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【学位论文】 作者：刘星言 导师：张世华 中国科学院大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2022年
【摘要】 细胞是生命结构和功能的基本单位，也是从基因型到表型的中间桥梁。刻画和理解单个细胞中的分子遗传学特征，对于人类认识生物的起源和演化、遗传变异和疾病的发病机制有着重要的意义。单细胞测序(single-cellsequencing)技术的发展为此...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：沈群伦 导师：张俊华 张世华 中国科学院大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2021年
【摘要】 随着生物多组学数据的不断累积，跨数据集衡量基因之间的潜在关系变得非常重要。之前的许多研究都尝试在数据集间找差异表达的基因。然而，他们没有办法去识别跨数据间的相关基因。而当前寻找相关基因的算法只能在单个数据集或者两个有相同样本的数据集里衡量基...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者：张彪 导师：张世华 中国科学院大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2020年
【摘要】 从人类基因组计划启动发展至今，研究人员基本确定了包括人类在内的多种生物基因组中染色体的主要基因、基因调控元件等。然而染色体并不是线性排布的，而是曲折缠绕在细胞核内，形成染色质环、拓扑关联结构域等多尺度的三维染色质结构模式。众多研究表明，基因...
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【学位论文】 作者：曹振 导师：张世华 中国科学院大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2020年
【摘要】 众所周知，人类基因数量大概只有20000个左右，仅占基因组序列的1-2％。研究人员困惑于其它＞98％的非编码区的功能与作用。特别是，研究人员观察到大量的非编码区变异。如何利用DNA序列信息以及高通量的基因与表观测序信息，理解非编码序列变异与...
- 概要：
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- 结论：
【学位论文】 作者：党大昌 导师：张世华 中国科学院大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2019年
【摘要】 过去十年，研究染色体三维结构的三维基因组学得到了迅速发展。在人以及其他哺乳动物的细胞核中，染色体通过折叠缠绕形成多层次的三维结构，进而使基因和调控元件在三维空间中具有不同程度的关联性。显然，这种空间关联性或可及性与基因的表达以及调控密切相关...
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- 结论：
【学位论文】 作者：闫晓芳 导师：张世华 中国科学院大学 数学 运筹学与控制论（硕士） 2019年
【摘要】 随着高通量单细胞RNA测序技术的不断进步和广泛展开，研究人员可以对特定的生物过程或者复杂疾病样本进行单细胞层面的系统研究。单细胞RNA测序为单细胞水平下研究更加精确的生物功能奠定了基础。近几年，单细胞RNA测序数据正在广泛地产生，数据越来越...
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【学位论文】 作者：王灿 导师：张世华 中国科学院大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2018年
【摘要】 迄今已知人类有200多种不同类型的细胞。它们拥有完全相同的DNA序列，但却具有差异很大的表型、功能和相关的疾病。表观基因组在不同类型的细胞间高度变化，它提供了DNA序列外另一个维度的信息，有助于人们理解细胞特异性的基因调控，从而进一步理解细...
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【学位论文】 作者：陈晋瑜 导师：崔晋川 张世华 中国科学院大学 数学 运筹学与控制论（博士） 2017年
【摘要】 随着深度测序技术的迅速发展，多层面组学数据的获取变得越来越容易。国际上先后启动了多个大型的癌症基因组项目，包括癌症基因组图谱计划(TC GA)、国际癌症基因组联盟(ICGC)、癌症细胞系百科全书(CCLE)、癌症基因组项目(CGP)和有效治...
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