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【学位论文】 作者：李子健 导师：张治华 中国科学院大学 生物学 生物信息学（硕士） 2022年
【摘要】 真核细胞染色质在细胞核内折叠形成复杂的三维结构，具有基因调控等重要的基因组功能。近年来，染色体构象捕获技术的发展解析了大量真核生物基因组三维结构。染色体构象捕获技术只能直接捕获两两基因组区域之间的相互作用，但是细胞核内存在大量具有重要功能的...
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【学位论文】 作者：张潇 导师：张治华 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2021年
【摘要】 转座子(TE)是构成约一半人类和小鼠基因组的可移动遗传元件。它们是顺式调控DNA元件和非编码调控RNA转录物的丰富来源，它们在基因调控，细胞分化，染色质组织和肿瘤发生中起重要作用。不同的转座子家族上富集了不同的调控元件与转录因子(TF)绑定...
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【学位论文】 作者：高晓萌 导师：张治华 中国科学院大学 基础医学 基因组学（硕士） 2021年
【摘要】 应对环境刺激是生命的最基本需求。热刺激(heat shock)是最常见的环境压力之一。它包括短时间（急性）热刺激和长时间（慢性）热刺激。对果蝇、人类和小鼠的研究表明，热刺激可导致数千个基因的表达发生改变。染色质的三维结构在高等真核生物的基因...
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- 结论：
【学位论文】 作者：白雪 导师：张治华 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2021年
【摘要】
增强子作为一种远端调控元件通过与启动子发生相互作用，调控基因的表达。对于增强子和启动子的相互作用，有研究显示与转录因子活性以及核苷酸序列相关。但是，增强子和启动子之间相似的核苷酸序列在二者互作中所起到的具体生物学功能尚不明确。
为...
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【学位论文】 作者：安子扬 导师：张治华 中国科学院大学 生物学 生物工程（硕士） 2020年
【摘要】 RNA上存在着多种转录后化学修饰，这些修饰广泛存在于rRNA，tRNA和mRNA中。mRNA上的5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰参与多种生命过程，如维持mRNA结构稳定，mRNA出核运输以及参与调控翻译过程等，在维持细胞正常的生命活动中起到重要...
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【学位论文】 作者：徐炳祥 导师：张治华 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2020年
【摘要】 DNA和核心组蛋白包装成核小体是真核生物核基因组折叠的第一层级。核小体在基因组上的位置和分布称为核小体排布。核小体及其排布是染色质折叠成更高级结构的基础。核小体排布受多种因素的主被动调控。在诸如启动子之类的顺式作用元件上都有特定的核小体排布...
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【学位论文】 作者：李笑 导师：张治华 中国科学院大学 生物学 生物信息学（硕士） 2020年
【摘要】 三维基因组学研究基因组三维空间结构以及其与功能的关系。在三维基因组学中，不仅研究基因组序列、基因及其调控元件在细胞核内的三维结构，还关注于其在基因转录、复制、调控和DNA修复等生物过程中的功能。随着组学技术进入单细胞时代，三维基因组学向低细...
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【学位论文】 作者：刘聪 导师：张治华 中国科学院大学 生物学 生物信息学（博士） 2019年
【摘要】 嵌合（融合）转录产物在真核生物中普遍存在，许多异常的嵌合事件与包括癌症在内的严重疾病有关。一类嵌合RNA通过反式剪接，连接不同的转录本产生。反式剪接形成的嵌合RNA被证明参与了生物体内多种生理生化过程。然而，哺乳动物中，反式剪接的生物学发生...
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