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【学位论文】 作者：王盟 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2013年
【摘要】 本文应用ABEEM-7P水分子模型对液态水进行了分子动力学模拟，首先在298 K，1 atm条件下研究了Berendsen方法控制的温度与压力变化情况，得到合适的τT=0.01 ps和τP=0.05 ps。根据不同温度，1 atm下计算所得...
【关键词】 ABEEM-7P水分子模型 ； 液态水 ；
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【学位论文】 作者：王越 导师：杨忠志 辽宁师范大学 物理学 原子与分子物理（硕士） 2013年
【摘要】 发生在核酸和蛋白质之间的相互作用对各种生命活动十分重要,这种作用主要依赖于核酸中的碱基与蛋白质之间氢键的形成和断裂.蛋白质的最小单元为氨基酸,氨基酸通过脱水缩合形成肽链.大量研究表明,蛋白质被生物体摄入之后,其大部分都是以肽的形式被吸收.核...
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【学位论文】 作者：朱尊伟 导师：杨忠志 辽宁师范大学 物理学 原子与分子物理（硕士） 2012年
【摘要】 光合作用是地球上最重要的有机合成反应。光合作用吸收能量的速率非常大，大概是1015瓦，这几乎是人类所用能量总功率的6倍。有了光合作用，地球上的生物才得以进化，人类文明才得以延续。因为光合作用如此重要，光合作用机制已经成为许多实验和理论工作的...
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【学位论文】 作者：王晶晶 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2012年
【摘要】 蛋白质动力学是描述蛋白质静态结构和动态结构关系的桥梁。本文应用原子与键电负性均衡方法融合进分子力学，即ABEEMσπ浮动电荷力场以及显性ABEEM-7P水模型，对GA88(PDB编码：2JWS)和GB88(PDB编码：2JWU)两个分子进行...
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【学位论文】 作者：王永杰 导师：杨忠志 辽宁师范大学 物理学 原子与分子物理（硕士） 2011年
【摘要】 蛋白质在人们生活中的作用非常重要,使得蛋白质的研究成为热点课题。本文应用ABEEMσπ／MM模型对三个蛋白质分别进行了分子动力学模拟。分别计算了模拟得到的结构与实验晶体结构相比的均方根位移偏差,得到的均方根位移偏差顺序为:骨架原子<非氢原子...
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【学位论文】 作者：于洋 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2011年
【摘要】 在生理上,核酸是多阴离子的聚合体,因此可以用金属离子中和它的负电荷。但是金属离子与核酸相互作用不仅仅是中和其负电荷,它对核酸的生物功能也有一定的作用。不同的金属离子与DNA碱基相互作用的强弱取决于离子的电荷、大小以及电子结构。本文应用ABE...
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【学位论文】 作者：霍红洁 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2011年
【摘要】
核酸和蛋白质是组成生物体的两大重要物质，蛋白质的合成取决于核酸，核酸的合成也依赖于蛋白质。碱基与蛋白质的相互作用参与生命体内的许多生物学过程，关于两者相互作用的研究是人们了解基因表达具体机制、揭开生命奥秘的关键所在。
核酸有两...
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【学位论文】 作者：赵洪伟 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2011年
【摘要】
生物体中的肽具有极其重要的生理功能，在细胞内发挥一定的生物活性，因此研究肽的性质是非常必要的。本文研究了小分子肽及二肽分子不同构象的总能量。
本文把原子—键电负性均衡方法(ABEEMσπ)和分子力场(MM)结合在一起，采用AB...
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