法...
- 概要：
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【中文期刊】 顾倜 蔡磊鑫 等 《生物信息学》 2017年15卷3期 142-148页ISTIC
【摘要】 假结是RNA中一种重要的结构,由于建模的困难导致它更难被预测.通过碱基之间的配对概率来预测含假结RNA二级结构的ProbKnot算法具有很高的精度,但该算法仅用了配对概率作为预测依据,导致阴性配对大量出现,因此精度中的特异性较低.实验结合P...
- 概要：
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【中文期刊】 张浩文 杨禹丞 等 《生命科学》 2014年26卷3期 219-227页ISTICCSCD
【摘要】 近10多年来的研究逐步揭示了RNA的各种生物学功能.RNA不仅是信息从DNA传递到蛋白质的中间体,还直接参与基因沉默、表观遗传学修饰等生物学过程.单链的RNA在体内通过碱基配对折叠成一定的二级结构.介绍了现在预测RNA二级结构的主要算法及其...
- 概要：
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【中文期刊】 《定量生物学（英文版）》 2017年5卷1期 3-24页
【摘要】 Background:Structure profiling experiments provide single-nucleotide information on RNA structure.Recent advances in che...
【关键词】 RNA structure profiling；high-throughput sequencing；RNA secondary structure prediction；
- 概要：
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【中文期刊】 陈旭 李晚忱 等 《遗传》 2009年31卷11期 1149-1157页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 microRNAs(miRNAs)是一类非编码的小分子RNA,通过碱基互补调控靶基因的表达.鉴定和发现新的miRNAs及其靶基因,对揭示miRNAs在基因表达调控中的作用至关重要.玉米全基因组测序工作开展较晚,已经鉴定登记的miRNAs很少...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 张洹 雷小勇 《中德临床肿瘤学杂志（英文版）》 2005年4卷4期 248-252页ISTIC
【摘要】 目的用RNAstructure软件设计和实验分析来筛选有效的反义核酸.方法选择Bcl-2基因为靶基因,利用RNAstructure软件,模拟Bcl-2 mRNA的二级结构,根据自由能不稳定区域或者无折叠的区域,设计5条反义核酸序列,研究它们...
【关键词】 预测；RNAstructure；反义核酸；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 《中国癌症研究(英文版)》 2005年17卷3期 161-170页SCIMEDLINEISTICCSCDCA
【摘要】 Objective: To select the antisense oligonucleotides (asONs) which hybridize with the mRNA of vascular endothelial growth...
【关键词】 Target selection；Computer prediction；Oligonucleotide microarrays；
- 概要：
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