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【中文期刊】 Dali Wang Jiaxuan Li  等 《定量生物学（英文版）》 2023年11卷4期 421-433页

【摘要】 The causative pathogen of coronavirus disease 2019(COVID-19),severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2)...

【关键词】 enveloped virus； molecular dynamics simulation； multiscale modeling；

【中文期刊】 何伟 张同武  等 《生物信息学》 2009年7卷4期 320-322,325页 ISTIC

【摘要】 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-4的初始三维结构,利用分子动力学的方法对初始三维结构进行优化,同时分析了模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法对模型进行评价.结果显示得到的Parasp...

【关键词】 抗癌晶体蛋白； 空间结构； 同源建模；

【中文期刊】 《生物学前沿》 2011年06卷4期 289-299页 MEDLINEISTICCA

【摘要】 Computational biology methods are now firmly entrenched in the drug discovery process.These methods focus on modeling an...

【关键词】 computational biology； drug discovery； homology modeling；

【中文期刊】 索慧荣  《天津医科大学学报》 2017年23卷2期 132-137页 ISTIC

【摘要】 目的:研究抗感染药物作用新靶点CrtN的结构及其与抑制剂萘替芬的作用机制,为新型CrtN抑制剂的发现奠定基础.方法:采用同源模建获得CrtN的三维结构,然后用分子动力学方法优化初始结构,并用Ramachandran图评估结果,最后通过活性位...

【关键词】 CrtN； 萘替芬； 同源模建；

【中文期刊】 张桥石 李灌澍  等 《生物信息学》 2016年14卷3期 139-145页 ISTIC

【摘要】 大肠杆菌分子伴侣蛋白DnaK氮端核苷酸结合域（ NBD， nucleotide-binding domain）的II－A和II－B子域之间的一些高度保守的扭链残基突变后（ I202A， S203A， G223A，L 227A， G228A）...

【关键词】 DnaK； 扭链残基； 同源建模；

【中文期刊】 刘志刚 邓贝  等 《生物信息学》 2013年11卷2期 130-135页 ISTIC

【摘要】 运用同源模建的方法构建了pACY1三维结构模型,并在能量最小化后对模型进行分子动力学模拟和结构合理性评估.同源模建生成了50个原始模型,经过PROCHECK评测后,筛选出模型A、B进行能量最小化,并得到模型A1、B1.分子动力学模拟结果表明...

【关键词】 氨基酰化酶Ⅰ； 同源模建； 能量最小化；

【中文期刊】 刘元东 刘楚干  等 《现代生物医学进展》 2008年8卷6期 1057-1060页 ISTICCA

【摘要】 为考察来源于极端高温酸性环境中的超氧化物歧化酶,建立了一个由嗜酸热原体茵的sod基因编码的蛋白质的可靠三维分子结构,并对这个蛋白质进行进化踪迹分析识别出了11个踪迹残基?其中,残基Asn39,Gly105和Glu162的位置随机遍布整个结构...

【关键词】 超氧化物歧化酶； 嗜酸热原体菌； 同源建模；

【中文期刊】 吴玲 何佩勋  等 《化学研究与应用》 2017年29卷6期 841-846页

【摘要】 G蛋白偶联受体81(GPR81)激动剂不仅可以发挥出GPR109A激动剂治疗血脂障碍的功效,还可降低副作用,但GPR81属于膜蛋白且三维结构未知,其与药物作用情况仍难以解析.本文基于已知的GPR81一级序列,采用同源模建的方法构建GPR81...

【关键词】 G偶联蛋白受体81； 同源建模； 活性位点；

【中文期刊】 梁立 刘嵬  等 《湖北农业科学》 2015年54卷13期 3283-3288,3293页

【摘要】 以原型泡沫病毒(PFV)整合酶(Integrase,IN)-雷特格韦(Raltegravir,RLV)复合物晶体结构为模板,同源模建了HIV-1 IN-RLV复合物模型.恰当的Ramachandran plot分布和Profile-3D数值...

【关键词】 HIV-1整合酶； 雷特格韦； 同源模建；

【中文期刊】 侯廷军 安钰  等 《物理化学学报》 2000年16卷3期 221-225页

【摘要】 对三类金属硫蛋白（大鼠金属硫蛋白亚型II，兔肝金属硫蛋白亚型I和兔肝金属硫蛋白亚型II）的单体和二聚体进行了水溶液条件下的分子动力学模拟.其中大鼠金属硫蛋白亚型II的结构直接来自于晶体数据，兔肝金属硫蛋白亚型I和II的结构则通过同源蛋白模型...

【关键词】 分子动力学； 金属硫蛋白； 动力学稳定性；