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【中文期刊】 许先进 王存新 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1872-1880页
【摘要】 分子对接是一个预测蛋白质与配体的结合模式和结合自由能的强有力的计算工具.该方法起源并主要应用于药物设计与研发领域,而其设计思想却可以服务于很多其他领域的研究.详细叙述了分子对接的基本原理和方法,并进一步介绍了应用广泛的基于分子对接的虚拟筛选...
【中文期刊】 张小轶 侯琤斐 等 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1865-1871页
【摘要】 为了改善药物开发过程中由于候选分子类药性差而导致药物开发失败的现状,通过克服比较分子场分析(CoMFA)自身描述符的局限性,对70个新生霉素小分子进行大量的描述符计算,每个小分子得到6122个描述符,并对所得描述符进行筛选,将最终获得的4个...
【中文期刊】 陈舟 任丁 等 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1802-1810页
【摘要】 药物与细胞膜的相互作用是决定药物在体内吸收、分布、代谢与排泄的关键因素之一,最终影响临床上的药效与毒副作用.对药物透膜过程的分子动力学模拟可在原子层面上提供药物与膜相互作用的丰富信息,从而指导药物分子的设计与优化以及载药体系如脂质粒的优化....
【中文期刊】 丛肖静 王存新 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1769-1778页
【摘要】 G蛋白偶联受体(G protein coupled receptors,GPCR)是目前研究最广泛的药物靶标蛋白.超过30%的已上市药物以GPCR为靶点.这一重要的跨膜蛋白家族及其分子结构和功能一直是各大制药公司和学术界的研究热点.近年来,...
【中文期刊】 李春华 刘洋 等 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1779-1786页
【摘要】 分子对接是目前研究蛋白质-RNA相互作用与识别的有效方法之一.其中,打分函数的合理设计与分子结合位点的准确识别对成功预测蛋白质-RNA复合物结构至关重要.结合小组的工作,对用分子对接方法预测蛋白质-RNA复合物结构中所涉及2个关键性问题(即...
【关键词】 蛋白质-RNA相互作用； 分子对接； 打分函数；
【中文期刊】 丁喜峰 米春霖 等 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1787-1793页
【摘要】 蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关...
【关键词】 蛋白质结构-功能关系； 弹性网络模型； 正则模分析；
【中文期刊】 苏计国 王韦卜 等 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1818-1827页
【摘要】 蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Go模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应...
【中文期刊】 谭建军 周梓耘 等 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1857-1864页
【摘要】 为了解决如何筛选出更加有效的抗病毒类化合物的问题,研究了离解速率(koff)与抗病毒类药物结构的关系,理论依据是koff常用于评价药物在人体开放性系统中的活性.首先,应用分子描述符软件计算出每个抗病毒类化合物的分子描述符,并使用多元逐步回归...
【中文期刊】 苟小军 孙歆 等 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1846-1856页
【摘要】 S期激酶相关蛋白2(S-phase kinase-associated protein 2,Skp2)与Skp1形成的蛋白质聚合物在调控癌细胞生长周期中发挥着重要作用,而苯并吡喃酮类抑制剂(简称BPC)可有效抑制Skp1-Skp2的形成,但...
【中文期刊】 龚新奇 曹婷颐 《北京工业大学学报Journal of Beijing University of Technology》 2017年43卷12期 1837-1845页
【摘要】 为了正确理解和预测蛋白质的结合位点氨基酸,基于氨基酸的物理、化学特征,提出利用五维特征空间预测界面氨基酸的新方法.首先,根据氨基酸标准化后的特征值划分小区域;然后,将氨基酸铺在五维空间;最后,对五维空间中的小区域聚类形成簇.结果表明:界面氨...
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