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【学位论文】 作者： 张培基 导师：王智文 马红武  天津大学  生物学 生物工程（硕士） 2022年

【摘要】 代谢网络模型被广泛用于计算代谢表型，酶约束模型是代谢网络模型最有效的扩展之一，通过酶丰度和动力学对代谢通量进行限制，能够改善代谢网络模型的预测能力。目前采用酶约束模型进行的应用分析十分有限，也缺乏基于酶约束模型开发的分析方法。本研究基于大肠...

【关键词】 代谢网络模型； 酶约束；

【学位论文】 作者： 余文童 导师：王智文 马红武  天津大学  生物学 生物工程（硕士） 2022年

【摘要】 设计高附加值产品的异源合成途径，扩大宿主细胞的代谢潜力是代谢工程和合成生物学的重要策略。针对传统代谢工程基于生理生化知识和试错进行的低效途径设计与菌株构建过程，本研究选取BiGG数据库中高质量基因组尺度代谢网络模型作为底盘菌株模型，整合与修...

【关键词】 高附加值产品； 异源合成途径；

【学位论文】 作者： 任帅 导师：马红武  中国科学院大学  生物学 微生物学（硕士） 2022年

【摘要】 DNA合成，拼装技术作为合成基因组学乃至整个合成生物学领域的核心技术体系，被广泛用于从头构建和组装核苷酸序列，进而合成工程蛋白、人工基因组等。其取得突破将解决合成生物学发展的限速问题，极大地推动合成生物学的发展。然而，在DNA合成过程中，序...

【关键词】 DNA合成； 难度预测；

【学位论文】 作者： 罗家豪 导师：王智文 马红武  天津大学  生物学 生物工程（硕士） 2022年

【摘要】 生物电化学系统是一种基于电活性微生物和电极之间发生电化学相互作用的工程系统。电活性微生物是生物电化学系统的关键组成，其代谢能力对生物电化学系统的性能起到决定性作用。希瓦氏菌MR-1是一种模式电活性微生物，但目前基于经验的代谢工程改造策略改进...

【关键词】 电活性微生物； 基因组尺度代谢网络模型；

【学位论文】 作者： 王蕾蕾 导师：陈涛 马红武  天津大学  生物学 生物工程（硕士） 2021年

【摘要】 β-丙氨酸（β-ala）即β-氨基丙酸又被称为3-氨基丙酸，是自然界唯一存在的一种β型非蛋白氨基酸，广泛存在于动物、植物、微生物的代谢过程中，具有重要的生理学功能。在生物体内，β-ala是维生素B5的直接合成前体物，后者对于胞内中间代谢物辅...

【关键词】 谷氨酸棒杆菌； 木糖；

【学位论文】 作者： 高雅杰 导师：刘浩 马红武  天津科技大学  生物学 生物工程（硕士） 2021年

【摘要】 将代谢网络分解为相对独立的功能子集，是深入研究大规模全基因组网络组织原理的重要方式。前人基于图论分析方法揭示了代谢网络中的重要组织结构——蝴蝶结结构。然而，图论分析获得的途径大多生物学上是不可行，使得研究蝴蝶结结构如何影响网络的生物功能变得...

【关键词】 全基因组； 代谢网络；

【学位论文】 作者： 赵欣 导师：马红武  中国科学院大学  生物学 生物工程（硕士） 2020年

【摘要】 利用细胞代谢网络模型对微生物胞内代谢通量的分布情况进行预测从而指导优化实践，已成为目前系统生物学常用的理性技术手段。21年来，代谢网络模型的出现为人们从基因组尺度认知细胞现象和代谢规律提供了极大帮助，其模型数量逐年以指数趋势增长，可见其在细...

【关键词】 微生物细胞； 酶浓度约束；

【学位论文】 作者： 毛雯 导师：陈涛 马红武  天津大学  生物学 生物工程（硕士） 2020年

【摘要】 近年来,一碳化合物作为化工行业和生物领域中的理想原料，受到越来越多的关注。通过使用过剩的能量合成一碳化合物，然后将其作为碳源维持微生物的生长及化学品的合成，这将是生物制造领域的新趋势。甲酸盐作为下一个新的一碳底物具有巨大的应用潜力，它可以通...

【关键词】 大肠杆菌； 基因工程；

【学位论文】 作者： 李书廷 导师：王智文 马红武  天津大学  生物学 生物工程（硕士） 2020年

【摘要】 工业化发酵过程中不利胁迫因素会抑制细胞生长、降低生物量、影响目标产品的产量和产率。研究微生物细胞对不利胁迫条件的耐受性及其耐受机制，对于工业化微生物发酵生产过程具有重要意义。本课题以大肠杆菌为研究对象，从全局调控因子突变文库菌群中筛选分别耐...

【关键词】 大肠杆菌； 全局调控因子；

【学位论文】 作者： 张昕 导师：陈涛 马红武  天津大学  化学工程与技术 生物化工（硕士） 2020年

【摘要】 基因组规模代谢网络模型(GSMMs)是系统生物学研究中不可或缺的工具，它能够从系统角度全面考察与分析微生物细胞的代谢，搭建起从识别细胞基本组分到理解复杂生长表型的桥梁。Halomonassp.TD01是革兰氏阴性中度嗜盐菌，具对环境适应能力...

【关键词】 嗜盐单胞菌TD01； 基因组规模；