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            1. Efficient Mining Multi-Mers in a Variety of Biological Sequences

            【外文期刊】 Zhang, Jingsong ; Guo, Jianmei ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2020年17卷3期 949-958页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Sequential pattern mining; k-mer counting; k-mers of various lengths;

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            2. Barcode identification for single cell genomics. oa

            【外文期刊】 Akshay,Tambe ; Lior,Pachter ; 《BMC bioinformatics》 2019年20卷1期 32页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Barcode identification; Barcodes; Circularization;

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            3. Creating and Using Minimizer Sketches in Computational Genomics. oa

            【外文期刊】 Hongyu,Zheng ; Guillaume,Marçais ; 等 《Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology》 2023年30卷12期 1251-1276页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 de Bruijn graphs; k-mer counting; minimizers;

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            4. CHTKC: a robust and efficient k-mer counting algorithm based on a lock-free chaining hash table.

            【外文期刊】 Jianan,Wang ; Su,Chen ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2021年22卷3期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 DNA-seq; algorithm; assembly;

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            5. eMIC-AntiKP: Estimating minimum inhibitory concentrations of antibiotics towards Klebsiella pneumoniae using deep learning. oa

            【外文期刊】 Quang H,Nguyen ; Hoang H,Ngo ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2023年21卷 751-757页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Antibiotic; Antimicrobial resistance; Convolutional neural networks;

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            6. Analyzing big datasets of genomic sequences: fast and scalable collection of k-mer statistics. oa

            【外文期刊】 Umberto,Ferraro Petrillo ; Mara,Sorella ; 等 《BMC bioinformatics》 2019年20卷Suppl 4期 138页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Apache Spark; Distributed computing; Performance evaluation;

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            7. Amino Acid k-mer Feature Extraction for Quantitative Antimicrobial Resistance (AMR) Prediction by Machine Learning and Model Interpretation for Biological Insights. oa

            【外文期刊】 Taha,ValizadehAslani ; Zhengqiao,Zhao ; 等 《Biology》 2020年9卷11期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 SNP; amino acid; antimicrobial resistance;

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            8. CRISPR Detection From Short Reads Using Partial Overlap Graphs.

            【外文期刊】 Ilan,Ben-Bassat ; Benny,Chor ; 《Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology》 2016年23卷6期 461-71页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 CRISPR detection; filtering; k-mer counting;

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            9. Gerbil: a fast and memory-efficient k-mer counter with GPU-support. oa

            【外文期刊】 Marius,Erbert ; Steffen,Rechner ; 等 《Algorithms for molecular biology : AMB》 2017年12卷 9页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Algorithm engineering; GPU computing; Genome sequences;

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            10. Set-Min Sketch: A Probabilistic Map for Power-Law Distributions with Application to k-Mer Annotation.

            【外文期刊】 Yoshihiro,Shibuya ; Djamal,Belazzougui ; 等 《Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology》 2022年29卷2期 140-154页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 k-mer counting; k-mer spectrum; max-min sketch;

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