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【中文期刊】 Kyubin Lee Doyeong Yu  等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2022年20卷3期 466-482页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Alternative splicing(AS)regulates biological processes governing phenotypes and dis-eases.Differential AS(DAS)gene test ...

【关键词】 Alternative splicing； RNA-seq； Heterogeneous interaction network；

【中文期刊】 陈丹田 洪永凯  等 《军事医学》 2023年47卷7期 533-538页 ISTICCSCDCA

【摘要】 目的 构建基于主题词的知识发现模型,提供一种有效发掘细粒度知识关联的方法,并针对冠状病毒开展应用研究.方法 提取PubMed数据库中冠状病毒研究文献标注的MeSH组配词,构建主题词异构网络,通过重启随机游走算法(RWR)挖掘网络中的潜在关联...

【关键词】 重启随机游走； 链路预测； 医学主题词表；

【中文期刊】 杨天濠 王新赠  《计算机与数字工程》 2023年51卷5期 1108-1112页

【摘要】 肿瘤转移通常发生在癌症晚期,是一个复杂且致命的过程,发现与肿瘤转移相关的基因对肿瘤的治疗和预后有着至关重要的作用.通过计算方法发现肿瘤转移基因,相对于昂贵且耗时的生物学方更加高效.基于蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIN),论文提出了一种结...

【关键词】 肿瘤细胞转移； 肺癌骨转移； 蛋白质相互作用网络；

【中文期刊】 李如萍 吴彦欣  等 《中草药》 2024年55卷20期 7006-7020页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 通过重启随机游走(random walk with restart,RWR)算法解析都梁方成分群对偏头痛生物过程网络的影响,揭示都梁方成分群协同治疗偏头痛的作用机制.方法 结合文献和中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、生物信...

【关键词】 都梁方； 成分群协同； 偏头痛；

【中文期刊】 吴彦欣 李如萍  等 《中草药》 2024年55卷21期 7365-7380页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 通过重启随机游走(random walk with restart,RWR)算法解析桃红四物汤药味配伍、成分群协同抗血栓作用的生物过程网络与关键成分群,揭示其"多成分-多靶点-多途径"抗血栓作用机制.方法 结合文献和课题组前期研究基础...

【关键词】 桃红四物汤； 成分群协同； 血栓；

【中文期刊】 王一斌 程咏梅  等 《生物化学与生物物理进展》 2016年43卷2期 176-186页 SCIISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 肺癌风险致病基因预测有助于了解疾病发病机制、提高临床治疗效果.目前,以重启游走为框架的风险致病基因预测算法,普遍存在起始节点少、节点转移概率相同、信息源单一的问题.为此,本文提出一种基于扩展起始节点和加权融合策略的风险致病基因预测算法(命名...

【关键词】 风险致病基因； 扩展起始节点； 拓扑相似度转移矩阵；

【中文期刊】 张松瑶 张绍武  《生物物理学报》 2015年31卷1期 33-44页 MEDLINEISTICCA

【摘要】 肺癌致病基因的发现及预测有助于认识肺癌的发生机理、诊断与防治,是人类基因组研究的重要目标.应用现有二元网络重启随机游走算法预测致病基因时,一般先在疾病表型网络、蛋白质作用网络及疾病-蛋白质二分图网络内随机游走一步,然后进行网络间跳转,这种策...

【关键词】 肺癌致病基因； 重启随机游走； 蛋白质作用网络；

【外文期刊】 Lu,Liu ; Jinmao,Wei ; 等 《Genes》 2017年8卷10期 SCIMEDLINECABP

【关键词】 enrichment analysis; gene sets; pathway;

【外文期刊】 Qianqian,Ma ; Shao-Wu,Zhang ; 等 《Methods (San Diego, Calif.)》 2022年203卷 125-138页 SCIMEDLINECABP

【关键词】 Driver gene; Heat diffusion; Heterogeneous network;

【外文期刊】 Francis E,Agamah ; Thomas H A,Ederveen ; 等 《Frontiers in molecular biosciences》 2024年11卷 1393240页

【关键词】 COVID-19; biosignatures; multi-layer networks;