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【中文期刊】 Alessandro Cembran Pedro Fernandez-Funez  《中国神经再生研究（英文版）》 2024年19卷10期 2095-2096页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 The prion protein(PrP)is the key molecular and pathological mediator of prion diseases,a heterogeneous group of brain di...

【中文期刊】 于桐桐 饶雷  等 《中国食品学报》 2024年24卷3期 306-320页

【摘要】 碳水化合物是主要的食品组分之一,其构象灵活复杂,导致现有的试验方法难以深入、全面地获得其在分子水平的详细信息.分子动力学(MD)模拟作为一种理论计算方法,近年来被广泛应用于碳水化合物的研究中.其能够提供碳水化合物分子构象以及相互作用的驱动力...

【关键词】 分子动力学模拟； 碳水化合物； 构象动力学；

【中文期刊】 白雯静 史彦斌  等 《中国抗生素杂志》 2017年42卷11期 983-988页 ISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 目的 基于一系列计算生物信息学方法,探索TEM β-内酰胺酶突变导致的构象变构与抗生素耐药性的关系.方法 首先,采用直接耦合分析方法,预测TEM结构中决定其构象的直接和间接的强耦合残基对;其次,采用分子动力学模拟和蛋白质构象阻挫分析方法分析...

【关键词】 TEM β-内酰胺酶； 耐药性机制； 直接耦合分析；

【中文期刊】 杨坤 张健  等 《大连理工大学学报》 2009年49卷4期 499-505页

【摘要】 根据已发现的钙调蛋白(CaM)打开和闭合两种不同的构象,研究了拮抗剂对构象变化的影响以及CaM全局构象变化路径.首先,进行了含拮抗剂和不合拮抗剂的两种常规分子动力学模拟,结果表明:CaM在独立存在时具有从闭合状态开启的趋势,它的构象动态变化...

【关键词】 钙调蛋白(CaM)； 常规分子动力学(CMD)； 靶向分子动力学(TMD)；

【中文期刊】 《浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）》 2019年20卷6期 496-502页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 蛋白质是动态的,在多种结构状态间转化.蛋白质的结构动态在时间和空间上跨越多个数量级,允许蛋白质执行特定生物学功能.细胞条件和细胞环境的变化会使蛋白质动态结构发生变化.因此,对蛋白质结构动态的全面表征可提供对蛋白质功能的机制的深入了解.在这里...

【关键词】 结构动态； 整合结构生物学； 距离约束；

【中文期刊】 《细胞研究（英文版）》 2017年27卷4期 505-525页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP

【关键词】 T-cell receptor； lipid； conformational dynamics；

【中文期刊】 《中国药理学报（英文版）》 2017年38卷12期 1673-1682页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【关键词】 phosphoglycerate mutase 1 (PGAM1)； human cancers； metabolic target；

【中文期刊】 《细胞研究（英文版）》 2010年20卷6期 622-630页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP

【关键词】 Markov state models； molecular dynamics； simulations；

【中文期刊】 梁立 胡建平  等 《生物工程学报》 2016年32卷5期 669-682页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 Faldaprevir类似物(Faldaprevir analogue molecule,FAM)能有效抑制HCV NS3/4A蛋白酶的催化活性,是一种潜在抗HCV先导化合物.通过生物信息学统计分析了已报道的HCV NS3/4A蛋白酶晶体结...

【关键词】 HCV NS3/4A蛋白酶； Faldaprevir类似物分子； 分子动力学模拟；

【中文期刊】 朱振泰 孙命  等 《生物化学与生物物理进展》 2007年34卷6期 585-594页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 多肽和蛋白质中Xaa-Pro片段肽脯酰胺键顺反异构对其构象与功能有重要影响.设计合成了一系列模型多肽及其磷酸化多肽,并采用核磁共振实验和分子动力学模拟的方法,研究了所合成多肽中肽脯酰胺键的顺反异构化.结果表明,对脯氨酸之前的Xaa残基进行侧...

【关键词】 肽脯酰胺键； 异构化； 磷酸化；