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【外文期刊】 Neha,Vithani ; Pravin Kumar,Ankush Jagtap ; 等 《Structure (London, England : 1993)》 2018年26卷3期 459-466.e3页 SCIMEDLINECABP

【关键词】 Mg(2+) ion; X-ray crystallography; enhanced sampling molecular dynamics simulations;

【外文期刊】 Michele,Invernizzi ; Omar,Valsson ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2017年114卷13期 3370-3374页 SCIMEDLINECABP

【关键词】 Ginzburg–Landau free energy; Lennard–Jones; coarse graining;

【外文期刊】 Daniel J,Cole ; Julian,Tirado-Rives ; 等 《Biochimica et biophysica acta》 2015年1850卷5期 966-971页 MEDLINE

【关键词】 Enhanced sampling; Free energy perturbation; Non-nucleoside inhibitors of HIV-1 reverse transcriptase;

【外文期刊】 Chenghan,Li ; Gregory A,Voth ; 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2021年118卷49期 SCIMEDLINECABP

【关键词】 collective variable; enhanced free-energy sampling; protein;

【外文期刊】 Giacomo,Fiorin ; Fabrizio,Marinelli ; 等 《Journal of computational chemistry》 2020年41卷5期 449-459页 SCIMEDLINECA

【关键词】 density distributions; enhanced sampling; free-energy calculations;

【外文期刊】 Attilio Vittorio,Vargiu ; Venkata Krishnan,Ramaswamy ; 等 《Biochimica et biophysica acta. General subjects》 2018年1862卷4期 836-845页

【关键词】 AcrB; Enhanced-sampling; Free energy calculations;

【外文期刊】 Tomonori,Hayami ; Kota,Kasahara ; 等 《Journal of computational chemistry》 2018年39卷19期 1291-1299页 SCIMEDLINECA

【关键词】 all-atom model; canonical sampling; enhanced sampling;

【外文期刊】 Yoshifumi,Fukunishi ; Junichi,Higo ; 等 《Biophysical reviews》 2022年14卷6期 1423-1447页

【关键词】 Conformation sampling; Drug discovery; Energy basin;

【外文期刊】 Hiroaki,Hata ; Duy,Phuoc Tran ; 等 《Biophysics and physicobiology》 2021年18卷 305-316页

【关键词】 Markov state model; PaCS-MD; binding free energy calculation;

【外文期刊】 Raudah,Lazim ; Donghyuk,Suh ; 等 《International journal of molecular sciences》 2020年21卷17期 SCIMEDLINE

【关键词】 binding free energy; enhanced sampling; molecular dynamics simulation;